Introduction à PyMol
Documentation de PyMol et de la structure des protéines
Référez-vous à cette documentation au besoin lorsque vous parcourez le travail pratique.
Interface graphique de PyMol
Afficher la séquences de la protéine
Display | Sequence
La séquence d'acides aminés est affichée par défaut. Pour afficher la séquence d'atomes, utiliser le menu Display | Sequence Mode | Atom Names
. Pour revenir à la séquence d'acides aminés, utiliser le menu Display | Sequence Mode | Residue Codes
.
Calculer une distance
- Démarrer l'outil de mesure avec
Menu | Wizard | Measurement
Remarquez qu'un nouveau menu "Measurement" apparaît en bas, à droite. - Sélectionner
Distances | Distances
ouDistances | Angle
dans le menu "Measurement". - Cliquer sur le bon nombre d'atomes (2 pour une distance, 3 pour un angle) en suivant les instructions qui apparaissent à l'écran (voir l'image ci-dessous).
- Cliquer sur le bouton
Done
du menu "Measurement".
Obtenir la structure secondaire
Pour visualiser la structure secondaire, afficher la protéine en mode "cartoon" :
Hide | everything
#!/bin/bash export toto for i in {1..3} do echo $i done PYMOL> hide everything PYMOL> show cartoon PYMOL> color red, ss h; color yellow, ss s; color green, ss l+''
Show | as | cartoon
Color | by ss | Helix Sheet Loop
ou encore, utiliser les commandes PyMol
PYMOL> hide everything
PYMOL> show cartoon
PYMOL> color red, ss h; color yellow, ss s; color green, ss l+''
Note. Pour obtenir plus d'information sur les commandes de PyMol, consulter la Documentation.
Trouver la position des ponts H
Action | Find | polar contacts | to any excluding solvent
Réinitialiser l'espace de travail
Pour éliminer cette structure avant de passer à l'analyse de la suivante utiliser le menu File | Reinitialize
ou encore la commande
PYMOL> reinitialize everything
Quitter PyMol
File | Quit
Motifs
Note. Pour ouvrir le fichier dans PyMol, vous pouvez utiliser le menu
Ou encore, la commandeFile | Open
.PYMOL> fetch code
où code est le code PDB de 4 caractères de la protéine. Par exemple, pour la première protéine ci-dessous, le code serait 1tbg.
N'oubliez pas de réinitialiser votre espace de travail entre chaque protéline tel que décrit à la section Réinitialiser l'espace de travail.
Ouvrez les fichiers suivants dans PyMol et observez leurs caractéristiques: