L'inscription se fait auprès du technicien en gestion des dossiers étudiants (TGDE, bureau C 2004). Le doctorant doit s'inscrire au début de chaque trimestre (automne, hiver et été), depuis son admission au programme jusqu'au dépôt de sa thèse. Les dates d'inscription sont annoncées au babillard de l'EBSI ainsi que par courriel. La Direction des finances de l'Université soumet une facture à chaque étudiant dans le mois qui suit l'inscription trimestrielle. Toute dette antérieure bloque l'inscription à un trimestre subséquent et retient le relevé de notes de fin de trimestre.