Microscope inversé Zeiss Axio-Observer Z1 Colibri

Pavillon Desmarais, Local 2234
Tarif d'utilisation Microscope Simple

Instrument octroyé aux Dre Audrey Claing et Dr Jean-Philippe Gratton par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)

  • Applications
    • Lumière transmise
    • Contraste de phase
    • Fluorescence

  • Sources lumineuses

    • Lampe LED pour la lumière transmise

    • Lampe Colibri 7 (385/469/555/631) pour la fluorescence

      Pic d'émission (nm)Puissance (mW)
      385/30150
      469/38110
      555/3031
      631/3350

      Information Zeiss Colibri 7

  • Objectifs

    1. 2.5x/0.075 Air

    2. 10x/0.25 Air Ph1
    3. 20x/0.5 Air Ph2

    4. 40x/0.75 Air Ph2

    5. 63x/0.75 Air Ph2 Long Distance
    6. 63x/1.4 Huile


      PositionNomMarqueNom completIdentifiantGrossissementOuverture numériqueImmersionTypeDistance de travail (mm)Transmittance
      (% [nm])      		TechniqueÉpaisseur du couvre-objet (mm)
      12.5x/0.075 AirZeiss2.5x/0.075
      EC Plan-Neofluar
      M27      		420320-9901-0002.5x0.075AirPlan Neofluar9.5>80% [400-840]BF, Fluo0.17
      210x/0.25 AirZeiss10x/0.25 Ph1
      N-Achroplan
      M27       		420941-9911-00010x0.25AirN-AchroPlan

      6.5

      		Not availableBF, PhC, Fluo0.17
      320x/0.5 AirZeiss20x/0.50 Ph2
      EC Plan-Neofluar
      M27

      420351-9910-000

      		20x0.50AirPlan Neofluar2.0Not AvailableBF, PhC, Fluo0.17
      4

      40x/0.75

      		Zeiss40x/0.75 Ph2
      EC Plan-Neofluar
      M27

      420361-9910-000

      40x

      		0.75

      Air

      		Plan Neofluar0.71Not AvailableBF, PhC, Fluo

      0.17

      563x/0.75Zeiss

      63x/0.75 Corr Ph2
      LD Plan-Neofluar
      M27

      		421381-9970-000

      63x

      0.75

      		AirLD Plan-Neofluar1.7 at cover glass 0.75 Not AvailableBF, PhC, Fluo

      0 - 1.5

      663x/1.4Zeiss63x/1.4 DIC
       Plan-Apochromat Oil M27      		420782-9900-00063x1.4HuilePlan Apochromat0.19>80% [400-700]BF, Fluo0.17

      BF : Champ clair (Bright-field)
      PhC : Contraste de phase

  • Cubes de filtres
    1. DAPI
    2. GFP
    3. Rhodamine
    4. DHE (dihydroethidium)
    5. Cy5
    6. Quadruple DAPI/GFP/Cy3/Cy5


      PositionNomMarqueIdentifiantFiltre d'excitation Miroir dichroïqueFiltre d'émissionCommentaires
      1DAPI
      Filter Set 49      		Zeiss

      488049-9901

      		365/50
      [325-375]      		395LP445/50
      [420-470]
      2GFP
      Filter Set 13      		Zeiss488013-0000

      470/20
      [460-480]

      495LP

      		517/25
      [505-530]
      3Rhodamine
      Filter Set 43      		Zeiss

      000000-1114-101

      		545/25
      [533-567]      		570LP605/70
      [570-640]
      4DHECustom

      Custom

      500/50
      [475-525]

      		540LP580/20
      [570-590]      		Caractéristiques indéterminées
      Valeurs supposées
      5Cy5
      Filter Set 50      		Zeiss488050-9901640/30
      [625-655]      		660LP

      690/50
      [665-715]


      6Quadruple
      DAPI/GFP/Cy3/Cy5
      Filter Set 90      		Zeiss

      489090-9110-000


      		QBS 405 + 493 + 575 + 653

      QBP 425/30+514/30+592/25+709/100

      		Filtres d'excitation inclus dans la source lumineuse
  • Détecteur
    • Caméra CCD Zeiss AxioCam MR R3 1388 x 1040 pixels,12-bit, 13 images/s à pleine résolution, taille du capteur 8.9 mm x 6.7 mm
  1. Retirez la housse de protection du microscope
  2. Allumez l’ordinateur (#1)
  3. Si nécessaire, allumez la multiprise d’alimentation du module d'incubation (#2A) et ouvrir la bonbonne de CO2 (#2B)
  4. Allumez la multiprise d’alimentation du microscope (#3)

  5. Utilisez vos identifiants UdeM pour vous connecter à Windows

    Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer les paramètres du microscope AVANT de démarrer le logiciel. Pour ce faire, suivre les instructions Première Utilisation.

  6. Démarrez le logiciel Zen


Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer dans le logiciel les paramètres spécifiques au microscope. Cette procédure est habituellement réalisée lors de la séance de formation.
Il est cependant également possible de l’utiliser pour réinitialiser le logiciel si celui-ci ne s‘affiche pas correctement par exemple. 

