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idInstrument Tab container
titleInCell Analyzer
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idDescription
titleDescription


Microscope à haut débit GE InCell Analyzer 6000

Pavillon JA Bombardier, Local 3129
Instrument octroyé au Dr Steve Michnick par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)

  • Applications
    • Lumière transmise
    • Pseudo- contraste de phase et DIC
    • Fluorescence
    • Imagerie à haut débit
    • Imagerie longue durée

  • Sources lumineuses

    • LED pour la lumière transmise

    • Toptica iChrome MLE pour la fluorescence

Développer
titleCaractéristiques complètes du Toptica iChrome


Source lumineusePolychroïqueLongueurs d'onde d'excitationFluorophores compatiblesPuissance nominale
(mW)
405nm390/40[370-410]DAPI, Hoechst50
488nm

482/18

[473-491]FITC, GFP, YFP

25

561nm

564/9

[559-569]

Cy3, DsRed, TxRed

30
642nm640/14[632-647]

Cy5, Cy5.5

50



  • Objectifs

    1. 10x/0.45 Air WD 4.0
    2. 20x/0.75 Air WD 1.0
    3. 40x/0.6 Air WD 2.7-3.7
    4. 60x/0.95 Air WD 0.15
Développer
titleCaractéristiques complètes des objectifs


PositionNomMarqueNom completIdentifiantGrossissementOuverture numériqueImmersionTypeDistance de travail (mm)Transmittance
(% [nm])		TechniqueÉpaisseur du couvre-objet (mm)
110x/0.45 AirNikon

10x/0.45 Air
Plan Apo
M25x0.75

TBD20x0.5AirPlan Fluor4.0>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
2

20x/0.75 Air

Nikon20x/0.75 Air
Plan Apo
DIC N2
M25x0.75		TBD60x

1.4


Air


Plan Apo1.0>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
3

40x/0.6 Air

Nikon40x/0.6 Air
Plan Fluor Ph2
M25x0.75		TBD

100x

1.45


Air


Plan Fluor2.7-3.7>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
460x/0.95 Air Nikon60x/0.95 Air 
Plan Apo
M25x0.75		TBD

100x

1.45


Air


Plan Apo0.15>80% [TBD-TBD]BBF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17

BF: Champ clair (Bright-field)
p-PhC: Pseudo-contraste de phase
p-DIC: Pseudo-contraste d'interférence différentiel


  • Cubes de filtres

    1. DAPI

    2. GFP

    3. Cy3

    4. Cy5

    5. Cy5.5
Développer
titleCaractéristiques complètes des filtres


PositionNomMarqueIdentifiant

Miroir polychroïque

(Transmission)

Filtre d'émissionCommentairesBande passante effective
1DAPITBDTBDBP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137420/20
[430-462]		455445/50
[420430-470480]		C-FL-C DAPI-U HQ[430-480]
2GFPTBDTBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137

525/20
[515-535]		Nikon ID 96372[515-535]
3Cy3TBD

TBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137605/52
[579-631]		Nikon ID 96376[582-618]
4

Cy5

TBD

TBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137707/72
[671-743]		77074160 Custom Quad C182279.
Les filtres d'excitation sont inclus dans la source lumineuse Lumencor Spectra X 		[671-743]
5

Cy5.5

TBDTBDBP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137720/60
[690-750]		Requis pour l'imagerie DIC[690-750]



  • Détecteur
    • Hamamatsu ORCA Flash V2 C11440-22CU CMOS Monochrome 2048 x 2048 sCMOS Monochrome 2560 x 2160 pixels, 16-bit, 30 images/s à pleine résolution
Tabs Page
idDescription
titleDescription
    • , pixel 6.5um x6.5um, capteur 16.6mm x 14.0mm



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idGuide d'utilisation
titleGuide d'utilisation


Assurez-vous que le bain-marie et l'humidificateur soient proprement remplis avec de l'eau distillée
  • du microscope (#2)
  • Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows
  • Lors de la première utilisation il est nécessaire d’importer les paramètres du microscope dans le logiciel avant de le démarrer. Pour ce faire, suivre les instructions Paramétrage du logiciel.

