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titleFrançaisEnglish
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urlhttps://wiki.umontreal.ca/display/Microscopie/HP+Z840+TraitementDeconvolution+d+ImageWorkstation


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idInstrument Tabs
titleDeconvolution and Image Analysis WorkstationHP Z840 Poste de déconvolution
directionhorizontal


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idDescription
titleDescription


HP Z840

Deconvolution and Image Analysis Workstation

Poste de déconvolution

Pavillon Roger Gaudry, Local R-619
Tarif d'utilisation Station d'analyse

Instrument octroyé au Dre Paradis-Bleau par le Fondation canadienne pour l'Innovation (FCI)

 

  • Applications

    • 2D and Déconvolution 2D et 3D Deconvolution

    • Image processing

    • Traitement d'images

    • Analyse d'imagesImage Analysis

    • Quantification

  • ProcessorProcesseurs

    • 2 x Intel Xeon E5-2623 v4 2.60 GHz 

  • RAM

    • 128 GB (8x16GB) ECC DDR4 2400 MHz

  • DrivesDisques

    • 512 GB OS 512GB NVMe at à 2500 MB/s OS
    • Data Storage 4TB à 4 TB (2x2TB) at 170 MB/s spanned volume for storage

  • Video Card

    • NVidia GTX 1080 with 8GB DDR5 dedicated memory

    • (2x2TB volumes étendus)

  • Carte vidéo

    • nVidia GTX 1080 avec 8GB  de mémoire DDR5 dédiée

  • ÉcranMonitor

    • HP Z24n 24" IPS display avec une résolution native resolution de 1920 x 1200

  • Système d'exploitationOS
    • Windows 10 21H1
  • LogicielsSoftwares

    • ImageJ

    • FIJI

    • Microsoft Office 2016

    • NIS-Elements AR v5.02 64-bits

    • NIS-Elements Offline Deconvolution v4.11 64-bits


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idUser Guide
titleUser Guide d'utilisation


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expandedtrue
titleStartupDémarrage
  1. Allumez l'ordinateur
  2. Allumez l'écran

  3. Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows

  4. Démarrez le logiciel 
  5. Turn on the computer
  6. Log in Windows using your UdM credentials
  7. Start-up NIS-Elements Offline Deconvolution


UI Expand
titleShutdownFermeture
  1. Enregistrez vos données
  2. Save your data
  3. Close Fermez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution
  4. Transférez vos données sur le disque Transfer your data to the D: drive (Data Storage) or to your external drive and delete it from the ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C: drive


UI Expand
titleStorage ManagementGestion du stockage
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque Files can be saved temporarily (during acquisition) on the local C: drive (desktopbureau)
  • At the end of each session, copy your data to your external drive and delete it from the local C: drive
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: You can store your files on the D: drive (Data Storage). If you do, please create a folder per laboratory using the principal investigator last name. Within, create one folder per user (Firstname_LastnameSi vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
Remarque

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:



UI Expand
titlePartage de fichiers avec le Nikon Ti2

Les fichiers peuvent être partagés entre l'ordinateur qui controle le microscope Nikon Ti2 et le poste de déconvolution. Il y a 2 options:

  • Sur l'ordinateur qui contrôle le microscope Nikon Ti2 déplacez vos fichiers dans le dossier Documents publics (C:\Users\Public\Documents)
    Puis sur le poste de déconvolution, accédez au documents publics grâce au raccourci Bureau\Documentation\Public Docs on Nikon Ti2 R619 et copiez les fichiers localement.
  • Si les deux ordinateurs sont allumés vous pouvez directement copier les fichiers de l'ordinateur qui contrôle le microscope sur le poste de deconvolution. Il y  a un raccourci sur le Bureau\Documentation\Public Document on Image processing workstation
Remarque

Dans tous les cas, n'oubliez pas de supprimer les fichiers du dossier public partagéIn any case, your files should be removed from the C: drive.




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idManuals
titleManualsManuels


Manuels disponibles version anglaise.

Manuals


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idLog
titleLog
UI Expand
expandedtrue
titleTo do
  • Bring a network cable to connect directly to Ti2 microscope workstation
UI Expand
title2021-07-20
  • Windows 10 UdeM Image installation
  • Change the 2nd network adapter configuration with fix IP to enable for computer to computer communication
  • Change sharing policies of public document folder


Section disponible dans la version anglaise.


