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titleFrançaisEnglish
typeprimary
urlhttps://wiki.umontreal.ca/display/Microscopie/HP+Z840+Deconvolution+Workstation


Filters

  • DAPI/Hoechst/AMCA

  • FITC/EGFP

  • TRITC/Rhodamine

  • TexasRed

Detector

  • Color Camera Nikon DS-Ri2 Serial 701234

Workstation

  • HP Z440 Workstation
  • Intel Xeon E5-1630 v3 @ 3.7GHz
  • RAM 32 GB DDR4 2133 MHz  (4 x 8 GB)
  • OS 256GB SSD 550 MBs
  • 2TB HD Data Storage 150 MBs
  • Video Card NVIDIA Quadro K620 2 GB DDR3 dedicated memory
  • Monitor HP Z24i display 24' 1920x1200

Consumables

Tabs Container
idInstrument Tabs
titleHP Z840 Poste de déconvolution
directionhorizontal


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idDescription
titleDescription


HP Z840 Poste de déconvolution

Pavillon Roger Gaudry, Local R-619
Tarif d'utilisation Station d'analyse

Instrument octroyé au Dre Paradis-Bleau par le Fondation canadienne pour l'Innovation (FCI)

 

  • Applications

    • Déconvolution 2D et 3D

    • Traitement d'images

    • Analyse d'images

    • Quantification

  • Processeurs

    • 2 x Intel Xeon E5-2623 v4 2.60 GHz 

  • RAM

    • 128 GB (8x16GB) ECC DDR4 2400 MHz

  • Disques

    • 512 GB OS 512GB NVMe à 2500 MB/s OS
    • Data Storage 4TB 4 TB (2x2TB) à 170 MB/s (2x2TB volumes étendus)

  • Carte vidéo

    • NVidia nVidia GTX 1080 avec 8GB  de mémoire DDR5 dédiée

  • Écran

    • HP Z24n 24" IPS avec une résolution native de 1920 x 1200

  • Système d'exploitationsexploitation
    • Windows 10 21H1
  • Logiciels

    • ImageJ

    • FIJI

    • Microsoft Office 2016

    • NIS-Elements AR v5.02 64-bits

    • NIS-Elements Offline Deconvolution v4.11 64-bits


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idUser Guide
titleGuide d'utilisation


UI Expand
expandedtrue
titleDémarrage
  1. Allumez l'ordinateur
  2. Allumez l'écran

  3. Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows

  4. Démarrez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution


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titleFermeture
  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:


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titleGestion du stockage
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
Remarque

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:



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titlePartage de fichiers avec le Nikon Ti2

Les fichiers peuvent être partagés entre l'ordinateur qui controle le microscope Nikon Ti2 et le poste de déconvolution. Il y a 2 options:

  • Sur l'ordinateur qui contrôle le microscope Nikon Ti2 déplacez vos fichiers dans le dossier Documents publics (C:\Users\Public\Documents)
    Puis sur le poste de déconvolution, accédez au documents publics grâce au raccourci Bureau\Documentation\Public Docs on Nikon Ti2 R619 et copiez les fichiers localement.
  • Si les deux ordinateurs sont allumés vous pouvez directement copier les fichiers de l'ordinateur qui contrôle le microscope sur le poste de deconvolution. Il y  a un raccourci sur le Bureau\Documentation\Public Document on Image processing workstation
Remarque

Dans tous les cas, n'oubliez pas de supprimer les fichiers du dossier public partagé




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Manuels
idManuals
titleManuels


Manuels disponibles version anglaise.


  • Windows 10 UdeM Image installation
  • Change the 2nd network adapter configuration with fix IP to enable for computer to computer communication
    • Change sharing policies of public document folder

    Section disponible dans la version anglaise.

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    idLog
    titleLog


    UI Expand
    expandedtrue
    titleTo do
    • Bring a network cable to connect directly to Ti2 microscope workstation
    UI Expand
    title2021-07-20


    Stand

    • Nikon Eclipse E600 upright Serial 725540

    Light sources

    • Transmitted light Halogen 12V 100W Serial 01875599
    • Reflected light
      • Power supply Nikon Mercury lamp Type C SHG1 Serial D12139
      • Bulb housing model LH M100C-1 Serial 039326

    Condenser

    • Condenser Universal C-CU Serial 081901
    • Lens Dry NA 0.9
    • Filters: Empty, Ph1, Ph2, Ph3, DICM, DICH, Empty

