HP Z840 Poste de déconvolution

Pavillon Roger Gaudry, Local R-619
Tarif d'utilisation Station d'analyse

Instrument octroyé au Dre Paradis-Bleau par le Fondation canadienne pour l'Innovation (FCI)

 

  • Applications

    • Déconvolution 2D et 3D

    • Traitement d'images

    • Analyse d'images

    • Quantification

  • Processeurs

    • 2 x Intel Xeon E5-2623 v4 2.60 GHz 

  • RAM

    • 128 GB (8x16GB) ECC DDR4 2400 MHz

  • Disques

    • OS 512GB NVMe à 2500 MB/s
    • Data Storage 4TB à 170 MB/s (2x2TB volumes étendus)
  • Carte vidéo

    • nVidia GTX 1080 avec 8GB  de mémoire DDR5 dédiée

  • Écran

    • HP Z24n 24" IPS avec une résolution native de 1920 x 1200

  • Système d'exploitation
    • Windows 10
  • Logiciels
    • ImageJ

    • FIJI

    • Microsoft Office 2016

    • NIS-Elements AR v5.02 64-bits

    • NIS-Elements Offline Deconvolution v4.11 64-bits

Démarrage
  1. Allumez l'ordinateur
  2. Allumez l'écran
  3. Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows

  4. Démarrez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution
Fermeture
  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
Gestion du stockage
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

Partage de fichiers avec le Nikon Ti2

Les fichiers peuvent être partagés entre l'ordinateur qui controle le microscope Nikon Ti2 et le poste de déconvolution. Il y a 2 options:

  • Sur l'ordinateur qui contrôle le microscope Nikon Ti2 déplacez vos fichiers dans le dossier Documents publics (C:\Users\Public\Documents)
    Puis sur le poste de déconvolution, accédez au documents publics grâce au raccourci Bureau\Documentation\Public Docs on Nikon Ti2 R619 et copiez les fichiers localement.
  • Si les deux ordinateurs sont allumés vous pouvez directement copier les fichiers de l'ordinateur qui contrôle le microscope sur le poste de deconvolution. Il y  a un raccourci sur le Bureau\Documentation\Public Document on Image processing workstation

Dans tous les cas, n'oubliez pas de supprimer les fichiers du dossier public partagé


Section disponible dans la version anglaise.


Section disponible dans la version anglaise.

Dépannage

La déconvolution ne produit pas les résultats attendus...

Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

  • Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
    Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour Zen,...)
  • Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

FAQ

Puis-je utiliser ce poste à distance?

Oui et Non. Il n'est pas possible de démarrer le logiciel à distance, cependant vous pouvez le démarrer localement et vous connecter à distance afin de vérifier la bonne execution du processus. Pour ce faire vous devez faire une demande de permission au responsable de la plateforme.

Quelle méthode de déconvolution devrais-je utiliser?

Il n'y a pas une seule réponse à cette question:

  • Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
  • Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
  • Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution

Qualitativement les meilleurs résultats sont obtenus avec les méthodes blind et Landweber cependant ces méthodes impliquent un temps de calcul long (plusieurs heures pour les fichiers volumineux).

Plus d'informations au sujet des méthodes de déconvolution offertes sont disponibles (en anglais) au paragraphe 1.2.2 Choosing the deconvolution Method du manuel NIS_Offline Deconvolution_Manual.pdf

Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.



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