Stand

  • Nikon Eclipse E600 upright Serial 725540

Light sources

  • Transmitted light Halogen 12V 100W Serial 01875599
  • Reflected light
    • Power supply Nikon Mercury lamp Type C SHG1 Serial D12139
    • Bulb housing model LH M100C-1 Serial 039326

Condenser

  • Condenser Universal C-CU Serial 081901
  • Lens Dry NA 0.9
  • Filters: Empty, Ph1, Ph2, Ph3, DICM, DICH, Empty

Objectives

  • 10x/0.3 Plan Fluor Ph1 DLL WD 16 Air
  • 40x/0.75 Plan Fluor Ph2 DLL WD 0.72 Air with PF40 Wollaston prism
  • 100x/1.3 Plan Fluor Ph3 DLL WD 0.2 Oil with PF/PA 100 Oil Wollaston prism
  • Empty
  • Empty
  • Empty
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idTechnical Datasheet
titleTechnical Datasheet
Développer
titleObjectives complete specifications
PositionNameBrandIDMagnificationNumerical ApertureImmersionTypeWorking distance (mm)Transmittance
(% [nm])		TechniqueCover glass thickness (mm)
110x/0.3 AirNikon10x/0.3 Air Plan Fluor Ph1 DLL10x0.3AirPlan Fluor16>75% [400-800]BF, Pol, PhC, Fluo0.17
2

40x/0.75 Air

Nikon40x/0.75 Air Plan Fluor Ph2 DLL40x

0.75

Air

Plan Fluor0.72>80% [400-750]BF, Pol, PhC, Fluo0.17
3

100x/1.3 Oil

Nikon100x/1.3 Oil Plan Fluor Ph3 DLL

100x

1.3
Remarque
Oil
Plan Fluor0.2>75% [400-800]BF, Pol, PhC, Fluo0.174Empty5Empty6Empty

Filters

  • DAPI/Hoechst/AMCA

  • FITC/EGFP

  • TRITC/Rhodamine

  • TexasRed

Développer
titleFilters complete specifications
PositionCube nameBrandIDExcitation FilterDichroic mirrorEmission Filter1DAPI/Hoechst/AMCAChromaCube set 31000v2350/50x [325-375]400LP460/50m [435-485]2FITC/EGFPChromaCube set 41001

480/40x [420-500]

505LP

535/50m [510-560]3TRITC/RhodamineChroma

Cube set 41002c

545/30x [530-560]570LP620/60m [590-650]4Texas RedChroma

Cube set 41004

560/55x [532-588]

595LP645/75m [607-682]5Empty6Empty

Detector

  • Color Camera Nikon DS-Ri2 Serial 701234

Workstation

  • HP Z440 Workstation
  • Intel Xeon E5-1630 v3 @ 3.7GHz
  • RAM 32 GB DDR4 2133 MHz  (4 x 8 GB)
  • OS 256GB SSD 550 MBs
  • 2TB HD Data Storage 150 MBs
  • Video Card NVIDIA Quadro K620 2 GB DDR3 dedicated memory
  • Monitor HP Z24i display 24' 1920x1200

Consumables

Fiche Technique
titleFiche Technique


Section disponible dans la version anglaise.


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idFAQ
titleTroubleshooting Dépannage & FAQ

Dépannage

expanded
UI Expand
titleLa déconvolution ne produit pas les résultats attendus...

Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

  • Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
    Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour
true
titleTroubleshooting

Deconvolution processing not giving expected results...

This usually happens when the image files do not contain the correct metadata.

  • Make sure to save the files with all available metadata on the microscope used for the acquisition.
    This usually requires to save the files in the software propriatery format (.nd for NIS-Elements and Metamorph, .czi for Zen,...)You can always add the correct calibration values after acquisition (pixel size in XY and Z, wavelength, Z-step)
  • Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

FAQ

UI Expand
titleFAQ

Can I use this workstation remotely?

  • Yes and No. You can't use the software remotely but you can start the software locally and connect remotely to make sure all is running smoothly. To do so you need to request permission to the platform manager.

Which deconvolution method should I use?

  • There is not a single answer
  • If you have a single plan you should choose 2D deconvolution. If you have a Z-stack you should pick 3D deconvolution.
  • If you want to have a quick view of the result you should use Fast Deconvolution.
  • For best results Landweber deconvolution
  • For more Yes and No. You can't use the software remotely but you can start the software locally and connect remotely to make sure all is running smoothly. To do so you need to request permission to the platform manager.
Puis-je utiliser ce poste à distance?

Oui et Non. Il n'est pas possible de démarrer le logiciel à distance, cependant vous pouvez le démarrer localement et vous connecter à distance afin de vérifier la bonne execution du processus. Pour ce faire vous devez faire une demande de permission au responsable de la plateforme.

UI Expand
titleQuelle méthode de déconvolution devrais-je utiliser?

Il n'y a pas une seule réponse à cette question:

  • Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
  • Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
  • Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution

Qualitativement les meilleurs résultats sont obtenus avec les méthodes blind et Landweber cependant ces méthodes impliquent un temps de calcul long (plusieurs heures pour les fichiers volumineux).

Plus d'informations au sujet des méthodes de déconvolution offertes sont disponibles (en anglais) au paragraphe 1.2.2 Choosing the deconvolution Method du manuel NIS_Offline Deconvolution_Manual.pdf

Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.




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idImage de démonstration
titleHP Z840 Poste de déconvolution
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idDemo Image
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idDemo ImagesImage de démonstration
titleDemo ImagesImage de démonstration

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