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Microscope Nikon Ti2-Fura

Pavillon PG Desmarais, Local 2236
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 1
Instrument octroyé au au CI2B par la Fondation canadienne pour l'Innovation (FCI #37439) en 2017

 

Applications

  • Microscope inversé

  • Imagerie champ large

    • Champ clair

    • Fluorescence
  • Imagerie en temps réel
  • Imagerie ratiométrique
  • Imagerie à haut-débit



Description

Sources lumineuses

  • LED pour la lumière transmise

  • CoolLED pE340-fura pour la fluorescence

    CanalSourceFiltreFluorophoresPuissance nominale
    (mW)    		Puissance mesurée
    1340nmBP340/20

    Fura

    ?

    		TBD
    2380nmBP380/20

    Fura

    		?

    TBD

    3435-645nm-
    		?

    TBD

  • Lumencor Spectra pour la fluorescence

SourceFiltreLongueurs d'onde d'excitationFluorophoresPuissance nominale
(mW)		Puissance mesurée (mW)
Violet

390

390/22

DAPI, Hoechst

236
Blue

437

437/26CFP301
Cyan

473

473/28FITC, GFP179
Teal

512

512/18YFP60.6
Green542

542/30

TRITC, Cy3

355

Yellow

575575/30

mCherry

293
Red

631

631/28

Cy5

243

Objectifs

  1. 4x/0.2 Air
  2. 10x/0.45 Air
  3. 20x/0.75 Air
  4. 40x/0.75 Air
  5. 60x/1.4 Oil
  6. -
PositionNomMarqueNom completIdentifiantDistance de travail (mm)Transmittance
(% [nm])		TechniqueÉpaisseur de lamelle couvre-objet (mm)
14x/0.2
Air		Nikon

4x/0.2 Air
CFI Plan Apochromat Lambda

MRD00045

20.0
BF, Fluo0.17
210x/0.45
Air		Nikon

10x/0.45 Air
CFI Plan Apochromat Lambda

MRD00105

4.0

 BF, DIC N1, Fluo0.17
320x/0.75
Air		Nikon20x/0.75 Air
CFI Plan Apochromat Lambda		MRD00205

1.0


BF, DIC N2, Fluo0.17
440x/0.75
Air		Nikon40x/0.75 Air
Plan Fluor 		MRH00400

0.66

 BF, DIC, Fluo0.17
5

60x/1.4
Oil

Nikon60x/1.4 Oil
CFI Plan Apochromat Lambda		MRD016050.15
BF, Pol, DIC, Fluo
DIC N2		0.17
6

-





 

BF: Champ clair (Brightfield)
DIC: Contraste d'interférence différentiel

Filtres

  1.  DAPI

  2. GFP

  3. Cy3

  4. Cy5
  5. Fura
  6. -
PositionNomMarqueIdentifiantFiltre d'excitation Miroir dichroïqueFiltre d'émissionCommentaires
1DAPISemrock96370 M352024-409LP447/60Semrock Brightline 96370 M352024 DAPI-3060A
No excitation filter
2GFPSemrockGFP-4050B

466/40x

495LP

525/50mSemrock Brightline 96372 M380163-17 GFP-4050B
3Cy3Semrock

LED-TRITC-A

554/23573LP609/54Semrock Brightline 96374 M380162-10 LED-TRITC-A
4Cy5Semrock

Cy5-5070A

618/50652LP698/70

Semrock Brightline 96376 M351081 23 Cy5-5070A

5FuraChroma

79001-ET-Fura-2

-400LP510/80

Chroma Fura 77074017 79001-ET-Fura2 C189116
Smaller cube (not 32mm). No Excitation Filter.

6--

-

----

Détecteur

  • Photometrics Prime 95B 25mm 

Camera

Photometrics Prime 95B 25mm

Sensor Type

Back-illuminated sCMOS

Sensor Category

Monochrome

Nb Pixels

2.6 M

Pixel Layout

1608 x 1608

Pixel size

11.0 um

Sensor size

17.7 mm x 17.7 mm 

Sensor diagonal

25 mm

Bit depth

16-bit
Speed at full resolution30 images/s

Max QE

95 %
Readout noise1.6 e⁻

Cooling

-20°C Air

Dark Current

0.55 e⁻/pixel/sec

Full well capacity

80 000 e-

Dynamic Range

1: 50 000

Interface

USB 3.0

Mount

F-mount

Guide d'utilisation

  1. Si ce n'est pas déjà fait, allumez l'ordinateur (#1) et connectez-vous à Windows en utilisant vos identifiants UdeM
  2. Retirez la housse de protection du microscope
  3. Allumez la multiprise d’alimentation (#2) située sur le bureau entre le microscope et l'ordinateur
  4. Lors de la première utilisation de l'instrument , il est nécessaire d'importer la configuration du microscope avant de démarrer le logiciel. Voir la section « Première utilisation » ci-dessous.

