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Imaris Station de Déconvolution et d'Analyse
er Building, Room 3023

Workstation usage price
Instrument awarded to Dr Pascal Chartrand by the Canadian Foundation for Innovation (CFI #) in 

Deconvolution and 3D analysis workstation

Station de déconvolution et d'analyse 3D
Pavillon Bombardier, Local 3023

Tarif d'utilisation Station d'analyse
Instrument octroyé au Dr Pascal Chartrand par la Fondation Canadienne pour l'Innovation  (CFI #) en

 

Applications

  • Déconvolution 2D et 3D 

  • Traitement d'images 3D
  • Analyse d'images 3D
  • Quantification 3D

Image Added

Image Added

Applications

  • 2D and 3D Deconvolution

  • Image processing

  • 3D Image analysis

    • Quantification

    Tabs Container
    directionhorizontal
    Tabs Page
    titleDescription

    Description

    Applications

    • 2D and 3D Deconvolution

    • Image processing

    • 3D Image analysis

    • Quantification

    Processor

    • Déconvolution 2D et 3D 

    • Traitement d'images 3D
    • Analyse d'images 3D
    • Quantification 3D

    Processeurs

    • 2 x Intel Xeon X5675  3.1 GHz

    RAM

    • 96 GB (6 x 16 GB) ECC DDR3 666 MHz

    Drives

    Stockage

    • OS 1 TB SSD at 500 MB/s
    • Data Storage 4 TB at 170 MB/s
    Video Card

    Vidéo

    • nVidia Quadro K5000 with 4 GB DDR5 dedicated memory

    Monitor

    Écrans

    • HP 27bw 27" 1920 x 1080

    • Dell S2721D 27" 2560 x 1440

    Softwares

    Logiciels

    • Imaris v7.5

    • Autoquant X3.13

    • Zen Lite 3.13
    • ICY
    • ImageJ
    • FIJI
    • R
    • RStudio
    • VLC
    • Bulk Rename utility
    Tabs Page
    titleUser Guide d'utilisation
    User

    Guide d'utilisation

    UI Expand
    expandedtrue
    titleStartupDémarrage

    1. Si ce n’est pas déjà fait, allumez l’ordinateur (#1) et connectez-vous à Windows en utilisant vos identifiants UdeM

    2. Les logiciels disponibles se trouvent sur le Bureau dans le dossier Software
    3. If not already done, turn on the computer (#1) and log in to Windows using your UdeM credentials
      4. Available software are located on your Desktop in the Software folder
    UI Expand
    titleStorage managementGestion du stockage
    • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque
      • Files can be saved temporarily (during acquisition) on the
    • local C:
      • drive
    • (
      • desktop
    • bureau)
    • At the end of each session, copy your data to your external drive and delete it from the local C: drive
      • You can store your files on the
    • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
    • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D:
      • D: drive
    • (Data Storage).
      • If you do, please create a folder per laboratory using the principal investigator last name. Within, create one folder per user (Firstname_Lastname
    • Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).
    Note

    In any case, your files should be removed from the C: drive.Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

    UI Expand
    titleShutdownFermeture
    1. Enregistrez vos données
    2. Fermez le logiciel
    3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
    4. Éteindre l'ordinateur
    5. Save your data
    6. Close the software
    7. Transfer your data to the D: drive (Data Storage) or to your external drive and delete it from the local C: drive
      8. Turn off the computer

    Manuals

    Tabs Page
    titleManualsManuels
    View file
    nameImaris_Tutorial.pdf
    height250
    View file
    nameImaris_Manual.pdf
    height250

    View file
    nameAutoQuant X3 User Manual.pdf
    height250
    View file
    nameAutoQuant X Training Handbook.pdf
    height250

    Manuels


    Manuels disponibles dans la version anglaise.

     

    Migrated to Windows 11

    Tabs Page
    titleLogJournal

     Journal


    Section disponible dans la version anglaise.

     

    Log

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    title2025-11-13 Windows 11
    Tabs Page
    titleTechnical Datasheet

    Technical Datasheet

    Workstation

    • HP Z800 Workstation Serial CZC20472MK
    • I154048-CIB
    • Motherboard HP 0AECh Chipset Intel 5520
    • BIOS 786G5 v03.61 2018-05-03
    • Processor 2 x Intel Xeon X5675 3.1 GHz 
    • RAM 96 GB (6 x 16 GB) ECC DDR3 666 MHz

    • Drives

      • OS 1 TB SSD at 500 MB/s via PCie x4 to SATA3 adapter OWC
      • Data Storage 4 TB at 170 MB/s (4 x 1 TB  RAID 10) 
    • Video Card nVidia Quadro K5000 with 4 GB GDDR5 2.1 TFLOPS

    • Monitors

      • HP 27bw 27" 1920 x 1080

      • Dell S2721D 27" 2560 x 1440

    • OS Windows 11 23H2

    • Bitplane Imaris v7.5.2 x64 Node license

    • Media Cyubernetics Autoquant X3.1 HASP Dongle License
    Fiche technique

    Fiche Technique


    Section disponible dans la version anglaise.

     

    Tabs Page
    titleDépannage & FAQ

    Dépannage

    Tabs Page
    titleTroubleshooting & FAQ
    Troubleshooting

    UI Expand
    titleDeconvolution processing not giving expected resultsLa déconvolution ne produit pas les résultats attendus

    Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

    • Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
      Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour

    This usually happens when the image files do not contain the correct metadata.

      Make sure to save the files with all available metadata on the microscope used for the acquisition. This usually requires to save the files in the software proprietary format (.nd for NIS-Elements and Metamorph, .czi for
    • Zen,...)
      • You can always add the correct calibration values after acquisition (pixel size in XY and Z, wavelength, Z-step
    • Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

    FAQ

    UI Expand
    titleCan I use this workstation remotelyPuis-je utiliser ce poste à distance?

    Yes! Please contact us to request permission to the platform manager.
    Please note that y    ou can't start the software from a remote session but you can start the software locally and then connect remotely to make sure everything is running smoothly.    Oui ! Contactez-nous pour faire une demande de permission au responsable de la plateforme.
    Note: Il n'est pas possible de démarrer les logiciels à distance. Il est cependant possible de les demarrer localement puis d'y accéder à distance. 

    UI Expand
    titleWhich deconvolution method should I use?Quelle méthode de déconvolution devrais-je utiliser?

    Il n'y a pas une seule réponse à cette question:

    • Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
    • Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
    • Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution

    There is no single answer.

    • If you have a single plan you should choose 2D-deconvolution
    • If you have a Z-stack you should pick 3D-deconvolution.
      • If you want to have a quick view of the result you should use Fast Deconvolution.

    Include Page
    Plateformes:_Plat-foot-en
    Plateformes:_Plat-foot-en