    Objectives

    • 10x/0.3 Plan Fluor Ph1 DLL WD 16 Air
    • 40x/0.75 Plan Fluor Ph2 DLL WD 0.72 Air with PF40 Wollaston prism
    • 100x/1.3 Plan Fluor Ph3 DLL WD 0.2 Oil with PF/PA 100 Oil Wollaston prism
    • Empty
    • Empty
    • Empty
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    idTechnical Datasheet
    titleTechnical Datasheet
    Développer
    titleObjectives complete specifications
    PositionNameBrandIDMagnificationNumerical ApertureImmersionTypeWorking distance (mm)Transmittance
    (% [nm])    		TechniqueCover glass thickness (mm)
    110x/0.3 AirNikon10x/0.3 Air Plan Fluor Ph1 DLL10x0.3AirPlan Fluor16>75% [400-800]BF, Pol, PhC, Fluo0.17
    2

    40x/0.75 Air

    		Nikon40x/0.75 Air Plan Fluor Ph2 DLL40x

    0.75

    Air

    		Plan Fluor0.72>80% [400-750]BF, Pol, PhC, Fluo0.17
    3

    100x/1.3 Oil

    		Nikon100x/1.3 Oil Plan Fluor Ph3 DLL

    100x

    		1.3
    Remarque
    Oil
    		Plan Fluor0.2>75% [400-800]BF, Pol, PhC, Fluo0.174Empty5Empty6Empty
    Développer
    titleFilters complete specifications
    PositionCube nameBrandIDExcitation FilterDichroic mirrorEmission Filter
    1DAPI/Hoechst/AMCAChromaCube set 31000v2350/50x [325-375]400LP460/50m [435-485]
    2FITC/EGFPChromaCube set 41001

    480/40x [420-500]

    505LP

    		535/50m [510-560]
    3TRITC/RhodamineChroma

    Cube set 41002c

    		545/30x [530-560]570LP620/60m [590-650]
    4Texas RedChroma

    Cube set 41004

    560/55x [532-588]

    		595LP645/75m [607-682]
    5Empty6Empty
    Fiche Technique
    titleFiche Technique


    Section disponible dans la version anglaise.


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    idFAQ
    titleTroubleshooting Dépannage & FAQ

    Dépannage

    true
    UI Expand
    expanded
    titleTroubleshootingLa déconvolution ne produit pas les résultats attendus...

    Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

    • Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
      Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour

    Deconvolution processing not giving expected results...

    This usually happens when the image files do not contain the correct metadata.

    • Make sure to save the files with all available metadata on the microscope used for the acquisition.
      This usually requires to save the files in the software propriatery format (.nd for NIS-Elements and Metamorph, .czi for Zen,...)You can always add the correct calibration values after acquisition (pixel size in XY and Z, wavelength, Z-step)
    • Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

    FAQ

    UI Expand
    titleFAQ

    Can I use this workstation remotely?

    • Yes and No. You can't use the software remotely but you can start the software locally and connect remotely to make sure all is running smoothly. To do so you need to request permission to the platform manager.

    Which deconvolution method should I use?

    • There is not a single answer
    • If you have a single plan you should choose 2D deconvolution. If you have a Z-stack you should pick 3D deconvolution.
    • If you want to have a quick view of the result you should use Fast Deconvolution.
    • For best results Landweber deconvolution
    • For more Yes and No. You can't use the software remotely but you can start the software locally and connect remotely to make sure all is running smoothly. To do so you need to request permission to the platform manager.
    Puis-je utiliser ce poste à distance?

    Oui et Non. Il n'est pas possible de démarrer le logiciel à distance, cependant vous pouvez le démarrer localement et vous connecter à distance afin de vérifier la bonne execution du processus. Pour ce faire vous devez faire une demande de permission au responsable de la plateforme.

    UI Expand
    titleQuelle méthode de déconvolution devrais-je utiliser?

    Il n'y a pas une seule réponse à cette question:

    • Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
    • Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
    • Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution

    Qualitativement les meilleurs résultats sont obtenus avec les méthodes blind et Landweber cependant ces méthodes impliquent un temps de calcul long (plusieurs heures pour les fichiers volumineux).

    Plus d'informations au sujet des méthodes de déconvolution offertes sont disponibles (en anglais) au paragraphe 1.2.2 Choosing the deconvolution Method du manuel NIS_Offline Deconvolution_Manual.pdf

    Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.




    Tabs Container
    idImage de démonstration
    titleHP Z840 Poste de déconvolution
    Tabs Container
    idDemo Image
    directionhorizontal


    Tabs Page
    idDemo ImagesImage de démonstration
    titleDemo ImagesImage de démonstration

    Image Modified




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    Plateformes:_foot
    Plateformes:_foot