L'inscription se fait auprès du technicien à la gestion des dossiers étudiants (TGDE, bureau C 2004). La doctorante ou le doctorant doit s'inscrire au début de chaque trimestre (automne, hiver et été), depuis son admission au programme jusqu'au dépôt de sa thèse. Les dates d'inscription sont annoncées au babillard de l'EBSI ainsi que par courriel. La Direction des finances de l'Université de Montréal soumet une facture à chaque étudiante ou étudiant dans le mois qui suit l'inscription trimestrielle. Toute dette antérieure bloque l'inscription à un trimestre subséquent et retient le relevé de notes de fin de trimestre.