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Structure de la Stefine A

Observez la structure de la Stefine A humaine (fichier 1DVC.pdb) dans PyMol.

La structure de la protéine peut être ouverte avec le menu File | Open.

Questions:

• Quel est le nombre d'hélices-alpha?
• Quel est le nombre de brins-bêta?
• L'emplacement du N-terminal?
• L'emplacement du C-terminal?
• L'emplacement du début de l'hélice-alpha?
• L'emplacement de la fin de l'hélice-alpha?

Maintenant, observez seulement l'hélice-alpha.

• Quel phénomène se produit avec l'hélice-alpha?
• Quel est le rélsidu responsable de ce phénomène (nature et numéro)?

Visualisation d'un complexe protéine-ADN

Téléchargez les fichiers suivants:

• Lambda_repressor.pdb
• DNA.pdb

Protocole pour faciliter la visualisation du complexe protéine-ADN:

1. Ouvrir le fichier ADN.pdb dans PyMol (File | Open).

2. Visualiser l'ADN en cartoon

   PYMOL> show cartoon

3. Cacher l'ADN en format ligne

   PYMOL> hide lines

4. Visualiser l'ADN en mode cercle

   PYMOL> set cartoon_ring_mode, 3

5. Ouvrir le fichier de la protéine (Lambda_repressor.pdb) dans PyMol (File | Open).

6. Visualiser la protéine en cartoon afin de faire apparaître les hélices alpha et les feuillets bêta.

   PYMOL> hide everything, Lambda_repressor
   PYMOL> show cartoon, Lambda_repressor

7. Montrer la surface de la protéine

   PYMOL> show surface, Lambda_repressor

8. Colorer la surface en gris

   PYMOL> color grey, Lambda_repressor

9. Mettre la surface en transparent

   PYMOL> set transparency, 0.5

10. Faire apparaître les liaisons hydrogènes entre la protéine et l'ADN.

11. Identifier les acides aminés impliqués dans des liaisons hydrogènes (Action | Find | polar contacts | to any excluding solvent)

12. Montrer les acides aminés de la sélection en sticks (sele) : Show | as | Sticks.

Question:
Quelle sont les longueurs des liaisons hydrogènes entre les atomes de la protéine et de l'ADN (la distance apparaît en angström (Å)) (pour un rappel de la méthode voir la section Calculer une distance).

Note. Les liaisons hydrogènes doivent être inférieures à 3-4 Å.

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Motifs 

Note. Pour ouvrir le fichier dans PyMol, vous pouvez utiliser le menu File | Open.

Ou encore, la commande

PYMOL> fetch code

où code est le code PDB de 4 caractères de la protéine. Par exemple, pour la première protéine ci-dessous, le code serait 1tbg.

N'oubliez pas de réinitialiser votre espace de travail entre chaque protéline tel que décrit à la section Réinitialiser l'espace de travail.

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