Versions Compared

Old Version 4

changes.mady.by.user Nicolas Stifani

Saved on

compared with

New Version 5

changes.mady.by.user Nicolas Stifani

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Include Page
_Micro-head-en
_Micro-head-en

Button Hyperlink
iconbuild
titleEnglish
typeprimary
urlImaris Workstation
Imaris Station

Poste de Déconvolution et d'Analyse Imaris

er Building

Pavillon Bombardier,

Room

Local 3023

Workstation usage price
Instrument awarded to Dr Pascal Chartrand by the Canadian Foundation for Innovation Tarif d'utilisation Station d'analyse
Instrument octroyé au Dr Pascal Chartrand par la Fondation Canadienne pour l'Innovation  (CFI #) in en

Applications

  • Déconvolution 2D et 3D 

  • Traitement d'images 3D
  • Analyse d'images 3D
  • Quantification 3D

  • 2D and 3D Deconvolution

  • Image processing

  • 3D Image analysis

    • Quantification



Tabs Container
directionhorizontal
Tabs Page
titleDescription

Description

Applications

  • 2D and 3D Deconvolution

  • Image processing

  • 3D Image analysis

  • Quantification

Processor

  • Déconvolution 2D et 3D 

  • Traitement d'images 3D
  • Analyse d'images 3D
  • Quantification 3D

Processeurs

  • 2 x Intel Xeon X5675  3.1 GHz

RAM

  • 96 GB (6 x 16 GB) ECC DDR3 666 MHz

Drives

Stockage

  • OS 1 TB SSD at 500 MB/s
  • Data Storage 4 TB at 170 MB/s
Video Card

Vidéo

  • nVidia Quadro K5000 with 4 GB DDR5 dedicated memory

Monitor

Écrans

  • HP 27bw 27" 1920 x 1080

  • Dell S2721D 27" 2560 x 1440

Softwares

Logiciels

  • Imaris v7.5

  • Autoquant X3.13

  • Zen Lite 3.13
  • ICY
  • ImageJ
  • FIJI
  • R
  • RStudio
  • VLC
  • Bulk Rename utility
Tabs Page
titleUser Guide d'utilisation
User

Guide d'utilisation

UI Expand
expandedtrue
titleStartupDémarrage

  1. Si ce n’est pas déjà fait, allumez l’ordinateur (#1) et connectez-vous à Windows en utilisant vos identifiants UdeM

  2. Les logiciels disponibles se trouvent sur le Bureau dans le dossier Software
  3. If not already done, turn on the computer (#1) and log in to Windows using your UdeM credentials
    4. Available software are located on your Desktop in the Software folder
UI Expand
titleStorage managementGestion du stockage
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque
    • Files can be saved temporarily (during acquisition) on the
  • local C:
    • drive
  • (
    • desktop
  • bureau)
  • At the end of each session, copy your data to your external drive and delete it from the local C: drive
    • You can store your files on the
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D:
    • D: drive
  • (Data Storage).
    • If you do, please create a folder per laboratory using the principal investigator last name. Within, create one folder per user (Firstname_Lastname
  • Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
Note

In any case, your files should be removed from the C: drive.Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

UI Expand
titleShutdownFermeture
  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Éteindre l'ordinateur
  5. Save your data
  6. Close the software
  7. Transfer your data to the D: drive (Data Storage) or to your external drive and delete it from the local C: drive
    8. Turn off the computer

Manuals

Tabs Page
titleManualsManuels
View file
nameImaris_Tutorial.pdf
height250
View file
nameImaris_Manual.pdf
height250

View file
nameAutoQuant X3 User Manual.pdf
height250
View file
nameAutoQuant X Training Handbook.pdf
height250

Manuels


Manuels disponibles dans la version anglaise.

 

Migrated to Windows 11

Tabs Page
titleLogJournal

 Journal


Section disponible dans la version anglaise.

 

Log

UI Expand
title2025-11-13 Windows 11
Tabs Page
titleTechnical Datasheet

Technical Datasheet

Workstation

  • HP Z800 Workstation Serial CZC20472MK
  • I154048-CIB
  • Motherboard HP 0AECh Chipset Intel 5520
  • BIOS 786G5 v03.61 2018-05-03
  • Processor 2 x Intel Xeon X5675 3.1 GHz 
  • RAM 96 GB (6 x 16 GB) ECC DDR3 666 MHz

  • Drives

    • OS 1 TB SSD at 500 MB/s via PCie x4 to SATA3 adapter OWC
    • Data Storage 4 TB at 170 MB/s (4 x 1 TB  RAID 10) 
  • Video Card nVidia Quadro K5000 with 4 GB GDDR5 2.1 TFLOPS

  • Monitors

    • HP 27bw 27" 1920 x 1080

    • Dell S2721D 27" 2560 x 1440

  • OS Windows 11 23H2

  • Bitplane Imaris v7.5.2 x64 Node license

  • Media Cyubernetics Autoquant X3.1 HASP Dongle License
Fiche technique

Fiche Technique


Section disponible dans la version anglaise.

 

Tabs Page
titleDépannage & FAQ

Dépannage

Tabs Page
titleTroubleshooting & FAQ
Troubleshooting

UI Expand
titleDeconvolution processing not giving expected resultsLa déconvolution ne produit pas les résultats attendus

Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

  • Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
    Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour

This usually happens when the image files do not contain the correct metadata.

    Make sure to save the files with all available metadata on the microscope used for the acquisition. This usually requires to save the files in the software proprietary format (.nd for NIS-Elements and Metamorph, .czi for
  • Zen,...)
    • You can always add the correct calibration values after acquisition (pixel size in XY and Z, wavelength, Z-step
  • Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

FAQ

UI Expand
titleCan I use this workstation remotelyPuis-je utiliser ce poste à distance?

Yes! Please contact us to request permission to the platform manager.
Please note that you can't start the software from a remote session but you can start the software locally and then connect remotely to make sure everything is running smoothly.Oui ! Contactez-nous pour faire une demande de permission au responsable de la plateforme.
Note: Il n'est pas possible de démarrer les logiciels à distance. Il est cependant possible de les demarrer localement puis d'y accéder à distance. 

UI Expand
titleWhich deconvolution method should I use?Quelle méthode de déconvolution devrais-je utiliser?

Il n'y a pas une seule réponse à cette question:

  • Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
  • Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
  • Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution

There is no single answer.

  • If you have a single plan you should choose 2D-deconvolution
  • If you have a Z-stack you should pick 3D-deconvolution.
    • If you want to have a quick view of the result you should use Fast Deconvolution.

Include Page
Plateformes:_Plat-foot-en
Plateformes:_Plat-foot-en