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Microscope inversé Zeiss Axio-Observer Z1

Pavillon Roger Gaudry, Local R-421
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 1 

Instrument octroyé aux Dre Audrey Claing et Dr Jean-Philippe Gratton par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)

  • Applications
    • Lumière transmise
    • Contraste de phase
    • Fluorescence

  • Sources lumineuses

    • Lampe LED pour la lumière transmise

    • Lampe Colibri 7 (385/469/555/631) pour la fluorescence

Pic d'émission (nm)Puissance (mW)
385/30150
469/38110
555/3040
631/3350

Information Zeiss Colibri 7

  • Objectifs

    1. 2.5x/0.085 Air WD 8.8

    2. Vide

    3. 10x/0.25 Air Ph1 WD 6.5

    4. Vide
    5. 20x/0.5 Air Ph2 WD 2.0
    6. 40x/0.95 Air WD 0.25
PositionNomMarqueNom completIdentifiantGrossissementOuverture numériqueImmersionTypeDistance de travail (mm)Transmittance
(% [nm])		TechniqueÉpaisseur du couvre-objet (mm)
120x/0.5 AirZeiss20x/0.50 Ph2
EC Plan-Neofluar
M27		420351-991020x0.50AirPlan Neofluar2.0Not AvailableBF, PhC, Fluo0.17
2

Vide












3

40x/0.95

Zeiss40x/0.95
Plan-Apochromat Corr
M27		420660-9970

40x

0.95

Air

Plan ApoChromat0.25>80% [400-840]BF, Fluo

0.13 - 0.21
Bague d'ajustement

4Vide










52.5x/0.085 AirZeiss2.5x/0.085
EC Plan-Neofluar
M27 		420320-99022.5x0.085AirPlan Neofluar8.8>95% [400-750]BF, Fluo0.17
610x/0.25 AirZeiss10x/0.25 Ph1
N-Achroplan
M27 		420941-991110x0.25AirAchroPlan

6.5

Not availableBF, PhC, Fluo0.17

BF : Champ clair (Bright-field)
PhC : Contraste de phase

  • Cubes de filtres
    1. DAPI
    2. GFP
    3. Rhodamine
    4. DHE (dihydroethidium)
    5. Cy5
    6. Quadruple DAPI/GFP/Cy3/Cy5
PositionNomMarqueIdentifiantFiltre d'excitation Miroir dichroïqueFiltre d'émissionCommentaires
1DAPI
Filter Set 49		Zeiss

488049-9901

365/50
[325-375]		395LP445/50
[420-470]
2GFP
Filter Set 13		Zeiss488013-0000

470/20
[460-480]

495LP

517/25
[505-530]
3Rhodamine
Filter Set 43		Zeiss

000000-1114-101

545/25
[533-567]		570LP605/70
[570-640]
4DHECustom

Custom

500/50
[475-525]

540LP580/20
[570-590]		Caractéristiques indéterminées
Valeurs supposées
5Cy5
Filter Set 50		Zeiss488050-9901640/30
[625-655]		660LP

690/50
[665-715]


6Quadruple
DAPI/GFP/Cy3/Cy5		Zeiss

489090-9110-000


QBS 405 + 493 + 575 + 653

QBP 425/30+514/30+592/25+709/100

Filtres d'excitation inclus dans la source lumineuse
  • Détecteur
    • Caméra CCD Zeiss AxioCam MR R3 1388 x 1040 pixels,12-bit, 13 images/s à pleine résolution, taille du capteur 8.9 mm x 6.7 mm


  1. Retirez la housse de protection du microscope
  2. Allumez l’ordinateur (#1)
  3. Si nécessaire, allumez la multiprise d’alimentation du module d'incubation (#2A) et ouvrir la bonbonne de CO2 (#2B)
  4. Allumez la multiprise d’alimentation du microscope (#3)
  5. Appuyez sur le bouton de démarrage du microscope situé à l'arrière gauche (#4)

  6. Utilisez vos identifiants UdM pour vous connecter à Windows

    Lors de la première utilisation il est nécessaire d’importer les paramètres du microscope dans le logiciel. Pour ce faire, suivre les instructions Première Utilisation.

  7. Démarrez le logiciel Zen Blue

Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer dans le logiciel les paramètres spécifiques au microscope. Cette procédure est habituellement réalisée lors de la séance de formation.
Il est cependant également possible de l’utiliser pour réinitialiser le logiciel si celui-ci ne s‘affiche pas correctement par exemple. 

Attention, cette procédure supprimera tous vos protocols d’expérience et rétablira les paramètres originaux du logiciel.

