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titleFrançais
typeprimary
urlhttps://wiki.umontreal.ca/display/Microscopie/Zeiss+Axio-Imager+Z2


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idInstrument Tabs
titleZeiss Axio-Imager Z2
directionhorizontal
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idDescription
titleDescription

Zeiss Axio-Imager Z2 upright microscope

J-A Bombardier Building, Room 3223-01
Advanced Microscope Tier 1 usage price

Instrument awarded to Dr. Pascal Chartrand by the Canadian Foundation for Innovation (CFI)

  • Applications
    • Transmitted light
    • Interference Contrast (DIC)
    • Fluorescence

  • Light sources

    • 12V 100W halogen lamp for transmitted light

    • 200W Exact X-Cite Lamp (340~675nm) for Fluorescence

Full specifications of the exact X-Cite lamp

Peak emission (nm)Power (mW)
3345
36520
40519
43622
54621
57918

X-Cite Exact Quick Start Guide (English pdf)
X-Cite Exact User Guide (English pdf)
Comparison between HBO vs X-Cite Exact Mercury Lamp Emission Spectra (English) ( Source )

  • Objectives

  • 10x/0.30 Air WD 5.30

  • 20x/0.80 Air WD 0.61

  • 40x/0.75 Air WD 0.71

  • 63x/1.40 WD Oil 0.19

  • 100x/1.30  WD 0.20 oil

  • 100x/1.40  WD 0.17 oil

  • Full lens specifications


BF: Bright-field
DIC: Interference contrast

Filter cubes

  1. DAPI
  2. GFP
  3. YFP
  4. DsRed/Cy3
  5. TxRed
  6. Cy3.0
  7. Cy3.5
  8. Cy5
  9. DIC analyzer

  10. Empty


Complete filter specifications

PositionNameBrandIdentifierExcitation filter Dichroic mirrorEmission filterComment

1DAPI
Filter Set 49		Zeiss

488049-9901-000

365/50
[ 340-390]		395LP445/50
[420 -470]


2GFP
Filter Set 38		Zeiss000000-1031-346

470/40
[450 -490]

495LP

525/50
[500 -550]
FT 495BP 525/50
3YFP
Filter Set 46		Zeiss

000000-1196-681

500/20
[490 -510]		515LP535/30
[520 -550]


4DsRed
Filter Set 43		Zeiss

000000-1114-101

545/25
[533 -557]		570LP605/70
[570 -640]		FT570BP 605/70
5TxRed
Filter Set 45		Zeiss000000-1114-462560/40
[540 -580]		585LP630/75
[593 -667]


6Cy3.0

Chroma

SP102v1

546/11
[541 -551]

557LP567/15
[560 -574]


7Cy3.5

ChromaSP103v1

581/10
[576 -586]

593LP617/40
[597 -637]


8Cy5 narrowChroma49009

640/30
[625 -655]

660LP690/50
[665 -715]


9DIC analyzerZeiss






10Empty








Detector


Tabs Page
idUser Guide
titleUser Guide


UI Expand
expandedtrue
titleStartup
  1. Remove the
protective
  1. dust cover from the microscope
  2. Turn on the computer (#1)

  3. Turn on the exact X-Cite lamp on the shelf to the left of the microscope (#2)

    Info

    The

exact

  1. X-Cite exact lamp display will flash during heating (approximately 4 minutes) and will then be operational.


    Avertissement

    The exact X-Cite lamp must be

on 

  1. turned on for at least 30 minutes

 before

  1. before being turned

off 

  1. off and vice versa


  2. Turn on the power bar on the shelf above the computer (#3)

  3. Press the microscope start button located on the rear left of the microscope (#4)

  4. Use your UdM credentials to log in to Windows

    Remarque

    Attention, cette procédure supprimera tous vos protocoles d’expérience et rétablira les paramètres originaux du logiciel.


  5. Start the Zen Blue software


UI Expand
titleFirst Use

When using

it

for the first time, it is necessary to import the microscope-specific parameters into the software.

To do this, follow the First Use instructions .

This procedure is usually carried out during the training session.However, it is also possible to use it to reset the software if it is not displayed correctly, for example.

Remarque

Please note, this procedure will delete all your experiment protocols and restore the software to its original settings.

  1. If open, close the Zen Blue software and wait for it to close completely (up to 30 seconds)
  2. On the Desktop open the Documentation folderDouble-click Settings for Axio-Imager Z2
  3. A script will run and a black window will appear briefly
  4. You can then reopen the Zen Blue software


UI Expand
titleLoading samples

This procedure puts the microscope in a safe configuration and performs a focus calibration. At the end of this procedure the microscope will be ready for acquisition.


