Comparaison des versions

Ancienne version 20

changes.mady.by.user Emmanuel Bajon

Sauvegardée le

comparé à

Nouvelle version Actuel

changes.mady.by.user Emmanuel Bajon

Sauvegardée le

Légende

  • Ces lignes ont été ajoutées. Ce mot a été ajouté.
  • Ces lignes ont été supprimées. Ce mot a été supprimé.
  • La mise en forme a été modifiée.

Inclure page
_head
_head

Button Hyperlink
iconbuild
titleEnglish
typeprimary
urlhttps://wiki.umontreal.ca/pages/viewpage.action?pageId=193498655

Tabs Container
idInstrument Tab container
titleZeiss Elyra PS.1
directionhorizontal


Tabs Page
idDescription
titleDescription

Microscope super-résolution Zeiss Elyra PS.1

Pavillon J-A Bombardier, Local 3223-3
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 2

Instrument octroyé aux Dr Daniel Zenklusen et Pascal Chartrand par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)


Info
titleApplications Principales
  • Fluorescence
  • Imagerie du vivant
    • Super-résolution:
      • SIM (Structured Illumination Microscopy)
      • PALM/STORM (Stochastic Optical Reconstruction Microscopy)
    • TIRF, HiLo
    Imagerie super résolution
    • Sources lumineuses
      • Lampe Halogène pour la lumière transmise
      • X-Cite Xylis  pour la fluorescence visible (pour la localisation d'échantillons uniquement)
      • Lasers (405/488/561/631) pour la fluorescence
    Infonote
    titleStabilité des lasers
    Pour de l'imagerie quantitative, les lasers doivent être allumés 60 à 90 minutes avant l'acquisition
    Développer
    titleCaractéristiques complètes des sources lumineuses

    Laser (nm)

    Puissance nominale à la sortie (mW)

    Puissance à l'objectif 10x en mW (2024/07/15)

    SIM mode

    Puissance à l'objectif 10x en mW (2024/07/15)

    TIRF mode (WF-EPI)

    405

    50

    2.15

    3.6

    488

    100

    5.52

    7.7

    561

    100

    7.9

    10.3

    639

    100

    2.64

    3.2

    • Objectifs
    1. 10x/0.3 Air WD
    2. 63x/1.4 Huile 1.4 WD
    3. Vide
    4. Vide
    5. Vide
    6. Vide
    Développer
    titleCaractéristiques complètes des objectifs
    PositionNomMarqueNom completIdentifiantGrossissementOuverture numériqueImmersionTypeDistance de travail (mm)Transmittance
    (% [nm])    		TechniqueÉpaisseur du couvre-objet (mm)
    110x/0.3 AirZeiss10x/0.3 Plan Neo-Fluoar
    		10x0.3AirPlan NeoFLuar


    		0.17
    263x/1.4Zeiss63x/1.4 Plan Apochromat
    		63x1.4HuilePlan ApoChromat



    BF : Champ clair (Bright-field)
    PhC : Contraste de phase


    • Cubes de filtres
    1. Transmitted light
    2. Filter set 77 HE (GFP/Cy3.5/Cy5)
    3. BP420-490 + LP750
    4. LP 570
    5. BP490-520 + LP750
    6. LP640
    Développer
    titleCaractéristiques complètes des filtres

    Position

    Nom

    Marque

    ID

    Excitation 

    Dichroic 

    Emission 

    Spectres du filtre

    Fluorophore (exemples)

    1

    Transmitted light

    Zeiss







    2

    Filter Set 77 HE

    Zeiss

    		489077-0000-000

    TBP 483 + 564 + 642 (HE)

    TFT 506 + 582 + 659 (HE)

    TBP 526 + 601 + 688 (HE)

    Image Modified

    GFP, FITC, Alexa488, Cy3.5, DsRed, Calcium Orange, mCherry, Cy5, Alexa647

    3

    BP420-490 + LP750

    Zeiss







    4

    LP 570

    Zeiss







    5

    BP490-520 + LP750

    Zeiss







    6

    LP640

    Zeiss







      Détecteur
    • Détecteurs
    1. TV1 pour PALM/STORM (side port): EMCCD iXon EM+ DU-897D-CS0-#BV-462 d’Andor

      1. Back illuminated, >90% QE; Détection d’un photon à la fois, optimisée pour le visible

      2. 512x512, 16 µm pixels (i.e.

