Bruker AVANCE NEO - 500 MHz
Applications principales
Analyse de petites molécules, de peptides ou de biomolécules de petites tailles. Suivi de titrage entre une biomolécule (protéines, ARN, ADN) et un ligand. Évaluation rapide d’un échantillon de biomolécule ou d’un complexe biomolecule-ligand dans le cadre d’une étude biophysique ou de biologie structurale.
Tubes RMN : 3 ou 5 mm de diamètre (Standard ou Shigemi).
Températures contrôlées : entre 0 et 80˚C.
Aimant et console
Aimant supraconducteur blindé Oxford de 500 MHz (11.7 Tesla) couplé à une console Bruker AVANCE NEO.
Sondes
Normalement équipé d’une sonde TXI 5 mm (inverse triple resonance) avec accessoires de tuning et matching automatique et de Z-gradient. Cette sonde sert à l’observation du 1H avec capacité de découplage du 13C, 15N et 2D.
Une seconde sonde est disponible au besoin : QXI 5 mm (inverse quadruple resonance) avec accessoires de tuning et matching automatique et de Z-gradient. Cette sonde sert à l’observation du 1H avec capacité de découplage du 13C, 15N et 31P dans la même expérience. Peut être utilisé pour l’observation du 13C, 15N et 31P malgré que la sonde ne soit pas optimisée en ce sens.
Logiciels
- TopSpin 4.1.3 (Linux CentOS)
- Complete Molecular Confidence suite (CMC-assist & CMC-se)
- Non-Uniform Sampling (NUS)
- Protein Dynamics Center
Bruker AVANCE NEO - 600 MHz
Applications principales
Sensibilité accrue avec l’utilisation de la cryo-sonde. Idéal pour les expériences multidimensionnelles de triple résonance pour les études structurales et pour les études de dynamique des protéines et des acides nucléiques.
Tubes RMN : 3 ou 5 mm de diamètre (Standard ou Shigemi) et shaped tubes de Bruker (avec SPU)
Températures contrôlées : entre 0 et 80˚C.
Aimant et console
Aimant supraconducteur blindé Oxford de 600 MHz (14.1 Tesla) couplé à une console Bruker AVANCE NEO.
Sondes
Normalement équipé d’une cryo-sonde de type TCI 5 mm (inverse triple resonance) avec accessoires de tuning et matching automatique, de Z-gradient et un sample positioning unit (SPU). Cette sonde est équipée de préamplificateurs refroidis pour le 1H et le 13C. Elle permet donc l’observation à haute sensibilité du 1H (capacité de découplage du 13C, 15N et 2D) et du 13C (capacité de découplage du 1H, 15N et 2D). Le préamplificateur pour le signal du lock (2D) est également refroidi ce qui permet d’utiliser de plus faibles pourcentages de solvant deutéré.
Une seconde sonde est disponible au besoin : TXI 5 mm (inverse triple resonance – RT probe) avec accessoires de tuning et matching automatique et de Z-gradient. Cette sonde sert à l’observation du 1H avec capacité de découplage du 13C, 15N et 2D.
Logiciels
- TopSpin 4.1.3 (Linux CentOS)
- Complete Molecular Confidence suite (CMC-assist & CMC-se)
- Non-Uniform Sampling (NUS)
- Protein Dynamics Center
Bruker AVANCE NEO - 700 MHz
Applications principales
Très bonne résolution et sensibilité. Idéal pour les expériences multidimensionnelles de triple résonance pour les études structurales et pour les études de dynamique des protéines et des acides nucléiques.
Tubes RMN : 3 ou 5 mm de diamètre (Standard ou Shigemi).
Températures contrôlées : entre 0 et 80˚C.
Aimant et console
Aimant supraconducteur blindé Bruker Ascend de 700 MHz (16.4 Tesla) couplé à une console Bruker AVANCE NEO.
Sondes
Normalement équipé d’une sonde TXI 5 mm (inverse triple resonance) avec accessoires de tuning et matching automatique et de Z-gradient. Cette sonde sert à l’observation du 1H avec capacité de découplage du 13C, 15N et 2D.
Une seconde sonde est disponible au besoin : BBI 5 mm (inverse broadband) avec accessoires de tuning et matching automatique et de Z-gradient. Cette sonde permet l’observation du 1H avec capacité de découplage d’un seul type de noyaux entre 31P et 109Ag, selon la configuration. Très utiles pour des expériences de type HSQC, HMQC et HMBC. Peut être utilisé pour l’observation du 13C, 15N et 31P malgré que la sonde ne soit pas optimisée en ce sens.
Logiciels
- TopSpin 4.1.3 (Linux CentOS)
- Complete Molecular Confidence suite (CMC-assist & CMC-se)
- Non-Uniform Sampling (NUS)
- Protein Dynamics Center
Diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS)
La diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS) permet d’obtenir de l’information sur les fluctuations de la densité électronique de structures moléculaires, et sur la taille et la forme générale de ces structures. Cela peut être en autre utilisé pour l’étude en solution de polymères, de gels et de biomolécules (protéines, acides nucléiques).
Description de l'équipement
Le Bio-Nordic de SAXSLAB équipé de la plateforme sous-vide GANESHA permet de mesurer la diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS) à des vecteurs de diffusion (q-values) situées entre 0.0006 et 3.4 Å-1, tant pour les applications de SAXS (small angle) que de WAXS (wide angle), pour des particules de tailles allant jusqu’à 150 nm de diamètre.
