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id	Instrument Tab container
title	Zeiss Elyra PS.1
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Microscope super-résolution

à lumière structurée inversé entièrement motorisé

Zeiss Elyra

Roger Gaudry A-209 / I-203-12

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href https://biochimie.umontreal.ca/plateformes-scientifiques-bmm/microscopie/microscope-super-resolution-zeiss-elyra-sp-1/
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disponibles sur le site de la
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linkText Plateforme de Microscopie du département de Biochimie
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linkText Accès et Formation sur demande
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au responsable de la Plateforme de Microscopie du département de Biochimie
Consultez les
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et la
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id	Log
title	Log

Section disponible dans la version anglaise.

PS.1

Pavillon J-A Bombardier, Local 3223-3
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 2

Instrument octroyé aux Dr Daniel Zenklusen et Pascal Chartrand par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)

Applications
- Lumière transmise
- Fluorescence
- Imagerie du vivant
- magerie super résolution
Sources lumineuses
- Lampe LED pour la lumière transmise
- X-Cite Xylis pour la fluorescence visible
- Lasers (405/488/561/631) pour la fluorescence
  Développer
  title Caractéristiques complètes des sources lumineuses
  Laser (nm) Puissance nominale (mW) Puissance à l'objectif 10x
  405 50
  488 100
  561 100
  642 150

Objectifs

10x/0.3 Air WD
63x/1.4 Huile 1.4 WD
Vide
Vide
Vide

Vide

Développer

title	Caractéristiques complètes des objectifs

Position	Nom	Marque	Nom complet	Identifiant	Grossissement	Ouverture numérique	Immersion	Type	Distance de travail (mm)	Transmittance (% [nm])	Technique	Épaisseur du couvre-objet (mm)
1	10x/0.3 Air	Zeiss	10x/0.3 Plan Neo-Fluoar		10x	0.3	Air	Plan NeoFLuar				0.17
2	63x/1.4	Zeiss	63x/1.4 Plan Apochromat		63x	1.4	Huile	Plan ApoChromat

BF : Champ clair (Bright-field)
PhC : Contraste de phase

Cubes de filtres

DAPI

Développer

title	Caractéristiques complètes des filtres

Position	Nom	Marque	Identifiant	Filtre d'excitation	Miroir dichroïque	Filtre d'émission	Commentaires
1	DAPI Filter Set 49	Zeiss	488049-9901	365/50 [325-375]	395LP	445/50 [420-470]

Détecteur
- 2 Caméras Andor 512 x 512 pixels, -bit, images/s à pleine résolution, taille du capteur mm x mm, taille de pixel 16um x 16um

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id	Guide d'utilisation
title	Guide d'utilisation

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id	Dépannage et FAQ
title	Dépannage et FAQ

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Dépannage

expanded	true
title		Démarrage

Allumez l’ordinateur (#1)
Allumez la multiprise d’alimentation du microscope (#2), à droite de l'écran
Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows

Remarque
Lors de la première utilisation il est nécessaire d’importer les paramètres du microscope AVANT de démarrer le logiciel. Pour ce faire, suivre les instructions Première Utilisation.
Démarrez le logiciel Zen Black

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title	FAQ

Puis-je utiliser ce microscope pour observer des cellules en culture?

Non. C'est un microscope droit conçu pour l'observation de spécimen entre lame et lamelles (d'épaisseur 0.17mm).

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id	Demo Image
title	Zeiss Elyra
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id	Image de démonstration
title	Image de démonstration

Image Removed

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Première Utilisation

Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer dans le logiciel les paramètres spécifiques au microscope. Cette procédure est habituellement réalisée lors de la séance de formation.
Il est cependant également possible de l’utiliser pour réinitialiser le logiciel si celui-ci ne s‘affiche pas correctement par exemple.

Remarque
Attention, cette procédure supprimera tous vos protocoles d’expérience et rétablira les paramètres originaux du logiciel.

Si ouvert, fermez le logiciel Zen Black et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
Sur le Bureau ouvrez le dossier Documentation
Double-cliquez sur Settings for Elyra
Cliquez sur Yes
Cliquez sur OK
Un script s'excutera et une fenêtre noire apparaitra brièvement
Vous pouvez ensuite réouvrir le logiciel Zen Black

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title	Chargement des échantillons

Cette procédure permet de mettre le microscope dans une configuration sécuritaire et d'effectuer une calibration de la mise au point. À la fin de cette procédure le microscope sera prêt pour l'acquisition.