  5. Démarrez NIS-Elements

Lorsque vous utilisez l’instrument pour la première fois, il est nécessaire d’importer la configuration du microscope dans le logiciel. Cette procédure est généralement effectuée lors de la séance de formation. Toutefois, elle peut également être utilisée pour réinitialiser le logiciel en cas d'affichage incorrect ou de dysfonctionnement.

Cette procédure rétablira les paramètres originaux du logiciel et supprimera tous vos protocoles et paramètres personnels. En cas de doute, contactez-nous.

  1. Si ouvert, fermez le logiciel NIS-Elements et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
  2. Sur le Bureau ouvrez le dossier Softwares
  3. Ouvrez le logiciel NIS Settings Utility
  4. Cliquez sur l’onglet Import
  5. Cliquez sur Browse
  6. Naviguez jusqu’à C:\Users\Public\Documents
  7. Sélectionnez le fichier Nikon_Ti2-Fura_NIS Settings.bin
  8. Cliquez Open
  9. Sélectionnez tous les items
  10. Cliquez Import
  11. Cliquez OK
  12. Fermez le logiciel NIS Settings Utility
  13. Vous pouvez ensuite réouvrir le logiciel NIS-Elements

Pendant cette procédure, vous allez :

  • Mettre le microscope dans une configuration sécuritaire

  • Charger votre échantillon

  • Trouver et ajuster la mise au point

Une fois terminé, votre échantillon sera prêt pour l’acquisition.

  1. Sur le microscope, poussez délicatement le bras de la lumière transmise vers l'arrière
  2. Dans NIS-Elements, cliquez sur sur Escape pour mettre les objectifs dans une position sécuritaire

  3. Cliquez sur l'objectif de plus faible grossissement

    L'objectif de plus faible grossissement est le plus sûr à utiliser en raison de sa grande distance de travail: l’échantillon apparaîtra net bien avant que l’objectif ne s’en approche. Il est recommandé de toujours faire la mise au point initiale avec l'objectif de plus faible grossissement. Comme les objectifs sont parafocaux, effectuer la mise au point avec cet objectif facilitera la localisation de l’échantillon lors du passage à des objectifs de plus fort grossissement.

  4. Placez la lame test sur la platine du microscope, avec la lamelle côté objectif

    L’utilisation d’une lame test réduira considérablement le temps nécessaire pour configurer l’instrument.


  5. Si nécessaire, déplacez la platine à l'aide du joystick pour que l'échantillon soit centré sur l'objectif
  6. Remettez délicatement le bras de la lumière transmise en position verticale
  7. Dans NIS-ELements, cliquez une nouvelle fois sur Escape pour remettre les objectifs en position normale
  8. Cliquez sur la configration optique désirée (BF, DAPI, GFP,...)
  9. Cliquez sur Live (») pour activer l'illumination et afficher l'image de la caméra à l'écran
  10. Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée
  11. Ajustez la mise au point jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  12. Cliquez Stop pour arrêter le Live ou sur la configration optique Off pour éteindre l'illumination

La mise au point est aux alentours de Z = 2100um). La valeur de la position en Z est visible:

  • Sur la télécomande du microscope: Utilisez le bouton Display pour naviguer le menu
  • Dans NIS Elements: Sous l'onglet Ti2 Pad Z value

Il est possible de scanner une image d’aperçu (overview) afin de naviguer facilement dans votre échantillon.
Il est fortement recommandé d’utiliser l’objectif de plus faible grossissement et, lorsque c’est possible, la configuration optique BF (Brightfield) pour éviter de décolorer (bleach) votre échantillon.

Apres avoir réalistion la mise au point initiale:

  • Dans NIS-Elements, cliquez sur la configuration optique désirée (BF, DAPI, GFP, etc.).