Source de rayons X
Les rayons X sont générés par un Excillum MetalJet D2+ 70 kV où circule un alliage au gallium 95% (anode à jet liquide – 1.34 Å). Cette source puissante offre une luminosité supérieure à une anode tournante conventionnelle et permet l’analyse d’échantillons en un temps réduit.
Détecteur
Le Bio-Nordic est munit d'un photo-détecteur sensible au photon unique (Dectris EIGER2 R 1M) offrant une résolution spatiale micrométrique (pixels de 75 µm x 75 µm) sur un large champ de vue (1M de pixels), refroidi à l'eau et installé dans une chambre à vide pour une sensibilité accrue.
Criblage haut-débit
Le robot du Bio-Nordic permet un criblage à haut débit (échantillonneur de plaques 96 puits réfrigéré) en automatisant la manipulation des échantillons. Seulement 20 µL d’échantillon est requis par analyse.
Logiciels
- Linux Ubuntu 16.04
- RAW 1.4.2 (BioXolver)
- ATSAS 2.8.4
- DENSS
Chromatographie d’exclusion couplée avec la mesure de la diffusion de la lumière sous multiples angles (SEC-MALS)
Le SEC-MALS permet la détermination précise de la masse molaire absolue ainsi que du rayon de giration (Rg) moyen des biomolécules suivant une séparation par chromatographie liquide. La technique utilise la diffusion statique d’une source lumineuse à haute intensité à travers une solution de macromolécules. L’intensité de cette diffusion est ensuite détectée sous plusieurs angles, permettant ainsi un calcul précis de la masse molaire et du rayon de giration (Rg) moyen.
Description de l'équipement
Chromatographie analytique
Un système de chromatographie ÄKTAmicro (GE Healthcare) est utilisé pour permettre une séparation à haute définition, et à des niveaux analytiques, de macromolécules telles protéines, ARN et ADN. La précision des pompes à faible débit rend possible l’utilisation de colonnes de chromatographie analytique et l’injection de petites quantités de matériel à analyser.
Détecteur de diffusion de la lumière sous plusieurs angles (MALS)
Un détecteur de diffusion de la lumière sous multiples angles Dawn HELEOS II (Wyatt Technology) est branché à la sortie de la colonne de chromatographie. La présence de plusieurs détecteurs permet la détection de la diffusion de la lumière sous 18 angles différents offrant une sensibilité accrue (aussi peu que 200 ng BSA en solution), une large plage de détermination du poids moléculaire (200 Da à 1000 MDa) et de la taille (Rg 10 à 500 nm) des macromolécules.
Détecteur de l’indice de réfraction différentiel (dRI)
Finalement, un détecteur à réfractomètre différentiel OptiLab T-rEX (Wyatt Technology) permet la détermination de la concentration des biomolécules à la sortie de la colonne de séparation.
Colonnes disponibles
Plusieurs colonnes analytiques sont disponible pour l’analyse SEC-MALS des macromolécules.
- Exclusion stérique / filtration sur gel (SEC)
- Superdex 200 Increase, 10×300
- Superose 12, 3.2×300
- Superdex 200 Increase, 3.2×300
- Superdex 75, 3.2×300
- Superose 6 Increase, 3.2×300
- Échange d’ions (IEX)
- Mono S, 1.6×5
- Mono Q, 1.6×5
Logiciels
ASTRA 6.1.6.5 (Wyatt Technology)
Titrage calorimétrique isotherme
Le titrage calorimétrique isotherme (ITC) est une technique biophysique utilisée dans l’étude quantitative des interactions biomoléculaires. La chaleur libérée ou absorbée au moment de la liaison est mesurée directement, et permet de déterminer simultanément tous les paramètres thermodynamiques de la liaison, ainsi que l’affinité et la stœchiométrie de l’interaction. Cette mesure s’effectue en solution, sans modification préalable des partenaires.
Description de l'équipement
Le MicroCal iTC200 fournit un aperçu détaillé des paramètres thermodynamiques d’une liaison. Le système dispose d’une cellule d’échantillonnage de 200 μl, et d’une seringue de titrage de 50 µl, et permet de mesurer directement la chaleur absorbée ou dégagée par le mélange de quantités précises de réactifs lors de l’expérience.
L’analyse des données est effectuée à l’aide du logiciel Origin™, dans lequel l’utilisateur obtient la stœchiométrie (n), la constante de dissociation (KD) et l’enthalpie (ΔH) de l’interaction. Le logiciel Origin peut également être utilisé pour ajuster des modèles plus complexes de liaison (deux sites, compétition etc.).
Il est aussi possible d’utiliser le logiciel de contrôle de l’ITC pour simuler une expérience et déterminer les concentrations de récepteur et ligand optimales à utiliser.
Logiciels
- MicroCal iTC200 Control Software
- OriginLab Origin 7.0
Varian Cary 300 – UV et visible
Le spectrophotomètre UV Cary 300 est un instrument utilisé pour la spectrophotométrie UV et visible. Cet instrument permet de réaliser plusieurs expériences allant d’une mesure de densité optique pour une longueur d’onde donnée jusqu’à la réalisation d’expériences de cinétiques enzymatiques ou de courbes de dénaturation.
Varian Cary Eclipse – Fluorescence
Le spectrofluoromètre Cary Eclipse est un instrument utilisé pour la spectroscopie de fluorescence.