UI Expand
titleFocus Calibration

On the microscope touch screen:

  1. Press Home>Load Position to lower the stage to its lowest position
  2. Press Set Work Position to store this position
  3. If necessary, move the focus slightly up to remove the “Lower Z limit reached” message displayed on the touchscreen
  4. Press Home>Microscope>Turret>Objectives>10x to select the 10x objective
  5. If asked, tap Done to remove the oil lens cleaning warning
  6. Press Home>Microscope>XYZ>Position>Z-Position>Set zero>Auto to perform focus calibrationPress OK to start the focus calibration procedureWait a few seconds for the calibration to be completed


Remarque

Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 11 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position



UI Expand
titlePremière mise au point


Avertissement
titleImportant

Faire d’abord la calibration de la mise au point avant d'effectuer la première mise au point.

Sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

  2. Appuyez sur 10x pour sélectionner l'objectif 10x

    Info

    L’objectif 10x est le plus sécuritaire car il possède la plus grande distance de travail (5.3 mm). L'échantillon apparaitra parfaitement net bien avant que l'objectif ne s'approche de celui-ci. Il est recommandé de toujours faire la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire. Les objectifs sont para-focaux, faire la mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire vous permettra ensuite de trouver facilement votre échantillon avec un autre objectif.


  3. Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
  4. Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
  5. Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile

  6. Placez la lame de test sur la platine du microscope avec le couvre-objet vers l'objectif

    Remarque
    titleImportant

    Toujours utiliser la lame de test pour effectuer la première mise au point.

     

  7. Si nécessaire, déplacez la platine pour que l'échantillon soit centré sur l'objectif

Sur l’ordinateur :

  1. Ouvrez le logiciel Zen Blue

  2. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (GFP, DsRed, DAPI, etc…) pour activer la configuration

  3. Ajustez la mise au point avec la molette principale tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

    Remarque

    Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 11 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position


  4. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination


UI Expand
titleMise au point secondaire


Avertissement
titleImportant

Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un autre objectif et de poursuivre avec la mise au point secondaire.


UI Expand
titleMise au point avec les objectifs à air

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

  2. Appuyez sur 20x ou 40x pour sélectionner l'objectif désiré

    Info

    L’objectif 20x est le meilleur objectif à Air car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (0.8). Il offre une résolution latérale de 420nm à une longueur d'onde de 550nm.


  3. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !


UI Expand
titleMise au point avec les objectifs à l'huile

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

  2. Appuyez sur 63x Oil, 100x Oil (1.4) ou 100x Oil (1.4) pour sélectionner l'objectif désiré. Le microscope abaissera automatiquement la platine pour que l'échantillon soit accessible.

    Info

    L'objectif 63x est le meilleur objectif à l'huile car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (1.4). Il offre une résolution latérale de 240nm à une longueur d'onde de 550nm.


  3. Déposer une goutte d’huile sur votre échantillon
  4. Appuyez sur Done. Le microscope replacera automatiquement l'échantillon à sa position originale.

Dans le logiciel Zen Blue :

  1. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (GFP, DsRed, DAPI, etc…) pour activer la configuration
  2. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  3. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination

Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !




UI Expand
titleGestion du stockage
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
Remarque

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:



UI Expand
titleFermeture
  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel Zen Blue
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Éteindre l'ordinateur
  5. Éteindre la barre d'alimentation sur l'étagère au dessus de l'ordinateur (#3)

  6. Éteindre la lampe X-Cite exacte (#2)

    Avertissement

    La lampe X-Cite exacte doit être allumée pendant au moins 30 minutes avant d’être éteinte et vice-versa


  7. Couvrir l’instrument avec la housse de protection
Remarque
titleRappels Importants
  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
  • Laissez le microscope et l’espace de travail propre
Start the Zen Blue software





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idLight Path
titleLight Path


The following diagrams allow you to follow the light path in transmitted light (bright field, DIC) and in reflected light (fluorescence).


View file
nameZeiss_Z2_Lightpath.pdf
height250




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idManuals
titleManuals


Tabs Page
idLog
titleLog


UI Expand
titleTo do
  • Quality control for Illumination, Liquid light guide and filters quality.
  • Camera sensor clean up


UI Expand
title2022-03-28
  • Objective 10-0.3 Plan NeoFlura NeoFluor #420340-9901-000 added
  • Parafocality adjustment using 100x-1.4 as reference
  • Condenser removed and cleaned (broken glass)


UI Expand
title2021-10-20
  • Zen 2.6 updated hotfix 12
  • Microsoft Windows updated


UI Expand
title2021-10-18
  • X-Cite Liquid light guide replaced (Transmittance was 75% remaining)
  • Fluorescence Light bulb replaced (was 2593 hours)
  • Power output at the sample using 20x objective GFP cube 488nm is 116mW
  • Objective parafocality adjusted
  • Objective Focus speed was changed 10x: 7; 20x: 6; 4-x: 5; 63x: 3; 100x-1.3: 3; 100x-1.4: 3.
  • Condenser lens cleaned (oil)
  • Data storage OK


