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Rcorrector est disponible sur les serveurs du M5. Pour accéder à l'aide, faites :
run_rcorrector.pl ou rcorrector
run_rcorrector.pl -s <seqfiles> -k <taille du kmer> -t <nombre de thread> -maxcorK <correction maximal> [-od <dossier output>]...
Rcorrector retourne les reads corrigés dans des fichiers *.cor.fq ou *.cor.fq.gz.
L'entête des fichiers corrigés comprend l'information additionnelle suivante :
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Lighter [4] est un autre outil de correction d'erreurs de séquençage WGS également basé sur les kmers. Toutefois, Lighter utilise l'échantillonage des kmers et non leurs occurences pour corriger les reads. Lighter présente l'avantage d'être extrêmement rapide
Pour utiliser lighter, ajouter la ligne suivante à la fin de votre .bashrc
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