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title	Calibration de la mise au point (Z)

Sur l’écran tactile du microscope :

Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile
Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives>10x pour sélectionner l'objectif 10x
Si demandé, appuyez sur Done pour supprimer l'avertissement de nettoyage de l'objectif à huile
Appuyez sur Home>Microscope>XYZ>Position>Z-Position>Set zero>Auto pour effectuer la calibration de la mise au point
Appuyez sur OK pour lancer la procédure de calibration de la mise au point
Attendre quelques secondes que la calibration soit terminée

Remarque
*Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z=1.7 mm* pour l’encart ajustable et Z=2.4 mm pour les encarts simples**. La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

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title	Première mise au point

Avertissement
Faire d’abord la calibration en Z avant d'effectuer la première mise au point.

Sur l’écran tactile du microscope :

Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

Appuyez sur 10x pour sélectionner l'objectif 10x

Info

L’objectif 10x est le plus sécuritaire car il possède une grande distance de travail (6.5 mm). L'échantillon apparaitra parfaitement net bien avant que l'objectif ne s'approche de celui-ci. Il est recommandé de toujours faire la première mise au point avec un objectif sécuritaire. Les objectifs sont para-focaux, faire la mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire vous permettra ensuite de trouver facilement votre échantillon avec un autre objectif.

Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile
Selectionnez un des 3 encarts disponibles: i) Petri, ii) Lame ou iii) Combo avec ajustement de l’inclinaison
Placez la lame de test dans l'encart avec le couvre-objet vers l'objectif
Remarque
Toujours utiliser la lame de test pour effectuer la première mise au point.
Éteindre le controleur du Piezo
Remarque
Toujours éteindre le Piezo avant de toucher à l'échantillon.
Placer l’encart sur la platine du microscope

Sur l’ordinateur :

Ouvrez le logiciel Zen Black
Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF visible ou la Fluo visible pour activer la configuration

Ajustez la mise au point avec la molette principale tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

Remarque
*Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z=1.7 mm* pour l’encart ajustable et Z=2.4 mm pour les encarts simples**. La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination

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title	Mise au point secondaire

Avertissement
Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un autre objectif et de poursuivre avec la mise au point secondaire.

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title	Mise au point avec les objectifs à air

Ce microscope ne possède pas d'autres objectifs à air que le 10x. Cependant s'il en avait la procédure serait la suivante::

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives
Appuyez sur l'objectif désiré

Dans le logiciel Zen Black :

Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF visible ou la Fluo visible pour activer la configuration
Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

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title	Mise au point avec les objectifs à l'huile

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

Appuyez sur Home>Microscope>Control>Objectives

Appuyez sur l'objectif 63x. Le microscope abaissera automatiquement la platine pour que l'échantillon soit accessible.

Info
L’objectif 63x est le meilleur objectif à huile car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (1.4). Il offre une résolution latérale de 420nm à une longueur d'onde de 550nm.

Retirez votre échantillon
Déposer une goutte d’huile sur l'objectif
Replacez votre échantillon
Appuyez sur Done. Le microscope replacera automatiquement l'échantillon à sa position originale.
Allumez le controlleur du Piezo

Remarque
Toujours éteindre le Piezo avant de toucher à l'échantillon.

Dans le logiciel Zen Black :

Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF visible ou la Fluo visible pour activer la configuration
Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

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title	Gestion du stockage

Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Remarque
Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

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title	Fermeture

Enregistrez vos données
Fermez le logiciel Zen Black
Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
Nettoyez les objectifs à huile avec du nettoyant et du papier à lentille
Éteindre la barre d’alimentation du microscope (#2)
Éteindre l'ordinateur (#1)

Remarque

title	Rappels Importants

Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
Laissez le microscope et l’espace de travail propre

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id	Trajet lumineux
title	Trajet lumineux

Les schémas suivants permettent de suivre le trajet lumineux en lumière transmise (fond clair, contraste de phase) et en lumière réfléchie (fluorescence).

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id	Manuals
title	Manuels

Manuels disponibles version anglaise.

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id	Log
title	Log

Section disponible dans la version anglaise.

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id	Fiche Technique
title	Fiche Technique

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