Le doctorant complète normalement les quatre cours obligatoires du programme au cours des trimestres d'automne et d'hiver qui suivent sa première inscription au programme. D'autres cours peuvent être suivis, par exemple pour explorer un aspect d'importance pour la recherche ou comme complément de connaissances pour préparer la proposition de recherche. Ces cours sont dits hors programme et peuvent être suivis à n'importe quelle étape du cheminement dans le programme. Dans le cas d'un cours suivi ailleurs qu'à l'EBSI, un formulaire Annexe 2 — Autorisation de cours supplémentaire est rempli et déposé auprès du TGDE de l'EBSI.