UI Expand
title2021-09-27
  • Added to wiki



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idTechnical Datasheet
titleTechnical Datasheet

Stand

  • Zeiss AxioImager Z2 upright Serial: 35230001000
    Part Number: 430000-9902
    System ID 1022265893

  • Camera adapter Model 60N-C, 1", 1x, Model: 426114

  • Motorized Neutral density filters for transmitted light

  • Manual Field diaphragm for transmitted light

  • Manual polarizer
  • Left imaging port with manual splitter camera adapter Model 60N-C, 1", 1x, Model: 426114
  • Trinocular with 100% ocular 40% occular/70% camera and 100% manual splitter
  • 3mm liquid light guide #805-0038
  • Zeiss 423302-0000 Collimator
  • Motorized Aperture diaphragm
  • Motorized Fluorescence field diaphragm

Light sources

  • Transmitted Halogen light 12V 100W HAL 100 #423000
    • TBD Filters
  • X-Cite exacte 200 W Model XCT10A Serial: XCT10A-0156

Condenser

  • Motorized condenser #424201-9902

  • Lens NA 0.9 WD TBD Part Number: TBD

  • Manual polarizer

  • Filter turret 6 positions manual

    1. H Empty

    2. D Darkfield
    3. DIC III #426706
    4. Ph3
    5. DICII #426702

    6. Ph 2

    7. DIC 426701
    8. Ph 1

Objectives

  1. 10x/0.30 Air WD 5.30 DIC I  Plan-NeoFluar M27 420340-9901-000

  2. 20x/0.80 Air WD 0.61 DIC II Plan-Apochromat W0.8x1/36" 440640-9903-000

  3. 40x/0.75 Air WD 0.71 DIC II EC Plan-NeoFluar M27 420360-9900-000

  4. 63x/1.40 Oil WD 0.19 DIC III Plan-Apochromat M27 420782-9900-000

  5. 100x/1.30 Oil WD 0.20 DIC III Plan-NeoFluar M27 420490-9900-000

  6. 100x/1.40 Oil WD 0.17 DIC III Plan-Apochromat M27 420792-9900-000 

Stage

  • Motorized stage Zeiss AIM System #2502000124
  • Remote control joystick
  • Inserts
    • Slide only

Filters

10-positions motorized filter wheel #424913 #424905-0160-810

  1. DAPI Zeiss Filter Set 49 cube 424933
  2. GFP Zeiss  Filter Set 38 cube 424933
  3. YFP Zeiss  Filter Set 46 cube 424933
  4. DsRed Zeiss  Filter Set 43 cube 424933
  5. TxRed Zeiss  Filter Set 45 cube 424933
  6. Cy3.0 Chroma #SP102v1 C162410
  7. Cy3.5 Chroma #SP103v1 C162411
  8. Cy5 Chroma #49009 C162412
  9. DIC Analyzer Zeiss 424932-01
  10. Empty

Detector

  • Photometrics Prime Camera sCMOS 2048 x 2048 pixels, 16-bit, 30 images/s at full resolution, detector size 13.312mm x 13.312mm (18.8 mm diagonal). Serial: A18B202001. Cameralink cable and PCIe adapter available for imaging 100 images/s

Workstation

  • HP Z800 Workstation Serial: CZC1473Y0Q Part number: WJ112ECJ#AK6
  • 2 x Intel Xeon X5650 2.66 GHz
  • RAM 24 GB DDR3 1333 MHz ECC (12 x 2 GB)
  • OS 500 GB SSD 410 MB/s
  • 2 TB HD Data Storage (2 x 1 TB spanned volume) 110 MB/s
  • Video Card ATI FirePro V5800 1 GB DDR5
  • Monitor Dell ST2410  24' 1920 x 1080
  • Software Zen Blue 2.6 Hotfix 12

Incubation

  • None

Consumables


Tabs Page
idFAQ
titleTroubleshooting & FAQ

Troubleshooting

UI Expand
Troubleshooting
titleI don't see any fluorescence!

The best way to solve a problem in Microscopy is to follow the light path. You will find in the Light path tab of this page, the diagrams which will allow you to follow the light all along its path through the microscope.

  1. Open the light path file
  2. Starting from the light source and moving towards the detector, verify that there is indeed light after each component of the microscope


FAQ

look at cell in a dish
UI Expand
FAQ
titleCan I use this microscope to
observe cells in culture?
No. This It is an upright microscope designed to look at specimen for the observation of specimens between a glass slide and a coverslip (thickness 0.17mm thick cover slip).





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idDemo Image
directionhorizontal


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idDemo Image
titleDemo Image





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Plateformes:_foot-en
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