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id | Description |
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title | Description |
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| Zeiss Axio-Imager Z2 upright microscopeJ-A Bombardier Building, Room 3223-01 Advanced Microscope Tier 1 usage price Instrument awarded to Dr. Pascal Chartrand by the Canadian Foundation for Innovation (CFI) - Applications
- Transmitted light
- Interference Contrast (DIC)
- Fluorescence
Light sources Full specifications of the exact Développer |
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title | Caractéristiques complètes de la lampe X-Cite |
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| lampPeak emission Emission peak (nm) | Power (mW) |
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334 | 5 | 365 | 20 | 405 | 19 | 436 | 22 | 546 | 21 | 579 | 18 |
| Exact Quick Start Guide (English pdf) Exact User Guide (English pdf) Comparison between HBO vs X-Cite Exact Mercury Lamp Emission Spectra (English) ( Source )
Objectives 10x/0. 10x/0.30 Air WD 5.30 20x/0.80 Air WD 0.61 - 40x/0.75 Air WD 0.71
63x/1.40 WD Oil 0.19 - 100x/1.30 WD 0.20 oil
100x/1.40 WD 0.17 oil
Développer |
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title | Full lens specifications |
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BF: Bright-field DIC: Interference contrast Filter cubes - DAPI
- GFP
- YFP
- DsRed/Cy3
- TxRed
- Cy3.0
- Cy3.5
- Cy5
- DIC analyzer
Empty
Complete filter specifications | Position | Name | Brand | Identifier | Excitation filter | Dichroic mirror | Emission filter | Comment | 1 | DAPI Filter Set 49 | Zeiss | 488049-9901-000 | 365/50 [ 340-390] | 395LP | 445/50 [420 -470] | 2 | GFP Filter Set 38 | Zeiss | 000000-1031-346 | 470/40 [450 -490] | 495LP | 525/50 [500 -550] | FT 495 | BP 525/50 | 3 | YFP Filter Set 46 | Zeiss | 000000-1196-681 | 500/20 [490 -510] | 515LP | 535/30 [520 -550] | 4 | DsRed Filter Set 43 | Zeiss | 000000-1114-101 | 545/25 [533 -557] | 570LP | 605/70 [570 -640] | FT570 | BP 605/70 | 5 | TxRed Filter Set 45 | Zeiss | 000000-1114-462 | 560/40 [540 -580] | 585LP | 630/75 [593 -667] | 6 | Cy3.0
Chroma | SP102v1 | 546/11 [541 -551] | 557LP | 567/15 [560 -574] | 7 | Cy3.5
Chroma | SP103v1 | 581/10 [576 -586] | 593LP | 617/40 [597 -637] | 8 | Cy5 narrow | Chroma | 49009 | 640/30 [625 -655] | 660LP | 690/50 [665 -715] | 9 | DIC analyzer | Zeiss | 10 | Empty | Detector Position | Nom | Marque | Nom complet | Identifiant | Grossissement | Ouverture numérique | Immersion | Type | Distance de travail (mm) | Transmittance (% [nm]) | Technique | Épaisseur du couvre-objet (mm) |
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1 | 10x/0.30 Air | Zeiss | 10x/0.3 DIC I EC Plan-Neo Fluar M27 | 420340-9901-000 | 10x | 0.3 | Air | Plan Neofluar | 5.2 | >90% [480-780] | BF, DIC, Fluo | 0.17 | 2 | 20x/0.80 Air | Zeiss | 20x/0.8 DIC II Plan-Apochromat W0.8x1/36" | 440640-9903-000 | 20x | 0.8 | Air | Plan Apochromat | 0.55 | >90% [410-800] | BF, DIC, Fluo | 0.17 | 3 |
40x/0.75 Air
| Zeiss | 40x/0.75 DIC II EC Plan-Neofluar M27 | 420360-9900-000 | 40x | 0.75 |
Air
| Plan Neofluar | 0.71 | >90% [410-780] | BF, DIC, Fluo | 0.17 | 4 | 63x/1.40 Huile | Zeiss | 63x/1.4 DIC III Plan-Apochromat M27 | 420782-9900-000 | 63x | 1.4 |
| Plan Apochromat | 0.19 | >80% [440-710] | BF, DIC, Fluo | 0.17 | 5 | 100x/1.30 Huile
| Zeiss | 100x/1.3 DIC III EC Plan-Neofluar M27
| 420490-9900-000 | 100x | 1.3 |
| Plan Neofluar | 0.20 | >80% [400-820] | BF, DIC, Fluo | 0.17 | 6 | 100x/1.40 Huile
| Zeiss | 100x/1.4 DIC III Plan-Apochromat M27
| 420792-9900-000 | 100x | 1.4 |
| Plan Apochromat | 0.17 | >80% [400-820] | BF, DIC, Fluo | 0.17 |