  1. Si ouvert, fermez le logiciel Zen Blue et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
  2. Sur le Bureau ouvrez le dossier Documentation
  3. Double-cliquez sur Settings for Axio-Observer Z1
  4. Un script s'excutera et une fenêtre noire apparaitra brièvement
  5. Vous pouvez ensuite réouvrir le logiciel Zen Blue

Cette procédure permet de mettre le microscope dans une configuration sécuritaire et d'effectuer une calibration de la mise au point. À la fin de cette procédure le microscope sera prêt pour l'acquisition.

Sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
  2. Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
  3. Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile
  4. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives>10x pour sélectionner l'objectif 10x
  5. Si demandé, appuyez sur Done pour supprimer l'avertissement de nettoyage de l'objectif à huile
  6. Appuyez sur Home>Microscope>XYZ>Position>Z-Position>Set zero>Auto pour effectuer la calibration de la mise au point
  7. Appuyez sur OK pour lancer la procédure de calibration de la mise au point
  8. Attendre quelques secondes que la calibration soit terminée

Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = XX mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

Important

Faire d’abord la calibration de la mise au point avant d'effectuer la première mise au point.

Sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

  2. Appuyez sur 10x pour sélectionner l'objectif 10x

    L’objectif 10x est sécuritaire car il possède une grande distance de travail (6.5 mm). L'échantillon apparaitra parfaitement net bien avant que l'objectif ne s'approche de celui-ci. Il est recommandé de toujours faire la première mise au point avec un objectif sécuritaire. Les objectifs sont para-focaux, faire la mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire vous permettra ensuite de trouver facilement votre échantillon avec un autre objectif.

  3. Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre la platine dans sa position la plus basse
  4. Appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
  5. Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message « Lower Z limit reached» qui s'affiche sur l'écran tactile

  6. Placez la lame de test sur la platine du microscope avec le couvre-objet vers l'objectif

    Important

    Toujours utiliser la lame de test pour effectuer la première mise au point.


  7. Si nécessaire, déplacez la platine pour que l'échantillon soit centré sur l'objectif

Sur l’ordinateur :

  1. Ouvrez le logiciel Zen Blue

  2. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (GFP, Rhodamine, DAPI, etc…) pour activer la configuration

  3. Ajustez la mise au point avec la molette principale tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

    Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = XX mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

  4. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination

Important

Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un autre objectif et de poursuivre avec la mise au point secondaire.

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

  2. Appuyez sur 20x ou 40x pour sélectionner l'objectif désiré

    L’objectif 40x est le meilleur objectif à Air car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (0.8). Il offre une résolution latérale de 420nm à une longueur d'onde de 550nm.

  3. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

Ce microscope ne possède pas d'objectifs à immersion à l'huile. Cependant s'il en avait la procédure serait la suivante:

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Microscope>Turret>Objectives

  2. Appuyez sur l'objectif désiré. Le microscope abaissera automatiquement la platine pour que l'échantillon soit accessible.

  3. Déposer une goutte d’huile sur votre échantillon
  4. Appuyez sur Done. Le microscope replacera automatiquement l'échantillon à sa position originale.

Dans le logiciel Zen Blue :

  1. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (GFP, Rhodamine, DAPI, etc…) pour activer la configuration
  2. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  3. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination

Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel Zen Blue
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Éteindre l'ordinateur
  5. Si nécessaire, éteindre la multiprise d’alimentation du module d'incubation (#2A) et fermez la bonbonne de CO2 (#2B)
  6. Éteindre la barre d’alimentation du microscope (#3)
  7. Couvrir l’instrument avec la housse de protection

Rappels Importants

  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
  • Laissez le microscope et l’espace de travail propre

Les schémas suivants permettent de suivre le trajet lumineux en lumière transmise (fond clair, contraste de phase) et en lumière réfléchie (fluorescence).


Section disponible dans la version anglaise.


Section disponible dans la version anglaise.


Dépannage

Il est possible que la lumière utilisée pour l'excitation de fluorescence se reflète dans la LED de la lumière transmise. Cela se traduit par un bruit de fond en fluorescence. Le fond apparait au lieu d'être noir. Pour résoudre ce problème il y a plusieurs options:

  • Fermer le diaphragme de champ
  • Relever le bras de l'illumination de la lumière transmise
  • Ajouter un cache pour couvrir l'échantillon


FAQ

Oui. C'est un microscope inversé conçu pour l'observation de spécimen en cultures.
Les objectifs sont optimisés pour observer au travers de plaques multi-puits à fond de verre.
Il est également possible d'observer des échantillons entre lame et lamelles (d'épaisseur 0.17mm).

Oui, mais... Ce microscope possède un module d'incubation permettant le maintien de la température et de l'atmosphère. Cependant, il ne possède pas de module permettant le maintien du plan focal dans le temps (Definite Focus). Il est possible que la mise au point ne soit pas aussi bonne lors de longues experiences.

Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.


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