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Station de déconvolution et d'analyse 3D
Pavillon Bombardier, Local 3023

Tarif d'utilisation Station d'analyse
Instrument octroyé au Dr Pascal Chartrand par la Fondation Canadienne pour l'Innovation  (CFI #) en

 

Applications

  • Déconvolution 2D et 3D 

  • Traitement d'images 3D
  • Analyse d'images 3D
  • Quantification 3D

Description

Applications

  • Déconvolution 2D et 3D 

  • Traitement d'images 3D
  • Analyse d'images 3D
  • Quantification 3D

Processeurs

  • 2 x Intel Xeon X5675  3.1 GHz

RAM

  • 96 GB (6 x 16 GB) ECC DDR3 666 MHz

Stockage

  • OS 1 TB SSD at 500 MB/s
  • Data Storage 4 TB at 170 MB/s

Vidéo

  • nVidia Quadro K5000 with 4 GB DDR5 dedicated memory

Écrans

  • HP 27bw 27" 1920 x 1080

  • Dell S2721D 27" 2560 x 1440

Logiciels

  • Imaris v7.5

  • Autoquant X3.13

  • Zen Lite 3.13
  • ICY
  • ImageJ
  • FIJI
  • R
  • RStudio
  • VLC
  • Bulk Rename utility

Guide d'utilisation

  1. Si ce n’est pas déjà fait, allumez l’ordinateur (#1) et connectez-vous à Windows en utilisant vos identifiants UdeM

  2. Les logiciels disponibles se trouvent sur le Bureau dans le dossier Software
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Éteindre l'ordinateur

Manuels


Manuels disponibles dans la version anglaise.

 

 Journal


Section disponible dans la version anglaise.

 

Fiche Technique


Section disponible dans la version anglaise.

 

Dépannage

Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

  • Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
    Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour Zen,...)
  • Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

FAQ

Oui ! Contactez-nous pour faire une demande de permission au responsable de la plateforme.
Note: Il n'est pas possible de démarrer les logiciels à distance. Il est cependant possible de les demarrer localement puis d'y accéder à distance. 

Il n'y a pas une seule réponse à cette question:

  • Si vous avez une image avec un seul plan en Z vous devriez choisir l'option 2D-deconvolution
  • Si vous avez plusieurs plans en Z vous devriez choisir l'option 3D-deconvolution.
  • Si vous souhaitez obtenir une visualisation rapide du résultat de déconvolution vous devriez choisir la méthode Fast Deconvolution

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