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idInstrument Tabs
titleZeiss Axio-Observer Z1
directionhorizontal
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idDescription
titleDescription

Microscope inversé Zeiss Axio-Observer Z1

Pavillon Roger Gaudry, Local R-421
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 1 Simple

Instrument octroyé aux Dre Audrey Claing et Dr Jean-Philippe Gratton par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)

  • Applications
    • Lumière transmise
    • Contraste de phase
    • Fluorescence
  • Sources lumineuses

    • Lampe LED pour la lumière transmise

    • Lampe Colibri 7 (385/469/555/631) pour la fluorescence

      Développer
      titleCaractéristiques complètes de la source lumineuse Colibri 7 de Zeiss
      Pic d'émission (nm)Puissance (mW)
      385/30150
      469/38110
      555/3040
      631/3350

      Information Zeiss Colibri 7

  • Objectifs

    1. 2.5x/0.085 Air WD 8.8

    2. Vide
    3. 10x/0.25 Air Ph1 WD 6.5

    4. Vide
    5. 20x/0.5 Air Ph2 WD 2.0
    6. 40x/0.95 Air WD 0.25
      Développer
      titleCaractéristiques complètes des objectifs


      PositionNomMarqueNom completIdentifiantGrossissementOuverture numériqueImmersionTypeDistance de travail (mm)Transmittance
      (% [nm])
      TechniqueÉpaisseur du couvre-objet (mm)
      120x/0.5 AirZeiss20x/0.50 Ph2
      EC Plan-Neofluar
      M27
      420351-991020x0.50AirPlan Neofluar2.0Not AvailableBF, PhC, Fluo0.17
      2

      Vide












      3

      40x/0.95

      Zeiss40x/0.95
      Plan-Apochromat Corr
      M27
      420660-9970

      40x

      0.95

      Air

      Plan ApoChromat0.25>80% [400-840]BF, Fluo

      0.13 - 0.21
      Bague d'ajustement

      4Vide










      52.5x/0.085 AirZeiss2.5x/0.085
      EC Plan-Neofluar
      M27 
      420320-99022.5x0.085AirPlan Neofluar8.8>95% [400-750]BF, Fluo0.17
      610x/0.25 AirZeiss10x/0.25 Ph1
      N-Achroplan
      M27 
      420941-991110x0.25AirAchroPlan

      6.5

      Not availableBF, PhC, Fluo0.17

      BF : Champ clair (Bright-field)
      PhC : Contraste de phase

  • Cubes de filtres
    1. DAPI
    2. GFP
    3. Rhodamine
    4. DHE (dihydroethidium)
    5. Cy5
    6. Quadruple DAPI/GFP/Cy3/Cy5
      Développer
      titleCaractéristiques complètes des filtres


      PositionNomMarqueIdentifiantFiltre d'excitation Miroir dichroïqueFiltre d'émissionCommentaires
      1DAPI
      Filter Set 49
      Zeiss

      488049-9901

      365/50
      [325-375]
      395LP445/50
      [420-470]

      2GFP
      Filter Set 13
      Zeiss488013-0000

      470/20
      [460-480]

      495LP

      517/25
      [505-530]

      3Rhodamine
      Filter Set 43
      Zeiss

      000000-1114-101

      545/25
      [533-567]
      570LP605/70
      [570-640]

      4DHECustom

      Custom

      500/50
      [475-525]

      540LP580/20
      [570-590]
      Caractéristiques indéterminées
      Valeurs supposées
      5Cy5
      Filter Set 50
      Zeiss488050-9901640/30
      [625-655]
      660LP

      690/50
      [665-715]


      6Quadruple
      DAPI/GFP/Cy3/Cy5
      Zeiss

      489090-9110-000


      QBS 405 + 493 + 575 + 653

      QBP 425/30+514/30+592/25+709/100

      Filtres d'excitation inclus dans la source lumineuse
  • Détecteur
    • Caméra CCD Zeiss AxioCam MR R3 1388 x 1040 pixels,12-bit, 13 images/s à pleine résolution, taille du capteur 8.9 mm x 6.7 mm
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idGuide d'utilisation
titleGuide d'utilisation
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expandedtrue
titleDémarrage
  1. Retirez la housse de protection du microscope
  2. Allumez l’ordinateur (#1)
  3. Si nécessaire, allumez la multiprise d’alimentation du module d'incubation (#2A) et ouvrir la bonbonne de CO2 (#2B)
  4. Allumez la multiprise d’alimentation du microscope (#3)
  5. Appuyez sur le bouton de démarrage du microscope situé à l'arrière gauche (#4)
  6. Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows

    Remarque

    Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer les paramètres du microscope AVANT de démarrer le logiciel. Pour ce faire, suivre les instructions Première Utilisation.

  7. Démarrez le logiciel Zen



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titlePremière Utilisation

Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer dans le logiciel les paramètres spécifiques au microscope. Cette procédure est habituellement réalisée lors de la séance de formation.
Il est cependant également possible de l’utiliser pour réinitialiser le logiciel si celui-ci ne s‘affiche pas correctement par exemple. 

Remarque

Attention, cette procédure supprimera tous vos protocoles d’expérience et rétablira les paramètres originaux du logiciel.

  1. Si ouvert, fermez le logiciel Zen Blue et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
  2. Sur le Bureau ouvrez le dossier Documentation
  3. Double-cliquez sur Settings for Axio-Observer Z1
  4. Un script s'excutera et une fenêtre noire apparaitra brièvement
  5. Vous pouvez ensuite réouvrir le logiciel Zen
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titleChargement des échantillons

Cette procédure permet de mettre le microscope dans une configuration sécuritaire et d'effectuer une calibration de la mise au point. À la fin de cette procédure le microscope sera prêt pour l'acquisition.