    Démarrez le logiciel NIS-Elements

    • GE InCell Analyzer

    UI Expand
    expandedtrue
    titleDémarrage
    1. Allumez l’ordinateur (#1)Retirer la housse de protection du microscope
    2. Allumez la multiprise d’alimentation à droite du microscope (#2)
    3. Si
      4. l'incubation est
    4. nécessaire, allumez le
      5. module d'incubation Okolab (#3A) et le bain-marie (#3B) et ouvrez les bonbonnes de CO2 (#3C) et d'azote N2 (#3D)
    Avertissement
    Info


    UI Expand
    titleMise en place

    Dans le logiciel GE InCell Analyzer:

    1. Cliquez sur Eject pour ouvrir la porte d'accès
    2. Insérer votre échantillon dans l'espace prévu à cet effet

    3. Cliquez sur Load pour fermer la porte d'accès


      Remarque
      titleImportant

      Pour une utilisation avec l'objectif 60x il est absoluement nécessaire d'utiliser une plaque multi-puit avec un fond de verre. L'épaisseur de verre doit être de 0.17mm. Nous recommandons les plaques suivantes:

      • Greiner SensoPlate Plus 96-well 655891
      • Nunc Optical CVG 96-well 164588

    Sur le microscope:

    1. Poussez délicatement le bras de la lumière transmise du microscope vers l'arrière
    2. Appuyez sur Escape (ESC) pour faire descendre les objectifs
    3. Sélectionnez l'objectif 4x
    4. Installez l'échantillon de test visible à l'oeil nu sur l'encart en vérifiant de bien mettre la lamelle du coté de l'objectif
    5. Centrez l'échantillon sur l'objectif à l'aide du joystick
    6. Remettez délicatement le bras de la lumière transmise du microscope vertical
    7. Appuyez une nouvelle fois sur Escape (ESC) pour remettre les objectifs en position normale

    Dans le logiciel NIS-Elements:

    1. Cliquez sur la configration optique Brightfield (BF)
    2. Cliquez sur Live (»)
    3. Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée

      4. Ajustez le focus pour obtenir une image nette (le focus est réalisé autour de Z=2100)

      Info
      titleTruc & Astuce

      Appuyez sur Crtl+F pour utiliser la fonction autofocus du logiciel

    4. Appuyez sur Escape (ESC) pour faire descendre les objectifs
    5. Vous pouvez ensuite retirer l'échantillon de test et installer votre échantillon d'intérêt
    6. Appuyez une nouvelle fois sur Escape (ESC) pour remettre les objectifs en position normale, votre échantillon sera déjà au focus



    UI Expand
    titleFermeture
    1. Enregistrez vos données
    2. Fermez le logiciel NIS-Elements GE InCell Analyzer
    3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
    4. Récuppérez vos échantillons
    5. Cliquez sur Load pour fermer la porte d'accès
    6. Éteindre l'ordinateur
    7. Si utilisés, nettoyez les objectifs à huile avec du nettoyant et du papier à lentille
    8. Si l'incubation a été utilisée, éteindre le module d'incubation Okolab (#3A) et le bain-marie (#3B) et fermez les bonbonnes de CO2 (#3C) et d'azote N2 (#3D)
    9. Attendre que le refroidissement du Spectra X soit terminé et éteindre la multiprise d’alimentation du microscope (#2)
    10. Couvrir l’instrument avec la housse de protection
    Remarque
    titleRappels Importants
    • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
    • Laissez le microscope et l’espace de travail propre



    UI Expand
    titleGestion du stockage
    • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
    • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
    • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
    Remarque
    titleImportant

    Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:



    Attention, cette procédurerétablira les paramètres originaux du logiciel et supprimera tous vos protocoles et paramètres personnels.
  • Si ouvert, fermez le logiciel NIS-Elements et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
  • Sur le Bureau ouvrez le dossier Softwares
  • Ouvrez le logiciel NIS Settings Utility
  • Cliquez sur l’onglet Import
  • Cliquez sur Browse
  • Naviguez jusqu’à votre bureau
  • Sélectionnez le fichier Nikon-Ti2 Settings.bin
  • Cliquez Open
  • Sélectionnez tous les items
  • Cliquez Import
  • Cliquez OK
  • Fermez le logiciel NIS Settings Utility

    • de créer et définir le type de plaque utilisée.