Attention, cette procédure supprimera tous vos protocoles d’expérience et rétablira les paramètres originaux du logiciel.

  1. Si ouvert, fermez le logiciel Zen et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
  2. Sur le Bureau ouvrez le dossier Documentation
  3. Double-cliquez sur Zen Settings for Axio-Observer Z1-Colibri
  4. Un script s'exécutera et une fenêtre noire apparaîtra brièvement
  5. Cliquez sur OK pour fermer le message Settings for Zen have been imported successfully.
  6. Vous pouvez ensuite ouvrir le logiciel Zen

Cette procédure permet de mettre le microscope dans une configuration sécuritaire et d'effectuer une calibration de la mise au point. À la fin de cette procédure le microscope sera prêt pour l'acquisition.

Sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
  2. Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
  3. Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message Lower Z limit reached qui s'affiche sur l'écran tactile
  4. Appuyez sur Home>Microscope>Control>Objectives>2.5x pour sélectionner l'objectif 2.5x
  5. Si demandé, appuyez sur Done pour supprimer l'avertissement de nettoyage de l'objectif à huile
  6. Appuyez sur Home>Microscope>XYZ>Position>Z-Position>Set zero>Auto pour effectuer la calibration de la mise au point
  7. Appuyez sur OK pour lancer la procédure de calibration de la mise au point
  8. Attendre quelques secondes que la calibration soit terminée

Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 1.1 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

Faire d’abord la calibration de la mise au point avant d'effectuer la première mise au point.

Sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Control>Objectives

  2. Appuyez sur 2.5x pour sélectionner l'objectif 2.5x

    L’objectif 2.5x est le plus sécuritaire car il possède une grande distance de travail (9 mm). L'échantillon apparaitra parfaitement net bien avant que l'objectif ne s'approche de celui-ci. Il est recommandé de toujours faire la première mise au point avec un objectif sécuritaire. Les objectifs sont para-focaux, faire la mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire vous permettra ensuite de trouver facilement votre échantillon avec un autre objectif.


  3. Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
  4. Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
  5. Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message Lower Z limit reached qui s'affiche sur l'écran tactile

  6. Placez la lame de test sur la platine du microscope avec le couvre-objet vers l'objectif

    Toujours utiliser la lame de test pour effectuer la première mise au point.

  7. Si nécessaire, déplacez la platine pour que l'échantillon soit centré sur l'objectif

Sur l’ordinateur :

  1. Ouvrez le logiciel Zen

  2. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (DAPI, GFP, Rhodamine, etc…) pour activer la configuration

  3. Ajustez la mise au point avec la molette principale tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

    Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 1.1 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

  4. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination

Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un autre objectif et de poursuivre avec la mise au point secondaire.

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Control>Objectives

  2. Appuyez sur 20x, 40x, ou 63x pour sélectionner l'objectif désiré

    L’objectif 40x est le meilleur objectif à Air car il possède la plus grande ouverture numérique (0.75).

  3. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  4. Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !


Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Control>Objectives

  2. Appuyez sur l'objectif désiré 63x Oil. Le microscope abaissera automatiquement la platine pour que l'échantillon soit accessible.

  3. Déposer une goutte d’huile sur votre échantillon

  4. Appuyez sur Done. Le microscope replacera automatiquement l'échantillon à sa position originale.

Dans le logiciel Zen :

  1. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (DAPI, GFP, Rhodamine, etc…) pour activer la configuration
  2. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  3. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
  4. Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel Zen
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Si utilisé, éteindre la multiprise d’alimentation du module d'incubation (#2A) et fermez la bonbonne de CO2 (#2B)
  5. Sélectionner l'objectif 2.5x et remettre les objectifs en position basse (Load position)
  6. Éteindre la barre d’alimentation du microscope (#3)
  7. Éteindre l'ordinateur
  8. Couvrir l’instrument avec la housse de protection
  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
  • Laissez le microscope et l’espace de travail propre


Les schémas suivants permettent de suivre le trajet lumineux en lumière transmise (fond clair, contraste de phase) et en lumière réfléchie (fluorescence).


Dépannage

Il est possible que la lumière utilisée pour l'excitation de fluorescence se reflète dans la LED de la lumière transmise. Cela se traduit par un bruit de fond en fluorescence. Le fond apparait au lieu d'être noir. Pour résoudre ce problème il y a plusieurs options:

  • Fermer le diaphragme de champ
  • Relever le bras de l'illumination de la lumière transmise
  • Ajouter un cache pour couvrir l'échantillon

FAQ

Oui. C'est un microscope inversé conçu pour l'observation de spécimen en cultures.
Les objectifs sont optimisés pour observer au travers de plaques multi-puits à fond de verre.
Il est également possible d'observer des échantillons entre lame et lamelles (d'épaisseur 0.17mm).

Oui, mais... Ce microscope possède un module d'incubation permettant le maintien de la température et de l'atmosphère. Cependant, il ne possède pas de module permettant le maintien du plan focal dans le temps (Definite Focus). Il est possible que la mise au point ne soit pas aussi bonne lors de longues expériences.

Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.