Historique de la page

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• -threads NTHREADS : nombre de threads à utiliser
• -phred33 | -phred64 : type de score de qualité à utiliser. Il est important de choisir le bon type d'encodage des scores
• -trimlog LOGFILE enregistrer trace dans un fichier.

• ILLUMINACLIP:<Adapter>:<seed mismatches>:<palindrome clip threshold>:<simple clip threshold> Utilisation d'adaptateurs de type Illumina. Ces paramètres sont ceux utilisés pour la détection de la séquence de l'adaptateur. Trimmomatic détecte ces séquences en considérant un seuil (défini par l'utilisateur) pour leur score d'alignement local avec les reads puis en coupant la séquence du reads dans le sens 3'. Il est donc important que les seuils soient assez stringent pour éviter les faux positifs.

  

  • <Adapter> : Fichier fasta contenant l'adaptateur
  • <seed mismatches> : Nombre maximum de mismatch pour considérer un alignement valide
  • <palindrome clip threshold> : Précision du match entre deux adaptateurs pour le mode palindrome. Ce mode n'est valide que pour les reads pairés et permet d'identifier la contamination de séquence causée par une extension des reads avec la séquence de l'adaptateur (adapter read-through)
  • <simple clip threshold>: Précision du match entre adaptateur et la séquence du read

• OPTIONS DE TRIMMING : L'ordre des options que vous employez compte.

  • LEADING:<seuil de qualité>: Couper les bases au début de la séquence des reads si leur qualité est inférieure au seuil défini
  • TRAILING:<seuil de qualité>: Couper les bases à la fin de la séquence des reads si leur qualité est inférieure au seuil défini
  • CROP:<longueur> : Couper les reads en enlevant les bases à la fin pour qu'ils aient la longueur spécifiée, peut importe la qualité des bases.
  • HEADCROP:<longueur>: Couper les reads en enlevant le nombre spécifié de base au début de la séquence
  • SLIDINGWINDOW:<Taille de la fenêtre>:<seuil de qualité>: Utiliser une approche de fenêtre coulissante de l'extrémité 5' au 3' pour trimmer les reads. Trimmer dès que la qualité moyenne de la fenêtre descend en dessous d'un seuil défini.
  • MINLEN:<longueur>: Enlever tous les reads dont la taille n'atteint pas la longueur requise
  • AVGQUA:<seuil de qualité>: Enlever le read si sa qualité moyenne est inférieur au seuil défini

Rcorrector

Rcorrector (RNA-seq error CORRECTOR) [31] est un outil de correction des erreurs aléatoires de séquencage séquençage au sein des données RNA-seq d'Illumina, qui utilise une approche basée sur les kmersk-mers. En effet, les erreurs de séquencage séquençage au sein des reads déja très courts, influencent la justesse des analyses ultérieurs effectuées sur ces reads, en particulier l'alignement et l'assemblage). Contrairement aux méthodes de correction des reads WGS (Whole Genome Sequencing) , la correction des reads de données RNA-seq fait face à plusieurs complications, en raison de la variation du niveau d'expression des gènes et de la présence de mécanismes tels que l'épissage alternatif, ce qui heureusement n'est pas le cas dans notre expérience.
Rcorrector utilise un graphe de De Bruijn pour représenter tous les k-mers présents au sein des reads et calcule un seuil local à chaque position du reads, pour chaque k-mer afin de le considérer comme valide ou non. En fonction du seuil défini et du chemin minimisant le nombre d'erreur, Rcorrector corrige les reads de façon adéquate.

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