Introduction à PyMol

Documentation de PyMol et de la structure des protéines

Référez-vous à cette documentation au besoin lorsque vous parcourez le travail pratique.

Interface graphique de PyMol

Afficher la séquences de la protéine

Display | Sequence

La séquence d'acides aminés est affichée par défaut. Pour afficher la séquence d'atomes, utiliser le menu Display | Sequence Mode | Atom Names. Pour revenir à la séquence d'acides aminés, utiliser le menu Display | Sequence Mode | Residue Codes.

Calculer une distance

  1. Démarrer l'outil de mesure avec Menu | Wizard | Measurement
    Remarquez qu'un nouveau menu "Measurement" apparaît en bas, à droite.
  2. Sélectionner Distances | Distances ou Distances | Angle dans le menu "Measurement".
  3. Cliquer sur le bon nombre d'atomes (2 pour une distance, 3 pour un angle) en suivant les instructions qui apparaissent à l'écran (voir l'image ci-dessous).
  4. Cliquer sur le bouton Done du menu "Measurement".

Obtenir la structure secondaire

Pour visualiser la structure secondaire, afficher la protéine en mode "cartoon" :

  1. Hide | everything
    #!/bin/bash
export toto

for i in {1..3}
do	echo $i
done

PYMOL> hide everything
PYMOL> show cartoon
PYMOL> color red, ss h; color yellow, ss s; color green, ss l+''
  2. Show | as | cartoon
  3. Color | by ss | Helix Sheet Loop

ou encore, utiliser les commandes PyMol

PYMOL> hide everything
PYMOL> show cartoon
PYMOL> color red, ss h; color yellow, ss s; color green, ss l+''


Note. Pour obtenir plus d'information sur les commandes de PyMol, consulter la Documentation.

Trouver la position des ponts H

Action | Find | polar contacts | to any excluding solvent

Réinitialiser l'espace de travail

Pour éliminer cette structure avant de passer à l'analyse de la suivante utiliser le menu File | Reinitialize

ou encore la commande

PYMOL> reinitialize everything

Quitter PyMol

File | Quit

Motifs 

Note. Pour ouvrir le fichier dans PyMol, vous pouvez utiliser le menu File | Open.

Ou encore, la commande
PYMOL> fetch code

où code est le code PDB de 4 caractères de la protéine. Par exemple, pour la première protéine ci-dessous, le code serait 1tbg.

N'oubliez pas de réinitialiser votre espace de travail entre chaque protéline tel que décrit à la section Réinitialiser l'espace de travail.

Ouvrez les fichiers suivants dans PyMol et observez leurs caractéristiques:

  • 1tbg: 4 propellers
  • 1a5d: parallel beta-sandwich
  • 1a2t: perpendicular beta-sandwich
  • 1tim: parallel barrel
  • 1af6: 3 barrels forming 1
  • 1pxq:protéine circulaire
  • 4ttn:protéine circulaire
  • Aucune étiquette