     

      1. 1 pixel = 266 nm2of the sample when using the 63x Objective and 1x adapter), 35 fps (full chip) à plusieurs centaines de fps

      2. 14 bits; 10, 5, 3 et 1 MHz

      3. Refroidie à -80oC, bruit d’intégration (Readout noise) de 49 e- à 10 MHz ou de 32 e- à 3 MHz

    2. TV2 pour SR-SIM (bottom port) : EMCCD iXon3 DU-885K CSO VP461 d’Andor
      1. QE 50-65% between 400nm and 750nm
      2. Image acquise full chip : 1004x1002, pixel de 8 µm (i.e. 1 pixel = 133 nm2of the sample when using the 63x Objective and 1x adapter), 31 fps (full chip) à
    13 812
      1. 13 812 fps
      2. Image full chip après traitement SR-SIM : 1904x1900
      3. 14 bits; 35, 27 et 13 MHz
      4. Refroidie à -80oC, bruit d’intégration (Readout noise) de 25 e- à 35 MHz ou de 12 e- à 13 MHz


    Tabs Page
    idGuide d'utilisation
    titleGuide d'utilisation


    UI Expand
    expandedtrue
    titleDémarrage

    Allumez l’ordinateur (#1)

    Allumez la multiprise d’alimentation du microscope (#2), à droite de l'écran

    Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows

    Remarque

    Lors de la première utilisation il est nécessaire d’importer les paramètres du microscope AVANT de démarrer le logiciel. Pour ce faire, suivre les instructions Première Utilisation.


    Démarrez le logiciel Zen Black



    UI Expand
    titlePremière Utilisation

    Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer dans le logiciel les paramètres spécifiques au microscope. Cette procédure est habituellement réalisée lors de la séance de formation.
    Il est cependant également possible de l’utiliser pour réinitialiser le logiciel si celui-ci ne s‘affiche pas correctement par exemple. 

    Remarque

    Attention, cette procédure supprimera tous vos protocoles d’expérience et rétablira les paramètres originaux du logiciel.

    Si ouvert, fermez le logiciel Zen Black et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)

    Sur le Bureau ouvrez le dossier Documentation

    Double-cliquez sur Settings for Elyra

    Cliquez sur Yes

    Cliquez sur OK

    Un script s'excutera et une fenêtre noire apparaitra brièvement

    Vous pouvez ensuite réouvrir le logiciel Zen Black


    UI Expand
    titleChargement des échantillons

    Cette procédure permet de mettre le microscope dans une configuration sécuritaire et d'effectuer une calibration de la mise au point. À la fin de cette procédure le microscope sera prêt pour l'acquisition.


    UI Expand
    titleCalibration de la mise au point (Z)

    Sur l’écran tactile du microscope :

    Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse

    Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position

    Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile

    Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives>10x pour sélectionner l'objectif 10x

    Si demandé, appuyez sur Done pour supprimer l'avertissement de nettoyage de l'objectif à huile

    Appuyez sur Home>Microscope>XYZ>Position>Z-Position>Set zero>Auto pour effectuer la calibration de la mise au point

    Appuyez sur OK pour lancer la procédure de calibration de la mise au point

    Attendre quelques secondes que la calibration soit terminée

    Remarque

    Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z=1.7 mm pour l’encart ajustable et Z=2.4 mm pour les encarts simples. La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

    UI Expand
    titlePremière mise au point


    Avertissement

    Faire d’abord la calibration en Z avant d'effectuer la première mise au point.

    Sur l’écran tactile du microscope :

    Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

    Appuyez sur 10x pour sélectionner l'objectif 10x

    Info

    L’objectif 10x est le plus sécuritaire car il possède une grande distance de travail (6.5 mm). L'échantillon apparaitra parfaitement net bien avant que l'objectif ne s'approche de celui-ci. Il est recommandé de toujours faire la première mise au point avec un objectif sécuritaire. Les objectifs sont para-focaux, faire la mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire vous permettra ensuite de trouver facilement votre échantillon avec un autre objectif.


    Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse

    Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position

    Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile

    Selectionnez un des 3 encarts disponibles: i) Petri, ii) Lame ou iii) Combo avec ajustement de l’inclinaison

    Placez la lame de test dans l'encart avec le couvre-objet vers l'objectif

    Remarque

    Toujours utiliser la lame de test pour effectuer la première mise au point.