BF: Bright-field DIC: Interference contrast |
- DAPI
- GFP
- YFP
- DsRed/Cy3
- TxRed
- Cy3.0
- Cy3.5
- Cy5
- DIC analyzer
- Empty
Développer |
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title | Complete filter specifications |
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id | User Guide |
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title | User Guide |
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UI Expand |
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| - Remove the dust cover from the microscope
- Turn on the computer (#1)
Turn on the X-Cite exacte lamp on the shelf to the left of the microscope (#2) Info |
---|
The X-Cite exact lamp display will flash during heating (approximately 4 minutes) and will then be operational. |
Avertissement |
---|
The exact X-Cite lamp must be turned on for at least 30 minutes before being turned off and vice versa |
Turn on the power bar on the shelf above the computer (#3) Press the microscope start button located on the rear left of the microscope (#4) Use your UdM credentials to log in to Windows
Remarque |
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When using for the first time, it is necessary to import the microscope-specific parameters BEFORE starting the software. See the First Use section below.
|
Start the Zen Blue software
|
UI Expand |
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| When using for the first time, it is |
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id | User Guide |
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title | User Guide |
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| UI Expand |
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| Remove the dust cover from the microscopeTurn on the computer (#1)Turn on the exact X-Cite lamp on the shelf to the left of the microscope (#2) Info |
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The X-Cite exact lamp display will flash during heating (approximately 4 minutes) and will then be operational. |
Avertissement |
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The exact X-Cite lamp must be turned on for at least 30 minutes before being turned off and vice versa |
Turn on the power bar on the shelf above the computer (#3) Press the microscope start button located on the rear left of the microscope (#4) Use your UdM credentials to log in to Windows
Remarque |
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Attention, cette procédure supprimera tous vos protocoles d’expérience et rétablira les paramètres originaux du logiciel. |
Start the Zen Blue software UI Expand |
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| When using for the first time, it is necessary to import the microscope-specific parameters into the software. This procedure is usually carried out during the training session.However, it is also possible to use it to reset the software if it is not displayed correctly, for example. Remarque |
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Please note, this procedure will delete all your experiment protocols and restore the software to its original settings. |
- If open, close the Zen Blue software and wait for it to close completely (up to 30 seconds)
- On the Desktop open the Documentation folder
- Double-click Settings for Axio-Imager Z2
- A script will run and a black window will appear briefly
- You can then reopen the Zen Blue software
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UI Expand |
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| This procedure puts the microscope in a safe configuration and performs a focus calibration. At the end of this procedure the microscope will be ready for acquisition.
