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HP Z840 Poste de déconvolution

Roger Gaudry R-619

• Applications

  • Déconvolution 2D et 3D

  • Traitement d'images

  • Analyse d'images

  • Quantification

• Processeurs

  • 2 x Intel Xeon E5-2623 v4 2.60 GHz 

• RAM

  • 128 GB (8x16GB) ECC DDR4 2400 MHz

• Disques

  • 512 GB NVMe à 2500 MB/s OS
  • 4 TB (2x2TB) à 170 MB/s volumes étendus

• Carte vidéo

  • NVidia GTX 1080 avec 8GB  de mémoire DDR5 dédiée

• Écran

  • HP Z24n 24" IPS avec une résolution native de 1920 x 1200

• Système d'exploitations
  • Windows 10 21H1
• Logiciels

  • ImageJ

  • FIJI

  • Microsoft Office 2016

  • NIS-Elements AR v5.02 64-bits

  • NIS-Elements Offline Deconvolution v4.11 64-bits

Manuels

Manuels disponibles version anglaise.

• NIS_Batch Deconvolution_User Guide.pdf
• NIS_Offline Deconvolution_Manual.pdf
• Nikon_NIS-Elements_Brochure.pdf

La déconvolution ne produit pas les résultats attendus...

Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

• Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
  Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour

Deconvolution processing not giving expected results...

This usually happens when the image files do not contain the correct metadata.

• Make sure to save the files with all available metadata on the microscope used for the acquisition.
  This usually requires to save the files in the software propriatery format (.nd for NIS-Elements and Metamorph, .czi for Zen,...)
• You can always add the correct calibration values after acquisition (pixel size in XY and Z, wavelength, Z-stepVous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

Puis-je utiliser ce poste à distance?

• Oui et Non. Il n'est pas possible de démarrer le logiciel à distance, cependant vous pouvez le démarrer localement et vous connecter à distance afin de vérifier la bonne execution du processus. Pour ce faire vous devez faire une demande de permission au responsable de la plateforme.

Quelle méthode de déconvolution devrais-je utiliser?

• Il n'y a pas une seule réponse à cette question
• Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
• Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
• Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution
• Qualitativement les meilleurs résultats sont obtenus avec les méthodes blind et Landweber cependant ces méthodes impliquent un temps de calcul long (plusieurs heures pour les fichiers volumineux)

Can I use this workstation remotely?

• Yes and No. You can't use the software remotely but you can start the software locally and connect remotely to make sure all is running smoothly. To do so you need to request permission to the platform manager.

Which deconvolution method should I use?

• There is not a single answer
• If you have a single plan you should choose 2D deconvolution. If you have a Z-stack you should pick 3D deconvolution.
• If you want to have a quick view of the result you should use Fast Deconvolution.
• For best results Landweber deconvolution
• For more Yes and No. You can't use the software remotely but you can start the software locally and connect remotely to make sure all is running smoothly. To do so you need to request permission to the platform manager.