     

    Éteindre le controleur du Piezo

    Remarque

    Toujours éteindre le Piezo avant de toucher à l'échantillon.

     

    Placer l’encart sur la platine du microscope 

    Sur l’ordinateur :

    Ouvrez le logiciel Zen Black

    Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF visible ou la Fluo visible pour activer la configuration

    Ajustez la mise au point avec la molette principale tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

    Remarque

    Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z=1.7 mm pour l’encart ajustable et Z=2.4 mm pour les encarts simples. La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

    Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination


    UI Expand
    titleMise au point secondaire


    Avertissement

    Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un autre objectif et de poursuivre avec la mise au point secondaire.


    UI Expand
    titleMise au point avec les objectifs à air

    Ce microscope ne possède pas d'autres objectifs à air que le 10x. Cependant s'il en avait la procédure serait la suivante::

    Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

    Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

    Appuyez sur l'objectif désiré

    Dans le logiciel Zen Black :

    Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF visible ou la Fluo visible pour activer la configuration

    Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

    Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination

    Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !


    UI Expand
    titleMise au point avec les objectifs à l'huile

    Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

    Appuyez sur Home>Microscope>Control>Objectives

    Appuyez sur l'objectif 63x. Le microscope abaissera automatiquement la platine pour que l'échantillon soit accessible.

    Info

    L’objectif 63x est le meilleur objectif à huile car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (1.4). Il offre une résolution latérale de 420nm à une longueur d'onde de 550nm.

     

    Retirez votre échantillon

    Déposer une goutte d’huile sur l'objectif

    Replacez votre échantillon

    Appuyez sur Done. Le microscope replacera automatiquement l'échantillon à sa position originale.

    Allumez le controlleur du Piezo

    Remarque

    Toujours éteindre le Piezo avant de toucher à l'échantillon.

     

    Dans le logiciel Zen Black :

    Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF visible ou la Fluo visible pour activer la configuration

    Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

    Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination

    Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !




    UI Expand
    titleGestion du stockage

    Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)

    À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:

    Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

    Remarque

    Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:


    UI Expand
    titleFermeture

    Enregistrez vos données

    Fermez le logiciel Zen Black

    Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:

    Nettoyez les objectifs à huile avec du nettoyant et du papier à lentille

    Éteindre la barre d’alimentation du microscope (#2)

    Éteindre l'ordinateur (#1)

    Remarque
    titleRappels Importants

    Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope

    Laissez le microscope et l’espace de travail propre




    Tabs Page
    idTrajet lumineux
    titleTrajet lumineux

    Les schémas suivants permettent de suivre le trajet lumineux en lumière transmise (fond clair, contraste de phase) et en lumière réfléchie (fluorescence).


    Tabs Page
    idManuals
    titleManuels

    Manuels disponibles version anglaise.

    1_Sample-Preparation_Elyra.pdf

    2_QuickStart-Guide_Elyra.pdf

    3_Manual_Elyra.pdf

    5_Zeiss Elyra Channel Alignment guide.pdf

    6_Level-adjustable Piezo stage insert for Elyra - leveling using X-Cite in reflection.pdf

     7_Imaging-Biological-Samples_Reference-List.pdf


    Tabs Page
    idLog
    titleLog

    Section disponible dans la version anglaise.


    Tabs Page
    idFiche Technique
    titleFiche Technique

    Section disponible dans la version anglaise.


    Tabs Page
    idDépannage et FAQ
    titleDépannage et FAQ

    Dépannage

    UI Expand
    expandedtrue
    titleJe ne vois pas de fluorescence

    Ce microscope est entièrement motorisé à l'exception de la lampe Xylis pour la fluorescence visible. Assurez vous que la lampe soit allumée en appuyant sur le bouton de la telecomande.

    FAQ

    UI Expand
    titlePuis-je utiliser ce microscope pour observer des cellules en culture?

    Oui. C'est un microscope inversé conçu pour l'observation de spécimen vivant.

    Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.





    Tabs Container
    idDemo Image
    titleZeiss Elyra
    directionhorizontal


    Tabs Page
    idImage de démonstration
    titleImage de démonstration



    Inclure page
    Plateformes:_foot
    Plateformes:_foot