UI Expand |
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| On the microscope touch screen: - Press Home>Load Position to lower the stage to its lowest position
- Press Set Work Position to store this position
- If necessary, move the focus slightly up to remove the “Lower Z limit reached” message displayed on the touchscreen
- Press Home>Microscope>Turret>Objectives>10x to select the 10x objective
- If asked, tap Done to remove the oil lens cleaning warning
- Press Home>Microscope>XYZ>Position>Z-Position>Set zero>Auto to perform focus calibration
- Press OK to start the focus calibration procedure
- Wait a few seconds for the calibration to be completed
Remarque |
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Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Once calibrated, the focus can be found at Z = 11 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile The Z value can be found on the microscope touch screen Home>Z-Position |
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UI Expand |
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title | Première mise au pointFirst focus |
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| Avertissement |
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| Faire d’abord la calibration de la mise au point avant d'effectuer la première mise au point. |
Sur l’écran tactile du microscope : Make sure to calibrate the focus before performing the first focus. |
On the microscope touch screen: - Press Home>Microscope>Turret>Objectives
- Press 10x to select the 10x lens
Info |
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The 10x objective is the safest because it has the longest working distance |
- Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives
Appuyez sur 10x pour sélectionner l'objectif 10x
Info |
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L’objectif 10x est le plus sécuritaire car il possède la plus grande distance de travail (5.3 mm). L'échantillon apparaitra parfaitement net bien avant que l'objectif ne s'approche de celui-ci. Il est recommandé de toujours faire la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire. Les objectifs sont para-focaux, faire la mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire vous permettra ensuite de trouver facilement votre échantillon avec un autre objectif. |
- Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
- Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
- Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile
The sample will appear perfectly sharp long before the lens approaches it. It is recommended to always first focus with the safest lens. The objectives are para-focal, focusing with the safest objective will then allow you to easily find your sample with another objective. |
- Press Home>Load Position to lower the stage to its lowest position
- Press Set Work Position to store this position
- If necessary, move the focus slightly up to remove the “Lower Z limit reached” message displayed on the touchscreen
- Placez la lame de test sur la platine du microscope avec le couvre-objet vers l'objectifPlace the test slide on the microscope stage with the coverslip toward the objective
Remarque |
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| Toujours utiliser la lame de test pour effectuer la première mise au point. |
Si nécessaire, déplacez la platine pour que l'échantillon soit centré sur l'objectif Always use the test slide to perform the first focus.
|
- If necessary, move the stage so that the sample is centered on the objective
Sur l’ordinateur : Ouvrez le logiciel Zen Blue Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (GFP, DsRed, DAPI, etc…) pour activer la configuration Ajustez la mise au point avec la molette principale tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette Remarque |
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Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 11 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position |
- Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
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UI Expand |
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title | Mise au point secondaire |
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Avertissement |
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| Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un autre objectif et de poursuivre avec la mise au point secondaire. |
UI Expand |
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title | Mise au point avec les objectifs à air |
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| Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope : Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives Appuyez sur 20x ou 40x pour sélectionner l'objectif désiré Info |
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L’objectif 20x est le meilleur objectif à Air car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (0.8). Il offre une résolution latérale de 420nm à une longueur d'onde de 550nm. |
- Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
Votre échantillon est prêt pour l’acquisition ! |
UI Expand |
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title | Mise au point avec les objectifs à l'huile |
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| Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope : Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives Appuyez sur 63x Oil, 100x Oil (1.4) ou 100x Oil (1.4) pour sélectionner l'objectif désiré. Le microscope abaissera automatiquement la platine pour que l'échantillon soit accessible. Info |
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L'objectif 63x est le meilleur objectif à l'huile car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (1.4). Il offre une résolution latérale de 240nm à une longueur d'onde de 550nm. |
- Déposer une goutte d’huile sur votre échantillon
- Appuyez sur Done. Le microscope replacera automatiquement l'échantillon à sa position originale.
Dans le logiciel Zen Blue : - Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (GFP, DsRed, DAPI, etc…) pour activer la configuration
- Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
- Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
Votre échantillon est prêt pour l’acquisition ! |
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UI Expand |
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| - Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
- À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
- Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
Remarque |
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Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C: |
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UI Expand |
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| - Enregistrez vos données
- Fermez le logiciel Zen Blue
- Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
- Éteindre l'ordinateur
- Éteindre la barre d'alimentation sur l'étagère au dessus de l'ordinateur (#3)
Éteindre la lampe X-Cite exacte (#2) Avertissement |
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La lampe X-Cite exacte doit être allumée pendant au moins 30 minutes avant d’être éteinte et vice-versa |
- Couvrir l’instrument avec la housse de protection
Remarque |
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| - Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
- Laissez le microscope et l’espace de travail propre
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id | Light Path |
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title | Light Path |
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The following diagrams allow you to follow the light path in transmitted light (bright field, DIC) and in reflected light (fluorescence).
View file |
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name | Zeiss_Z2_Lightpath.pdf |
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height | 250 |
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Tabs Page |
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UI Expand |
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| - Quality control for Illumination, Liquid light guide and filters quality.
