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Poste de déconvolution Nikon

Pavillon Roger Gaudry, Local R-619
Tarif d'utilisation Station d'analyse
Instrument octroyé au Dre Paradis-Bleau par le Fondation canadienne pour l'Innovation (FCI #34495) en 2015


 

Applications

  • Déconvolution 2D et 3D 
  • Traitement d'images
  • Analyse d'images
  • Quantification

Applications

  • Déconvolution 2D et 3D

  • Traitement d'images

  • Analyse d'images

  • Quantification

Processeur

  • 2 x Intel Xeon E5-2623 v4 2.60 GHz 

RAM

  • 128 GB (8 x 16 GB) ECC DDR4 2400 MHz

Stockage

  • OS 512 GB NVMe à 2500 MB/s
  • Data Storage 4 TB à 170 MB/s

Vidéo

  • nVidia GTX 1080 à 8 GB DDR5

Écran

  • HP Z24n 24" IPS résolution 1920 x 1200

Logiciels

  • ImageJ

  • FIJI

  • NIS-Elements AR v5.02 64-bits

  • NIS-Elements Offline Deconvolution v4.11 64-bits

  1. Si ce n’est pas déjà fait, allumez l’ordinateur (#1) et connectez-vous à Windows en utilisant vos identifiants UdeM

  2. Démarrez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel NIS-Elements Offline Deconvolution
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Éteindre l'ordinateur

 

Manuels disponibles dans la version anglaise.

 

 

Section disponible dans la version anglaise.

 

 

Section disponible dans la version anglaise.

 


Dépannage

Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

  • Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
    Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour Zen,...)
  • Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

FAQ

Oui. Faire une demande de permission au responsable de la plateforme. Note: Il n'est pas possible de démarrer les logiciels à distance. Il est cependant possible de les demarrer locallement puis d'y accéder à distance. 

Il n'y a pas une seule réponse à cette question:

  • Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
  • Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
  • Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution

Qualitativement les meilleurs résultats sont obtenus avec les méthodes blind et Landweber cependant ces méthodes impliquent un temps de calcul long (plusieurs heures pour les fichiers volumineux).
Plus d'informations au sujet des méthodes de déconvolution offertes sont disponibles au paragraphe 1.2.2 Choosing the deconvolution Method du manuel disponible dans la version anglaise.

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Contenu publié sous licence CC BY-SA 4.0. Partage autorisé sous la même licence avec attribution: "Contenu original par l'Institut Courtois d'innovation biomédicale, utilisé sous CC BY-SA 4.0"