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idInstrument Tab container
titleInCell Analyzer
directionhorizontal


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idDescription
titleDescription

Microscope à haut débit GE

InCell

INCell Analyzer 6000

Pavillon JA Bombardier, Local 3129
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 2

Instrument octroyé au Dr Steve Michnick par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)

  • Applications
    • Lumière transmise
    • Pseudo - contraste de phase et DIC
    • Fluorescence
    • Imagerie à haut débit
    • Imagerie longue durée

  • Sources lumineuses

    • LED pour la lumière transmise

    • Toptica iChrome MLE pour la fluorescence

Développer
titleCaractéristiques complètes du Toptica iChrome


Source
lumineuse
PolychroïqueLongueurs d'onde d'excitationFluorophores compatiblesPuissance nominale
(mW)
405nm390/40[370-410]DAPI, Hoechst50
488nm

482/18

[473-491]FITC, GFP, YFP

25

561nm

564/9

[559-569]

Cy3, DsRed, TxRed

30
642nm640/14[632-647]

Cy5, Cy5.5

50



  • Objectifs

    1. 10x/0.45 Air WD 4.0
    2. 20x/0.75 Air WD 1.0
    3. 40x/0.6 Air WD 2.7-3.7
    4. 60x/0.95 Air WD 0.15
Développer
titleCaractéristiques complètes des objectifs


AirAir
PositionNomMarqueNom completIdentifiantGrossissementOuverture numériqueImmersionTypeDistance de travail (mm)Transmittance
(% [nm])		TechniqueÉpaisseur du couvre-objet (mm)
110x/0.45 AirNikon

10x/0.45 Air
Plan Apo
M25x0.75

TBD20x0.5AirPlan FluorMRD001014.0>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
2

20x/0.75 Air

Nikon20x/0.75 Air
Plan Apo
DIC N2
M25x0.75		TBD60xMRD002011.4AirPlan Apo1.0>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
3

40x/0.6 Air

Nikon40x/0.6 Air
Plan Fluor Ph2ELWD
M25x0.75		TBD

100x

1.45MRH08430Plan Fluor2.7-3.7>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
460x/0.95 Air Nikon60x/0.95 Air 
Plan Apo
M25x0.75		TBD

100x

1.45

MRD00600Plan Apo0.15>80% [TBD-TBD]BBF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17

BF: Champ clair (Bright-field)
p-PhC: Pseudo-contraste de phase
p-DIC: Pseudo-contraste d'interférence différentiel


  • FiltresCubes de filtres

    1. DAPI

    2. GFP

    3. Cy3

    4. Cy5

    5. Cy5.5
Développer
titleCaractéristiques complètes des filtres


PositionNomMarqueIdentifiant

Miroir polychroïque (Transmission)

Filtre d'émissionCommentairesBande passante effective (nm)
1DAPITBDTBDBP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137420/20
[430-462]		455445/50
[420430-470480]		C-FL-C DAPI-U HQ[430-480]
2GFPTBDTBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137

525/20
[515-535]		Nikon ID 96372[515-535]
3Cy3TBD

TBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137605/52
[579-631]		Nikon ID 96376[582-618]
4

Cy5

TBD

TBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137707/72
[671-743]		77074160 Custom Quad C182279.
Les filtres d'excitation sont inclus dans la source lumineuse Lumencor Spectra X 		[671-743]
5

Cy5.5

TBDTBDBP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137720/60
[690-750]		Requis pour l'imagerie DIC[690-750]



  • Détecteur
    • Hamamatsu ORCA Flash V2 C11440-22CU CMOS Monochrome 2048 x 2048 sCMOS Monochrome 2560 x 2160 pixels, 16-bit, 30 images/s à pleine résolutionpixel 6.5um x 6.5um, capteur 16.6mm x 14.0mm


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idDescriptiontitleDescription
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idGuide d'utilisation
titleGuide d'utilisation


UI Expand
expandedtrue
titleDémarrage

  1. Allumez

    l’ordinateur

    le du microscope (#1)

