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id | Description |
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title | Description |
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| HP Z840 Deconvolution and Image Analysis WorkstationPoste de déconvolutionPavillon Roger Gaudry, Local R-619 Tarif d'utilisation Station d'analyse Instrument octroyé au Dre Paradis-Bleau par le Fondation canadienne pour l'Innovation (FCI)
Applications ProcessorProcesseurs RAM DrivesDisques - 512 GB OS 512GB NVMe at à 2500 MB/s OS
- Data Storage 4TB à 4 TB (2x2TB) at 170 MB/s spanned volume for storage
Video Card Carte vidéo ÉcranMonitor - Système d'exploitationOS
- LogicielsSoftwares
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id | User Guide |
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title | User Guide d'utilisation |
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UI Expand |
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expanded | true |
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title | Startup | Démarrage |
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| - Allumez l'ordinateur
- Allumez l'écran
Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows - Démarrez le logiciel
- Turn on the computer
- Log in Windows using your UdM credentials
- Start-up NIS-Elements Offline Deconvolution
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UI Expand |
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| - Enregistrez vos données
- Save your data
- Close Fermez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution
- Transférez vos données sur le disque Transfer your data to the D: drive (Data Storage) or to your external drive and delete it from the ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C: drive
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UI Expand |
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title | Storage Management | Gestion du stockage |
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| - Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque Files can be saved temporarily (during acquisition) on the local C: drive (desktopbureau)
- At the end of each session, copy your data to your external drive and delete it from the local C: drive
- À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
- Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: You can store your files on the D: drive (Data Storage). If you do, please create a folder per laboratory using the principal investigator last name. Within, create one folder per user (Firstname_LastnameSi vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
Remarque |
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Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C: |
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title | Partage de fichiers avec le Nikon Ti2 |
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| Les fichiers peuvent être partagés entre l'ordinateur qui controle le microscope Nikon Ti2 et le poste de déconvolution. Il y a 2 options: - Sur l'ordinateur qui contrôle le microscope Nikon Ti2 déplacez vos fichiers dans le dossier Documents publics (C:\Users\Public\Documents)
Puis sur le poste de déconvolution, accédez au documents publics grâce au raccourci Bureau\Documentation\Public Docs on Nikon Ti2 R619 et copiez les fichiers localement. - Si les deux ordinateurs sont allumés vous pouvez directement copier les fichiers de l'ordinateur qui contrôle le microscope sur le poste de deconvolution. Il y a un raccourci sur le Bureau\Documentation\Public Document on Image processing workstation
Remarque |
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Dans tous les cas, n'oubliez pas de supprimer les fichiers du dossier public partagéIn any case, your files should be removed from the C: drive. |
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id | Manuals |
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title | Manuals | Manuels |
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| Manuels disponibles version anglaise.Manuals |
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| UI Expand |
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| - Bring a network cable to connect directly to Ti2 microscope workstation
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| - Windows 10 UdeM Image installation
- Change the 2nd network adapter configuration with fix IP to enable for computer to computer communication
- Change sharing policies of public document folder
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Section disponible dans la version anglaise.