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titleCalibration de la mise au point (Z)

Sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
  2. Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
  3. Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile
  4. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives>10x pour sélectionner l'objectif 10x
  5. Si demandé, appuyez sur Done pour supprimer l'avertissement de nettoyage de l'objectif à huile
  6. Appuyez sur Home>Microscope>XYZ>Position>Z-Position>Set zero>Auto pour effectuer la calibration de la mise au point
  7. Appuyez sur OK pour lancer la procédure de calibration de la mise au point
  8. Attendre quelques secondes que la calibration soit terminée
Remarque

Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 1.5 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

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titlePremière mise au point
Avertissement
titleImportant

Faire d’abord la calibration de la mise au point avant d'effectuer la première mise au point.

Sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives
  2. Appuyez sur 10x pour sélectionner l'objectif 10x

    Info

    L’objectif 10x est le plus sécuritaire car il possède une grande distance de travail (6.5 mm). L'échantillon apparaitra parfaitement net bien avant que l'objectif ne s'approche de celui-ci. Il est recommandé de toujours faire la première mise au point avec un objectif sécuritaire. Les objectifs sont para-focaux, faire la mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire vous permettra ensuite de trouver facilement votre échantillon avec un autre objectif.


  3. Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
  4. Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
  5. Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile
  6. Placez la lame de test sur la platine du microscope avec le couvre-objet vers l'objectif

    Remarque
    titleImportant

    Toujours utiliser la lame de test pour effectuer la première mise au point.

  7. Si nécessaire, déplacez la platine pour que l'échantillon soit centré sur l'objectif

Sur l’ordinateur :

  1. Ouvrez le logiciel Zen

  2. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (DAPI, GFP, Rhodamine, etc…) pour activer la configuration

  3. Ajustez la mise au point avec la molette principale tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

    Remarque

    Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 1.47 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position


  4. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
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titleMise au point secondaire
Avertissement
titleImportant

Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un autre objectif et de poursuivre avec la mise au point secondaire.

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titleMise au point avec les objectifs à air

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

  2. Appuyez sur 20x ou 40x pour sélectionner l'objectif désiré

    Info

    L’objectif 40x est le meilleur objectif à Air car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (0.95). Il offre une résolution latérale de 420nm à une longueur d'onde de 550nm.


  3. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  4. Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !
UI Expand
titleMise au point avec les objectifs à l'huile

Ce microscope ne possède pas d'objectifs à immersion à l'huile. Cependant s'il en avait la procédure serait la suivante:

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

  2. Appuyez sur l'objectif désiré. Le microscope abaissera automatiquement la platine pour que l'échantillon soit accessible.

  3. Déposer une goutte d’huile sur votre échantillon
  4. Appuyez sur Done. Le microscope replacera automatiquement l'échantillon à sa position originale.

Dans le logiciel Zen :

  1. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (GFP, Rhodamine, DAPI, etc…) pour activer la configuration
  2. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  3. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
  4. Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !
UI Expand
titleGestion du stockage
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
Remarque

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

UI Expand
titleFermeture
  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel Zen
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Si utilisé, éteindre la multiprise d’alimentation du module d'incubation (#2A) et fermez la bonbonne de CO2 (#2B)
  5. Sélectionner l'objectif 10x et remettre les objectifs en position basse (Load position)
  6. Éteindre la barre d’alimentation du microscope (#3)
  7. Éteindre l'ordinateur
  8. Couvrir l’instrument avec la housse de protection
Remarque
titleRappels Importants
  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
  • Laissez le microscope et l’espace de travail propre
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idTrajet lumineux
titleTrajet lumineux

Les schémas suivants permettent de suivre le trajet lumineux en lumière transmise (fond clair, contraste de phase) et en lumière réfléchie (fluorescence).

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nameLightPath_Zeiss_Z1.pdf
height250


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idManuals
titleManuels

Section disponible dans la version anglaise.


Tabs Page
idLog
titleLog

Section disponible dans la version anglaise.


Tabs Page
idFiche Technique
titleFiche Technique

Section disponible dans la version anglaise.


Tabs Page
idDépannage et FAQ
titleDépannage et FAQ

Dépannage

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titleL'image en fluorescence n'apparait pas comme d'habitude (fond clair)

Il est possible que la lumière utilisée pour l'excitation de fluorescence se reflète dans la LED de la lumière transmise. Cela se traduit par un bruit de fond en fluorescence. Le fond apparait au lieu d'être noir. Pour résoudre ce problème il y a plusieurs options:

  • Fermer le diaphragme de champ
  • Relever le bras de l'illumination de la lumière transmise
  • Ajouter un cache pour couvrir l'échantillon

FAQ

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titlePuis-je utiliser ce microscope pour observer des cellules en culture?

Oui. C'est un microscope inversé conçu pour l'observation de spécimen en cultures.
Les objectifs sont optimisés pour observer au travers de plaques multi-puits à fond de verre.
Il est également possible d'observer des échantillons entre lame et lamelles (d'épaisseur 0.17mm).

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titlePuis-je utiliser ce microscope pour réaliser des timelapse?

Oui, mais... Ce microscope possède un module d'incubation permettant le maintien de la température et de l'atmosphère. Cependant, il ne possède pas de module permettant le maintien du plan focal dans le temps (Definite Focus). Il est possible que la mise au point ne soit pas aussi bonne lors de longues experiences.

Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.




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idImage de démonstration
titleNikon Eclipse E600
directionhorizontal


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idImage de démonstration
titleImage de démonstration





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Plateformes:_foot
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