  2. Retirer la housse de protection du microscope
  3. Allumez la multiprise d’alimentation à droite du microscope (#2)

    4. Si l'incubation est nécessaire, allumez le module d'incubation Okolab (#3A) et le bain-marie (#3B) et ouvrez les bonbonnes de CO2 (#3C) et d'azote N2 (#3D)

    Avertissement

    Assurez-vous que le bain-marie et l'humidificateur soient proprement remplis avec de l'eau distillée

  4. Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows

    5. Démarrez le logiciel NIS-Elements

    info

  5. Info
    titleNote

    L’interrupteur n’est pas facilement accessible et se trouve à l’arrière du côté droit de l’appareil


  6. Allumez l’ordinateur (#2)
  7. Utilisez vos identifiants UdeM pour vous connecter à Windows

  8. Démarrez le logiciel IN Cell Analyzer 6000

UI Expand
titleMise en place

Dans le logiciel IN Cell Analyzer:

  1. Cliquez sur Eject pour ouvrir la porte d'accès
  2. Insérer votre échantillon dans l'espace prévu à cet effet en respectant l'orientation indiquée

  3. Cliquez sur Load pour fermer la porte d'accès

    Info
    titlePremière utilisation

    Lors de la formation vous allez suivre le protocol de Première utilisation


    Remarque

    Pour une utilisation avec l'objectif 60x il est absolument nécessaire d'utiliser une plaque multi-puits avec un fond de verre. L'épaisseur de verre doit être de 0.17mm. Nous recommandons les plaques suivantes:

    • Link in New Window
      linkTextGreiner SensoPlate plus 96-well plate #655891
      hrefhttps://shop.gbo.com/en/row/products/bioscience/microplates/sensoplate-glass-bottom-plates/bs-sensoplate-plus/655891.html
    • Link in New Window
      linkTextNunc Optical CVG 96-well 164588
      hrefhttps://www.thermofisher.com/order/catalog/product/164588

Sur le microscope:

  1. Poussez délicatement le bras de la lumière transmise du microscope vers l'arrière
  2. Appuyez sur Escape (ESC) pour faire descendre les objectifs
  3. Sélectionnez l'objectif 4x
  4. Installez l'échantillon de test visible à l'oeil nu sur l'encart en vérifiant de bien mettre la lamelle du coté de l'objectif
  5. Centrez l'échantillon sur l'objectif à l'aide du joystick
  6. Remettez délicatement le bras de la lumière transmise du microscope vertical
  7. Appuyez une nouvelle fois sur Escape (ESC) pour remettre les objectifs en position normale

Dans le logiciel NIS-Elements:

  • Cliquez sur la configration optique Brightfield (BF)
  • Cliquez sur Live (»)
  • Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée

    • Ajustez le focus pour obtenir une image nette (le focus est réalisé autour de Z=2100)

    UI Expand
    titlePremière utilisation

    Lors de la première utilisation, il est nécessaire

    d’importer les paramètres du microscope dans le logiciel avant de le démarrer. Pour ce faire, suivre les instructions Paramétrage du logiciel.

    de définir le type de plaque utilisée.

    UI Expand
    title
    		Mise en place
    Info
    titleTruc & Astuce

    Appuyez sur Crtl+F pour utiliser la fonction autofocus du logiciel

  • Appuyez sur Escape (ESC) pour faire descendre les objectifs
  • Vous pouvez ensuite retirer l'échantillon de test et installer votre échantillon d'intérêt
  • Appuyez une nouvelle fois sur Escape (ESC) pour remettre les objectifs en position normale, votre échantillon sera déjà au focus
    • UI Expand
    titleFermeture
    Créer une nouvelle plaque

    Dans le logiciel IN Cell Analyzer:

    1. Sélectionnez dans le menu Application>Plate\Slide Manager...
    2. Cliquez sur l'icone New Plate\Slide
    3. Sélectionnez le nombre de puits de votre plaque (6, 24, 96 etc...)
    4. Ajustez les paramètres suivants:
      1. Nom: Votre-Nom_Votre-plaque
      2. Hauteur de plaque, épaisseur du fond et volume du puit (Plate height, Bottom Thickness, well volume) habituellement fournis dans la fiche technique du produit par le manufacturier
      3. Le matériau utilisé plastique ou verre (Plastic or Glass)
      4. Si nécessaire ajustez le nombre de lignes et de colonnes ainsi que la forme du puit (rond ou rectangulaire)
    5. Cliquez sur OK
    6. Fermez la fenêtre du Plate/Slide Manager
    UI Expand
    titleMesurer l'écart du puit A1 (Offset)