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id | Technical Datasheet |
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title | Technical Datasheet |
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| Stand- Nikon Eclipse E600 upright Serial 725540
Light sources- Transmitted light Halogen 12V 100W Serial 01875599
- Reflected light
- Power supply Nikon Mercury lamp Type C SHG1 Serial D12139
- Bulb housing model LH M100C-1 Serial 039326
Condenser- Condenser Universal C-CU Serial 081901
- Lens Dry NA 0.9
- Filters: Empty, Ph1, Ph2, Ph3, DICM, DICH, Empty
Objectives- 10x/0.3 Plan Fluor Ph1 DLL WD 16 Air
- 40x/0.75 Plan Fluor Ph2 DLL WD 0.72 Air with PF40 Wollaston prism
- 100x/1.3 Plan Fluor Ph3 DLL WD 0.2 Oil with PF/PA 100 Oil Wollaston prism
- Empty
- Empty
- Empty
Développer |
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title | Objectives complete specifications |
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| Position | Name | Brand | ID | Magnification | Numerical Aperture | Immersion | Type | Working distance (mm) | Transmittance (% [nm]) | Technique | Cover glass thickness (mm) |
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1 | 10x/0.3 Air | Nikon | 10x/0.3 Air Plan Fluor Ph1 DLL | 10x | 0.3 | Air | Plan Fluor | 16 | >75% [400-800] | BF, Pol, PhC, Fluo | 0.17 | 2 | 40x/0.75 Air | Nikon | 40x/0.75 Air Plan Fluor Ph2 DLL | 40x | 0.75 | Air | Plan Fluor | 0.72 | >80% [400-750] | BF, Pol, PhC, Fluo | 0.17 | 3 | | Nikon | 100x/1.3 Oil Plan Fluor Ph3 DLL | 100x | 1.3 | Plan Fluor | 0.2 | >75% [400-800] | BF, Pol, PhC, Fluo | 0.17 | 4 | Empty | 5 | Empty | 6 | Empty | FiltersDAPI/Hoechst/AMCA FITC/EGFP TRITC/Rhodamine TexasRed
Développer |
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title | Filters complete specifications |
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| Position | Cube name | Brand | ID | Excitation Filter | Dichroic mirror | Emission Filter |
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1 | DAPI/Hoechst/AMCA | Chroma | Cube set 31000v2 | 350/50x [325-375] | 400LP | 460/50m [435-485] | 2 | FITC/EGFP | Chroma | Cube set 41001 | 480/40x [420-500] | 505LP | 535/50m [510-560] | 3 | TRITC/Rhodamine | Chroma | Cube set 41002c | 545/30x [530-560] | 570LP | 620/60m [590-650] | 4 | Texas Red | Chroma | Cube set 41004 | 560/55x [532-588] | 595LP | 645/75m [607-682] | 5 | Empty | 6 | Empty | Detector- Color Camera Nikon DS-Ri2 Serial 701234
Workstation- HP Z440 Workstation
- Intel Xeon E5-1630 v3 @ 3.7GHz
- RAM 32 GB DDR4 2133 MHz (4 x 8 GB)
- OS 256GB SSD 550 MBs
- 2TB HD Data Storage 150 MBs
- Video Card NVIDIA Quadro K620 2 GB DDR3 dedicated memory
- Monitor HP Z24i display 24' 1920x1200
ConsumablesFiche Technique | title | Fiche Technique |
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| Section disponible dans la version anglaise.
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id | FAQ |
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title | Troubleshooting Dépannage & FAQ |
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| Dépannage UI Expand | expanded |
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title | La déconvolution ne produit pas les résultats attendus... |
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| Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées. - Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour
| true | title | Troubleshooting |
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Deconvolution processing not giving expected results... This usually happens when the image files do not contain the correct metadata. - Make sure to save the files with all available metadata on the microscope used for the acquisition.
This usually requires to save the files in the software propriatery format (.nd for NIS-Elements and Metamorph, .czi for Zen,...)You can always add the correct calibration values after acquisition (pixel size in XY and Z, wavelength, Z-step) - Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)
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FAQ UI Expand |
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| Can I use this workstation remotely? - Yes and No. You can't use the software remotely but you can start the software locally and connect remotely to make sure all is running smoothly. To do so you need to request permission to the platform manager.
Which deconvolution method should I use? - There is not a single answer
- If you have a single plan you should choose 2D deconvolution. If you have a Z-stack you should pick 3D deconvolution.
- If you want to have a quick view of the result you should use Fast Deconvolution.
- For best results Landweber deconvolution
- For more Yes and No. You can't use the software remotely but you can start the software locally and connect remotely to make sure all is running smoothly. To do so you need to request permission to the platform manager.
| Puis-je utiliser ce poste à distance? |
| Oui et Non. Il n'est pas possible de démarrer le logiciel à distance, cependant vous pouvez le démarrer localement et vous connecter à distance afin de vérifier la bonne execution du processus. Pour ce faire vous devez faire une demande de permission au responsable de la plateforme. |
UI Expand |
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title | Quelle méthode de déconvolution devrais-je utiliser? |
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| Il n'y a pas une seule réponse à cette question: - Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
- Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
- Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution
Qualitativement les meilleurs résultats sont obtenus avec les méthodes blind et Landweber cependant ces méthodes impliquent un temps de calcul long (plusieurs heures pour les fichiers volumineux). Plus d'informations au sujet des méthodes de déconvolution offertes sont disponibles (en anglais) au paragraphe 1.2.2 Choosing the deconvolution Method du manuel NIS_Offline Deconvolution_Manual.pdf |
Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise. |
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