HP Z840 Poste de déconvolution

Roger Gaudry R-619

Applications
- Déconvolution 2D et 3D
- Traitement d'images
- Analyse d'images
- Quantification
Processeurs
- 2 x Intel Xeon E5-2623 v4 2.60 GHz
RAM
- 128 GB (8x16GB) ECC DDR4 2400 MHz
Disques
- OS 512GB NVMe à 2500 MB/s
- Data Storage 4TB à 170 MB/s (2x2TB volumes étendus)
Carte vidéo
- nVidia GTX 1080 avec 8GB de mémoire DDR5 dédiée
Écran
- HP Z24n 24" IPS avec une résolution native de 1920 x 1200
Système d'exploitations
- Windows 10 21H1
Logiciels
- ImageJ
- FIJI
- Microsoft Office 2016
- NIS-Elements AR v5.02 64-bits
- NIS-Elements Offline Deconvolution v4.11 64-bits

Enregistrez vos données
Fermez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution
Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:

Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque local C: (bureau)
À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

Manuels disponibles version anglaise.

Section disponible dans la version anglaise.

La déconvolution ne produit pas les résultats attendus...

Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour Zen,...)
Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

Puis-je utiliser ce poste à distance?

Oui et Non. Il n'est pas possible de démarrer le logiciel à distance, cependant vous pouvez le démarrer localement et vous connecter à distance afin de vérifier la bonne execution du processus. Pour ce faire vous devez faire une demande de permission au responsable de la plateforme.

Quelle méthode de déconvolution devrais-je utiliser?

Il n'y a pas une seule réponse à cette question
Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution
Qualitativement les meilleurs résultats sont obtenus avec les méthodes blind et Landweber cependant ces méthodes impliquent un temps de calcul long (plusieurs heures pour les fichiers volumineux)
Plus d'informations au sujet des méthodes de déconvolution offertes sont disponibles (en anglais) au paragraphe 1.2.2 Choosing the deconvolution Method du manuel NIS_Offline Deconvolution_Manual.pdf

Raccourcis espace