    Dans le logiciel In Cell Analyzer:

    1. Cliquez sur le Dashboard
    2. Dans Objective Lens selectionnez l'objectif 10x
    3. Dans Plate/Slide... selectionner la plaque nouvellement cree
    4. Dans Objective Lens selectionnez l'objectif 10x
    5. Dans la liste des canaux, cliquez sur le bouton + et ajoutez un canal en lumière transmise (brightfield)
    6. À droite du plan de la plaque, cliquez sur le bouton Setup Preview Imaging
    7. Dessinez un rectangle autour du puit A1
    8. Cliquez sur preview (sur le panneau d'acquisition en haut à droite de l'écran)
    9. Attendre que la prévisualisation soit générée
    10. Sur le plan de la plaque, cliquez sur le centre réel du puit A1 pour centrer ce puit sur l'objectif

    11. Dans le menu du Dashboard sélectionnez Plate/Slide

    12. Cliquez sur Edit Plate puis sur Define Upper Left Well

    13. Cliquez sur Yes

    14. Vérifiez que le cercle jaune coincide avec les bords du puit

    15. Cliquez sur Yes

    UI Expand
    titleCalculer la distance inter-puits

    Dans le logiciel In Cell Analyzer:

    1. Cliquez sur le Dashboard
    2. Dans Objective Lens selectionnez l'objectif 10x
    3. Dans Plate/Slide... selectionner la plaque nouvellement cree
    4. Dans Objective Lens selectionnez l'objectif 10x
    5. Dans la liste des canaux, cliquez sur le bouton + et ajoutez un canal en lumière transmise (brightfield)
    6. À droite du plan de la plaque, cliquez sur le bouton Setup Preview Imaging
    7. Dessinez un rectangle autour du dernier puit en bas à droite
    8. Cliquez sur preview (sur le panneau d'acquisition en haut à droite de l'écran)
    9. Attendre que la prévisualisation soit générée
    10. Sur le plan de la plaque, cliquez sur le centre réel du puit A1 pour centrer ce puit sur l'objectif

    11. Dans le menu du Dashboard sélectionnez Plate/Slide

    12. Cliquez sur Edit Plate puis sur Define Lower Right Well

    13. Cliquez sur Yes

    14. La distance inter-puits sera ensuite automatiquement calculée
    15. Vérifiez que le cercle jaune coincide avec les bords du puit

    16. Cliquez sur Yes

    UI Expand
    titleMesurer la hauteur et l'épaisseur du fond de plaque

    Dans le logiciel IN Cell Analyzer:

    1. Cliquez sur le Dashboard
    2. Sur le plan de la plaque cliquez sur le centre d'un puitcontenant un échantillon pour centrer ce puit sur l'objectif
    3. Dans le menu du Dashboard sélectionnez Plate/Slide
    4. Cliquez sur Verify LAF
    5. Si les 2 pics détéctés (lignes verticales bleues) correspondent aux pics mesurés (courbe noire)
      1. Cliquez sur Apply Measured Parameters
      2. Cliquez sur OK
      3. Cliquez sur Yes
    6. Si les 2 pics détéctés (lignes verticales bleues) ne correspondent aux pics mesurés (courbe noire)
      1. Modifiez la valeur du bottom thickness et répétez l'opération
    7. Fermez la fenêtre Laser Autofocus Plate/Slide Verification
    1. Enregistrez vos données
    2. Fermez le logiciel NIS-Elements
    3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
    4. Éteindre l'ordinateur
    5. Si utilisés, nettoyez les objectifs à huile avec du nettoyant et du papier à lentille
    6. Si l'incubation a été utilisée, éteindre le module d'incubation Okolab (#3A) et le bain-marie (#3B) et fermez les bonbonnes de CO2 (#3C) et d'azote N2 (#3D)
    7. Attendre que le refroidissement du Spectra X soit terminé et éteindre la multiprise d’alimentation du microscope (#2)
    8. Couvrir l’instrument avec la housse de protection
    Remarque
    titleRappels Importants
  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
    • Laissez le microscope et l’espace de travail propre
    UI Expand
    titleGestion du stockage
    • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
    • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
    • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
    Remarque
    titleImportant

    Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

    Attention, cette procédurerétablira les paramètres originaux du logiciel et supprimera tous vos protocoles et paramètres personnels.
  • Si ouvert, fermez le logiciel NIS-Elements et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
  • Sur le Bureau ouvrez le dossier Softwares
  • Ouvrez le logiciel NIS Settings Utility
  • Cliquez sur l’onglet Import
  • Cliquez sur Browse
  • Naviguez jusqu’à votre bureau
  • Sélectionnez le fichier Nikon-Ti2 Settings.bin
  • Cliquez Open
  • Sélectionnez tous les items
  • Cliquez Import
  • Cliquez OK
  • Fermez le logiciel NIS Settings Utility
    • Vous pouvez ensuite réouvrir le logiciel NIS-Elements
    UI Expand
    titleParamétrage du logicielFermeture
    1. Récuppérez vos échantillons
    2. Cliquez sur Load pour refermer la porte d'accès
    3. Fermez le logiciel In Cell Analyzer
    4. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
    5. Éteindre l'ordinateur
    Remarque
    titleRappels Importants
    • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
    • Laissez le microscope et l’espace de travail propre

    Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer dans le logiciel les paramètres spécifiques au microscope. Cette procédure est habituellement réalisée lors de la séance de formation.
    Il est cependant également possible de l’utiliser pour réinitialiser le logiciel si celui-ci ne s‘affiche pas correctement par exemple. 

    Remarque


    Tabs Page
    idTrajet lumineux
    titleTrajet lumineux

    Les schémas suivants permettent de suivre le trajet lumineux en lumière transmise (fond clair, contraste de phase) et en lumière réfléchie (fluorescence). Ces schémas seront disponibles prochainement.

    PDFview-file
    nameLightPathPlate_Nikon Ti2Diagram.pdf
    height250


    Tabs Page
    idManuals
    titleManuels

    Manuels disponibles en version anglaise seulement.


    Tabs Page
    idLog
    titleLog

    Section disponible dans la la version anglaise.


    Tabs Page
    idFiche Technique
    titleFiche Technique

    Section disponible dans la version anglaise.


    Tabs Page
    idDépannage et FAQ
    titleDépannage et FAQ

    Dépannage

    true
    UI Expand
    expanded
    Dépannage
    titleLe microscope n'affiche pas la lumière verte habituelle, que faire?

    Habituellement, ce microscope affiche une lumière verte lorsqu'il est opérationel et une lumière orange lorsqu'il est en cours d'utilisation.

    Une lumière rouge est allumée signifie que le microscope n'est pas fonctionnel. Dans ce cas

    veuillez

    veuillez contacter le responsable de la plateforme.


    FAQ

    UI Expand
    FAQ
    titlePuis-je utiliser ce microscope pour observer des cellules en culture?
    Non

    Oui. Ce microscope est conçu pour l'acquisition à haut-débit de spécimen en plaques multi-puits. Le microscope peut controller la temperature mais ne dispose pas d'une chambre environementale.
    Vous pouvez également faire l'acquisition d'images de specimen entre lame et lamelle (épaisseur 0.17mm)


    UI Expand
    titleComment éteindre le microscope?

    Habituellement le microscope reste allumé. Cependant, il est préférable de l'éteindre en cas de non-utilisation prolongée. Pour ce faire:

    1. Naviguez dans le menu Application> Hardware>
    2. Cliquez sur Shutdown Instrument
    3. Attendre que le microscope s'éteigne
    4. Le logiciel se ferme automatiquement

    Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.




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    idDemo Image
    titleInCell Analyzer
    directionhorizontal


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    idImage de démonstration
    titleImage de démonstration



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    Plateformes:_foot
    Plateformes:_foot