- Camera sensor clean up
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UI Expand |
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| - Objective 10-0.3 Plan NeoFluor #420340-9901-000 added
- Parafocality adjustment using 100x-1.4 as reference
- Condenser removed and cleaned (broken glass)
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UI Expand |
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| - Zen 2.6 updated hotfix 12
- Microsoft Windows updated
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UI Expand |
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| - X-Cite Liquid light guide replaced (Transmittance was 75% remaining)
- Fluorescence Light bulb replaced (was 2593 hours)
- Power output at the sample using 20x objective GFP cube 488nm is 116mW
- Objective parafocality adjusted
- Objective Focus speed was changed 10x: 7; 20x: 6; 4-x: 5; 63x: 3; 100x-1.3: 3; 100x-1.4: 3.
- Condenser lens cleaned (oil)
- Data storage OK
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id | Technical Datasheet |
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title | Technical Datasheet |
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| Stand- Zeiss AxioImager Z2 upright Serial: 35230001000
Part Number: 430000-9902 System ID 1022265893 Camera adapter Model 60N-C, 1", 1x, Model: 426114 Motorized Neutral density filters for transmitted light Manual Field diaphragm for transmitted light - Manual polarizer
- Left imaging port with manual splitter camera adapter Model 60N-C, 1", 1x, Model: 426114
- Trinocular with 100% ocular 40% occular/70% camera and 100% manual splitter
- 3mm liquid light guide #805-0038
- Zeiss 423302-0000 Collimator
- Motorized Aperture diaphragm
- Motorized Fluorescence field diaphragm
Light sources- Transmitted Halogen light 12V 100W HAL 100 #423000
- X-Cite exacte 200 W Model XCT10A Serial: XCT10A-0156
CondenserObjectives10x/0.30 Air WD 5.30 DIC I Plan-NeoFluar M27 420340-9901-000 20x/0.80 Air WD 0.61 DIC II Plan-Apochromat W0.8x1/36" 440640-9903-000 - 40x/0.75 Air WD 0.71 DIC II EC Plan-NeoFluar M27 420360-9900-000
63x/1.40 Oil WD 0.19 DIC III Plan-Apochromat M27 420782-9900-000 - 100x/1.30 Oil WD 0.20 DIC III Plan-NeoFluar M27 420490-9900-000
100x/1.40 Oil WD 0.17 DIC III Plan-Apochromat M27 420792-9900-000
Stage- Motorized stage Zeiss AIM System #2502000124
- Remote control joystick
- Inserts
Filters10-positions motorized filter wheel #424913 #424905-0160-810 - DAPI Zeiss Filter Set 49 cube 424933
- GFP Zeiss Filter Set 38 cube 424933
- YFP Zeiss Filter Set 46 cube 424933
- DsRed Zeiss Filter Set 43 cube 424933
- TxRed Zeiss Filter Set 45 cube 424933
- Cy3.0 Chroma #SP102v1 C162410
- Cy3.5 Chroma #SP103v1 C162411
- Cy5 Chroma #49009 C162412
- DIC Analyzer Zeiss 424932-01
- Empty
Detector- Photometrics Prime Camera sCMOS 2048 x 2048 pixels, 16-bit, 30 images/s at full resolution, detector size 13.312mm x 13.312mm (18.8 mm diagonal). Serial: A18B202001. Cameralink cable and PCIe adapter available for imaging 100 images/s
Workstation- HP Z800 Workstation Serial: CZC1473Y0Q Part number: WJ112ECJ#AK6
- 2 x Intel Xeon X5650 2.66 GHz
- RAM 24 GB DDR3 1333 MHz ECC (12 x 2 GB)
- OS 500 GB SSD 410 MB/s
- 2 TB HD Data Storage (2 x 1 TB spanned volume) 110 MB/s
- Video Card ATI FirePro V5800 1 GB DDR5
- Monitor Dell ST2410 24' 1920 x 1080
- Software Zen Blue 2.6 Hotfix 12
IncubationConsumables |
Tabs Page |
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id | FAQ |
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title | Troubleshooting & FAQ |
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| Troubleshooting UI Expand |
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title | I don't see any fluorescence! |
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| The best way to solve a problem in Microscopy is to follow the light path. You will find in the Light path tab of this page, the diagrams which will allow you to follow the light all along its path through the microscope. - Open the light path file
- Starting from the light source and moving towards the detector, verify that there is indeed light after each component of the microscope
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FAQ UI Expand |
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title | Can I use this microscope to observe cells in culture? |
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| No. It is an upright microscope designed for the observation of specimens between a slide and a coverslip (thickness 0.17mm). |
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