  • Cliquez sur Live (») pour activer l'illumination et afficher l'image de la caméra à l'écran
  • Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée

  • À l’aide du joystick, déplacez-vous jusqu’au coin supérieur gauche de votre échantillon

  • Dans la fenêtre XYZ Overview, cliquez sur + pour ajouter un point et enregistrer cette position

  • Déplacez-vous ensuite jusqu’au coin inférieur droit de votre échantillon

  • Dans XYZ Overview, cliquez à nouveau sur + pour ajouter un point et enregistrer cette position

  • Dans XYZ Overview, cliquez avec le bouton droit et, sous Large Image Area, sélectionnez Define Area

  • Dessinez un rectangle autour des deux points

  • Cliquez de nouveau avec le bouton droit sur la région d’intérêt créée et sélectionnez Scan Preview

  • Attendez la fin de l’acquisition d’aperçu

Vous pouvez maintenant cliquer directement sur l’image d’aperçu pour naviguer facilement dans votre échantillon !

Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un objectif de plus fort grossissement.

Après avoir effectué la mise au point initiale:

  1. Dans NIS-Elements, cliquez sur l'objectif à air désiré (10x, 20x, 40x)

    L’objectif 20x est le meilleur objectif à Air car il possède la plus grande ouverture numérique (0.75).

  1. Cliquez sur la configration optique désirée (BF, DAPI, GFP,...)
  2. Cliquez sur Live (») pour activer l'illumination et afficher l'image de la caméra à l'écran
  3. Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée
  4. Ajustez la mise au point avec la molette en mode précision jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  5. Cliquez Stop pour arrêter le Live ou sur la configration optique Off pour éteindre l'illumination
  6. Cliquez sur Escape pour mettre les objectifs dans une position sécuritaire
  7. Sur le microscope, vous pouvez retirer la lame de test et installer votre échantillon
  8. Dans NIS-Elements, cliquez une nouvelle fois sur Escape pour remettre les objectifs en position normale

Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

Après avoir effectué la mise au point initiale :

  1. Dans NIS-Elements, cliquez sur Escape pour mettre les objectifs dans une position sécuritaire

  2. Cliquez sur l'objectif à huile désiré (60x)

    L'objectif 60x est le meilleur  objectif à huile car il possède la plus grande ouverture numérique (1.4).

  3. Retirez la lame de test

  4. Déposer une goutte d’huile sur l'objectif

  5. Placez votre échantillon avec la lamelle vers l<objectif
  6. Cliquez à nouveau sur Escape pour replacer les objectifs en position normale
  7. Cliquez sur la configration optique désirée (BF, DAPI, GFP,...)
  8. Cliquez sur Live (») pour activer l'illumination et afficher l'image de la caméra à l'écran
  9. Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée
  10. Ajustez la mise au point avec la molette en mode précision jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  11. Cliquez Stop pour arrêter le Live ou sur la configration optique Off pour éteindre l'illumination

Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel NIS-Elements
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Si vous avez utilisé des objectifs à immersion, nettoyez-les avec du nettoyant pour lentilles et du papier
  5. Selectionnez l'objectif de plus faible grossissement et cliquez sur Escape pour mettre les objectifs dans une position sécuritaire
  6. Attendre que le refroidissement du Spectra soit terminé puis éteindre la multiprise d’alimentation du microscope (#2)
  7. Éteindre l'ordinateur
  8. Couvrir l’instrument avec la housse de protection
  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
  • Laissez le microscope et l’espace de travail propre

Journal


Section disponible dans la version anglaise. 


Fiche Technique


Section disponible dans la version anglaise. 

Dépannage

Cela peut se produire si le logiciel d’acquisition est lancé avant que la caméra ne soit complètement initialisée.
Le logiciel doit être démarré après que la caméra soit entièrement initialisée.

  1. Fermez NIS-Elements

  2. Assurez-vous que le voyant Initialize à l’arrière de la caméra ne clignote plus

  3. Démarrez NIS-Elements

FAQ

Oui. C'est un microscope inversé conçu pour l'observation de specimen en culture (petri ou multi-puits). Les objectifs sont optimisés pour l'imagerie de plaques multi-puits à fond de verre, Il est aussi possible d'imager des specimen montés entre lame et lamelle d'épaisseur 0.17mm. Pour l'imagerie longue durée il faut être vigilant aux effets de la photo-toxicité.

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