    Dans le logiciel GE InCell Analyzer:

    1. Sélectionnez Application>Plate\Slide Manager
    2. Sélectionnez New Plate\Slide
    3. S/lectionnez le numéro de puits de votre plaque (6, 24, 96 etc...)
    4. Ajustez les paramètres suivants:
      1. Nom: Votre-Nom_Votre-plaque
      2. Hauteur de plaque, épaisseur du fond et volume du puit (Plate height, Bottom Thickness, well volume)
      3. Le matériau utilisé plastique ou verre (Plastic or Glass)


    UI Expand
    titleParamétrage du logicielPremière utilisation

    Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer dans le logiciel les paramètres spécifiques au microscope. Cette procédure est habituellement réalisée lors de la séance de formation.
    Il est cependant également possible de l’utiliser pour réinitialiser le logiciel si celui-ci ne s‘affiche pas correctement par exemple. 

    Remarque
    Info
    titleLa hauteur de plaque et l'épaisseur du fond peuvent être mesurés
    1. Naviguez sur le Dashboard et sélectionnez Objective Lens
    2. Selectionnez l'objectif 10x
    3. Sur le plan de la plaque cliquez sur le centre d'un puit contenant un échantillon pour centrer ce puit sur l'objectif
    4. Sur le Dashboard  sous Plate/Slide cliquez sur Verify LAF
    5. Si 2 piques sont détéctés (lignes verticales bleues) en accord avec les piques de mesurés (courbe noire), cliquez sur Apply Measured Parameters
    6. Cliquez sur OK
    7. Fermez la fenêtre Laser Autofocus Plate/Slide Verification



    Info
    titleL'écart de A1 (Offset) et la distance interpuit peuvent être mesurés

    Écart du puit A1 (Offset)


    Dans le logiciel GE InCell Analyzer:
    1. Naviguez sur le Dashboard et sélectionnez Objective Lens
    2. Selectionnez l'objectif 10x
    3. Sur le plan de la plaque, cliquez sur le centre du puit A1 pour centrer ce puit sur l'objectif
    4. Cliquez sur le bouton Preview Selection
    5. Dessiner un rectangle autour du puit A1
    6. Cliquez sur preview (sur le panneau d'acquisition en haut à droite de l'écran
    7. Attendre que la prévisualisation soit générée
    8. Sur le plan de la plaque, cliquez sur le centre du puit A1 pour centrer ce puit sur l'objectif

    9. Dans le dashboard sélectionnez Plate/Slide et cliquez sur Define Upper Left Well

    10. Cliquez sur OK

    11. Cliquez sur Yes

    Distance inter-puit (Offset)

    • Répétez les étapes 1 à 11 pour le puit en bas à droite

    Vérification

    • Générez une prévisualisation des puits en haut à gauche et en bas à droite afin de vérifier qu'ils sont biens alignés avec le plan de la plaque

    • Sauvegardez votre plaque  

    Vous pouvez ensuite réouvrir le logiciel NIS-Elements




    LightPath_Nikon Ti2.pdf


    Tabs Page
    idTrajet lumineux
    titleTrajet lumineux


    Les schémas suivants permettent de suivre le trajet lumineux en lumière transmise (fond clair, contraste de phase) et en lumière réfléchie (fluorescence).

    PDF
    name


    Tabs Page
    idManuals
    titleManuels


    Manuels disponibles version anglaise.

  • Lumencor SpectraX Manual (anglais pdf)
    • Lumencor SpectraX Filter recommandation (anglais pdf)


    Tabs Page
    idLog
    titleLog

    Section disponible dans la version anglaise.


    Tabs Page
    idFiche Technique
    titleFiche Technique


    Section disponible dans la version anglaise.


    Tabs Page
    idDépannage et FAQ
    titleDépannage et FAQ


    UI Expand
    expandedtrue
    titleDépannage

    Le microscope n'affiche pas la lumière verte habituelle, que faire?

    • Habituellement, ce microscope affiche une lumière verte lorsqu'il est opérationel et une lumière orange lorsqu'il est en cours d'utilisation.
    • Une lumière rouge est allumée signifie que le microscope n'est pas fonctionnel. Dans ce cas veuillez contacter le responsable de la plateforme.



    UI Expand
    titleFAQ

    Puis-je utiliser ce microscope pour observer des cellules en culture?

    • Non. Ce microscope est conçu pour l'acquisition à haut-débit de spécimen en plaques multi-puits.
    • Vous pouvez également faire l'acquisition d'images de specimen entre lame et lamelle (épaisseur 0.17mm)





    Tabs Container
    idDemo Image
    titleInCell Analyzer
    directionhorizontal


    Tabs Page
    idImage de démonstration
    titleImage de démonstration



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    Plateformes:_foot
    Plateformes:_foot