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Introduction à PyMol
Documentation de PyMol et de la structure des protéines
Référez-vous à cette documentation au besoin lorsque vous parcourez le travail pratique.
Interface graphique de PyMol
...
Afficher la séquences de la protéine
Display | Sequence
La séquence d'acides aminés est affichée par défaut. Pour afficher la séquence d'atomes, utiliser le menu Display | Sequence Mode | Atom Names
. Pour revenir à la séquence d'acides aminés, utiliser le menu Display | Sequence Mode | Residue Codes
.
Calculer une distance
- Démarrer l'outil de mesure avec
Menu | Wizard | Measurement
Remarquez qu'un nouveau menu "Measurement" apparaît en bas, à droite. - Sélectionner
Distances | Distances
ouDistances | Angle
dans le menu "Measurement". - Cliquer sur le bon nombre d'atomes (2 pour une distance, 3 pour un angle) en suivant les instructions qui apparaissent à l'écran (voir l'image ci-dessous).
- Cliquer sur le bouton
Done
du menu "Measurement".
...
Obtenir la structure secondaire
Pour visualiser la structure secondaire, afficher la protéine en mode "cartoon" :
Hide | everything
Show | as | cartoon
Color | by ss | Helix Sheet Loop
ou encore, utiliser les commandes PyMol
PYMOL> hide everything
PYMOL> show cartoon
PYMOL> color red, ss h; color yellow, ss s; color green, ss l+''
Note. Pour obtenir plus d'information sur les commandes de PyMol, consulter la Documentation.
Trouver la position des ponts H
Action | Find | polar contacts | to any excluding solvent
Réinitialiser l'espace de travail
Pour éliminer cette structure avant de passer à l'analyse de la suivante utiliser le menu File | Reinitialize
ou encore la commande
PYMOL> reinitialize everything
Quitter PyMol
File | Quit
Structure de la Stefine A
Observez la structure de la Stefine A humaine (fichier 1DVC.pdb) dans PyMol.
La structure de la protéine peut être ouverte avec le menu
File | Open
.
Questions:
- Quel est le nombre d'hélices-alpha?
- Quel est le nombre de brins-bêta?
- L'emplacement du N-terminal?
- L'emplacement du C-terminal?
- L'emplacement du début de l'hélice-alpha?
- L'emplacement de la fin de l'hélice-alpha?
Maintenant, observez seulement l'hélice-alpha.
- Quel phénomène se produit avec l'hélice-alpha?
- Quel est le rélsidu responsable de ce phénomène (nature et numéro)?
Visualisation d'un complexe protéine-ADN
Téléchargez les fichiers suivants:
Protocole pour faciliter la visualisation du complexe protéine-ADN:
- Ouvrir le fichier ADN.pdb dans PyMol (
File | Open
). Visualiser l'ADN en cartoon
PYMOL> show cartoon
Cacher l'ADN en format ligne
PYMOL> hide lines
Visualiser l'ADN en mode cercle
PYMOL> set cartoon_ring_mode, 3
Ouvrir le fichier de la protéine (Lambda_repressor.pdb) dans PyMol (
File | Open
).Visualiser la protéine en cartoon afin de faire apparaître les hélices alpha et les feuillets bêta.
PYMOL> hide everything, Lambda_repressor PYMOL> show cartoon, Lambda_repressor
Montrer la surface de la protéine
PYMOL> show surface, Lambda_repressor
Colorer la surface en gris
PYMOL> color grey, Lambda_repressor
Mettre la surface en transparent
PYMOL> set transparency, 0.5
Faire apparaître les liaisons hydrogènes entre la protéine et l'ADN.
Identifier les acides aminés impliqués dans des liaisons hydrogènes (
Action | Find | polar contacts | to any excluding solvent
)Montrer les acides aminés de la sélection en sticks
(sele) : Show | as | Sticks
.
Question:
Quelle sont les longueurs des liaisons hydrogènes entre les atomes de la protéine et de l'ADN (la distance apparaît en angström (Å)) (pour un rappel de la méthode voir la section Calculer une distance).
Note. Les liaisons hydrogènes doivent être inférieures à 3-4 Å.
Motifs (section facultative)
Note. Pour ouvrir le fichier dans PyMol, vous pouvez utiliser le menu
Ou encore, la commandeFile | Open
.PYMOL> fetch code
où code est le code PDB de 4 caractères de la protéine. Par exemple, pour la première protéine ci-dessous, le code serait 1tbg.
N'oubliez pas de réinitialiser votre espace de travail entre chaque protéline tel que décrit à la section Réinitialiser l'espace de travail.
Ouvrez les fichiers suivants dans PyMol et observez leurs caractéristiques: