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Microscope Nikon Ti2-Oko

Pavillon Roger Gaudry, Local R-619
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 1
Instrument octroyé au Dre Paradis-Bleau par la Fondation canadienne pour l'Innovation (FCI #34495) en 2015

 

Applications

  • Microscope inversé

  • Imagerie champ large

    • Champ clair

    • Contraste de phase (20x, 100x)
    • DIC (60x, 100x)
    • Fluorescence
  • Imagerie en temps réel
  • Imagerie longue durée
  • Incubation


Description

Sources lumineuses

    • LED pour la lumière transmise

    • Lumencor Spectra X pour la fluorescence

SourceFiltreExcitation (nm)FluorophoresPuissance nominale
(mW)		Puissance mesurée
(mW)
Violet395/25[382-407]DAPI, Hoechst29559
Bleu

440/20

[430-450]CFP

256

90

Cyan

470/24

[458-482]

FITC, GFP

19650
Bleu/Vert510/25[497-522]

YFP

62

16

Vert/Jaune550/25[542-557]TRITC, Cy326070
Vert/Jaune575/225[562-587]mCherry31078
Rouge640/30[625-655]Cy523145

Objectifs

  1. 4x/0.2 Air
  2. 20x/0.5 Air Ph1
  3. 20x/0.75 Air DIC
  4. 60x/1.4 Huile DIC
  5. 100x/1.45 Huile Ph3
  6. 100x/1.45 Huile DIC
PositionNomMarqueNom completIdentifiantGrossissementOuverture numériqueImmersionTypeDistance de travail (mm)Transmittance
(% [nm])		TechniqueÉpaisseur du couvre-objet (mm)
14x/0.2
Air		Nikon4x/0.2
Plan Apo
Lambda		MRD00045 4x0.2AirPlan Apo Lambda20>80% [400-1000]BF, Fluo0.17
220x/0.5
Air Ph1		Nikon

20x/0.5 Ph1
Plan Fluor

MRH1020120x0.5AirPlan Fluor2.1>80% [400-750]BF, PhC, Fluo0.17
320x/0.75
Air DIC		Nikon20x/0.75
Plan Apo
Lambda DIC N2		MRD0020520x0.75AirPlan Apo Lambda

1.0

>80% [400-950]BF, DIC, Fluo0.17
4

60x/1.4
Oil DIC

Nikon60x/1.4
Plan Apo
Lambda
DIC N2		MRD0160560x

1.4

Huile
Plan Apo Lambda0.13>80% [475-725]BF, DIC, Fluo0.17
5

100x/1.45
Oil Ph3

Nikon100x/1.45
Plan Apo
Lambda Ph3		MRD31905

100x

1.45
Huile
Plan Apo Lambda0.13>80% [475-750]BF, PhC, Fluo0.17
6100x/1.45
Oil DIC		Nikon100x/1.45
Plan Apo
Lambda DIC N2		MRD01905

100x

1.45

Huile
Plan Apo Lambda0.13>80% [475-750]BF, DIC, Fluo0.17

BF: Champ clair (Brightfield)
PhC: Contraste de phase
DIC: Contraste d'interférence différentiel

Filtres

  1. DAPI

  2. GFP/FITC (CFP)

  3. Cy5

  4. DAPI/GFP/Cy3/Cy5

  5. Analyseur DIC

  6. CFP/YFP/mCherry (nécessite le filtre mCherry à la position Verte/Jaune du Lumencor SpectraX)

PositionNomMarqueIdentifiantExcitationDichroicEmissionCommentaires
1DAPINikonDAPI-U HQ395/25x
[383-408]		425LP460/50m
[435-485]		C-FL-C DAPI-U HQ
2GFPSemrockGFP-4050B-000

466/40x
[446-486]

495LP

525/50m
[500-550]		Nikon ID 96372
3Cy5Semrock

Cy5-5070A

617/55x
[590-645]		652LP697/77m
[659-736]		Nikon ID 96376
4

DAPI/GFP/Cy3/Cy5

Semrock

C182279

None

409/493/573/652432/515/595/68177074160 Custom Quad C182279.
Les filtres d'excitation sont inclus dans la source lumineuse Lumencor Spectra X 
5

DIC Analyzer

NikonTi2-C-DICACLNot ApplicableNot ApplicableNot ApplicableRequis pour l'imagerie DIC
6

CFP\YFP\mCherry

SemrockC1997767None459/526/596

475/543/702

Les filtres d'excitation sont inclus dans la source lumineuse Lumencor Spectra X 

Détecteur

  • Hamamatsu ORCA Flash 4.0 V2 C11440-22CU

Camera

Hamamatsu ORCA Flash V2

Sensor Type

CMOS

Sensor Category

Monochrome

Nb Pixels

4.2 M

Pixel Layout

2048 x 2048

Pixel size

6.5 um

Sensor size

13.312 mm x 13.312 mm 

Sensor diameter

 mm

Bit depth

16-bit
Speed at full resolution30 images/s

Max QE

83 %
Readout noise1.6 e⁻

Cooling

-10 C Air

Dark Current

0.06 e⁻/pixel/sec

Full well capacity

30 000 e-

Dynamic Range

1: 37 000

Interface

USB 3.0

Mount

C-mount

Guide d'utilisation

  1. Si ce n'est pas déjà fait, allumez l'ordinateur (#1) et connectez-vous à Windows en utilisant vos identifiants UdeM
  2. Retirez la housse de protection du microscope
  3. Allumez la multiprise d’alimentation (#2) sur le bureau entre le microscope et l'ordinateur
  4. Si l'incubation est nécessaire, allumez le module d'incubation Okolab (#3A) et le bain-marie (#3B) et ouvrez les bonbonnes de CO2 (#3C) et d'azote N2 (#3D)

    Assurez-vous que le bain-marie et l'humidificateur soient proprement remplis avec de l'eau distillée

  5. Lors de la première utilisation de l'instrument, il est nécessaire d'importer la configuration du microscope avant de démarrer le logiciel. Voir la section « Première utilisation » ci-dessous.

  6. Démarrez NIS-Elements

Lorsque vous utilisez l’instrument pour la première fois, il est nécessaire d’importer la configuration du microscope dans le logiciel. Cette procédure est généralement effectuée lors de la séance de formation. Toutefois, elle peut également être utilisée pour réinitialiser le logiciel en cas d'affichage incorrect ou de dysfonctionnement.

Cette procédure rétablira les paramètres originaux du logiciel et supprimera tous vos protocoles et paramètres personnels. En cas de doute, contactez-nous.

  1. Si ouvert, fermez le logiciel NIS-Elements et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
  2. Sur le Bureau ouvrez le dossier Software
  3. Ouvrez le logiciel NIS Settings Utility
  4. Cliquez sur l’onglet Import
  5. Cliquez sur Browse
  6. Naviguez jusqu’à C:\Users\Public\Documents
  7. Sélectionnez le fichier Nikon_Ti2-Oko_NIS Settings.bin
  8. Cliquez Open
  9. Sélectionnez tous les items
  10. Cliquez Import
  11. Cliquez OK
  12. Fermez le logiciel NIS Settings Utility
  13. Vous pouvez ensuite réouvrir le logiciel NIS-Elements

Pendant cette procédure, vous allez :

  • Mettre le microscope dans une configuration sécuritaire

  • Charger votre échantillon

  • Trouver et ajuster la mise au point

Une fois terminée, votre échantillon sera prêt pour l’acquisition.

  1. Sur le microscope, poussez délicatement le bras de la lumière transmise vers l'arrière
  2. Dans NIS-Elements, cliquez sur sur Escape pour mettre les objectifs dans une position sécuritaire

  3. Si ce n'est pas déjà fait, sélectionnez l'objectif de plus faible grossissement

    L'objectif de plus faible grossissement est le plus sûr à utiliser en raison de sa grande distance de travail: l’échantillon apparaîtra net bien avant que l’objectif ne s’en approche. Il est recommandé de toujours faire la mise au point initiale avec l'objectif de plus faible grossissement. Comme les objectifs sont parafocaux, effectuer la mise au point avec ces objectifs facilitera la localisation de l’échantillon lors du passage à des objectifs de plus fort grossissement.

  4. Placez la lame test sur la platine du microscope avec la lamelle côté objectif

    L’utilisation d’une lame test réduira considérablement le temps nécessaire pour configurer l’instrument

  5. Si nécessaire, déplacez la platine à l'aide du joystick pour que l'échantillon soit centré sur l'objectif
  6. Remettez délicatement le bras de la lumière transmise en position verticale
  7. Dans NIS-ELements, cliquez une nouvelle fois sur Escape Z pour remettre les objectifs en position normale
  8. Cliquez sur la configration optique désirée (BF, DAPI, GFP,...)
  9. Cliquez sur Live (») pour activer l'illumination et afficher l'image de la caméra à l'écran
  10. Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée
  11. Si nécessaire, utilisez l'autoscaling pour modifier les paramètres d'affichage de l'image
  12. Ajustez la mise au point jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  13. Cliquez sur Stop pour arrêter le Live ou sur la configration optique Off pour éteindre l'illumination

    La mise au point est aux alentours de Z = 2030um). La valeur de la position en Z est visible:

    • Sur l'écran de la télécommande du microscope: utilisez le bouton Display pour naviguer le menu d'affichage
    • Dans le logiciel NIS Elements: Dans l'onglet Ti2 Pad sous l'indicateur Z value

Il est possible de prendre un aperçu de l'échantillon afin d'y naviguer facilement. Il est fortement recommandé d’utiliser l’objectif de plus faible grossissement et, lorsque cela est possible, la configuration optique en champs clair BF afin de ne pas décolorer votre échantillon.

Après avoir effectué la mise au point initiale :

  1. Dans NIS Elements, cliquez sur la configuration optique souhaitée (BF, DAPI, GFP, etc.)
  2. Cliquez sur Live (») pour activer l’illumination et afficher l’image de la caméra à l’écran
  3. Ajustez l’intensité lumineuse et le temps d’exposition pour obtenir une image correctement exposée
  4. Si nécessaire, utilisez l'autoscaling pour modifier les paramètres d'affichage de l'image
  5. À l’aide du joystick, déplacez-vous vers le coin supérieur gauche de votre échantillon
  6. Dans la fenêtre XYZ Overview, cliquez sur + pour ajouter un point et enregistrer cette position
  7. À l’aide du joystick, déplacez-vous vers le coin inférieur droit de votre échantillon
  8. Dans la fenêtre XYZ Overview, cliquez sur + pour ajouter un point et enregistrer cette position
  9. Dans XYZ Overview, faites un clic droit et, sous Large Image Area, sélectionnez Define Area
  10. Tracez un rectangle autour des deux points créés aux étapes précédentes
  11. Faites à nouveau un clic droit sur la région d’intérêt créée et sélectionnez Scan Preview
  12. Attendez que l’acquisition de l’aperçu soit terminée

Vous pouvez maintenant cliquer directement sur l’image d’aperçu pour naviguer dans votre échantillon !


Faire d’abord la mise au point initiale avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un objectif de plus fort grossissement

Après avoir effectué la mise au point initiale:

  1. Dans NIS-Elements, cliquez sur l'objectif désiré (20x PhC ou 20x DIC)

    L’objectif 20x DIC est le meilleur objectif à Air car il possède la plus grande ouverture numérique (0.75).
    Le DIC n'est présentement pas disponible pour cet objectif objective (DIC slider requis).

  2. Cliquez sur la configration optique désirée (BF, DAPI, GFP,...)
  3. Cliquez sur Live (») pour activer l'illumination et afficher l'image de la caméra à l'écran
  4. Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée
  5. Si nécessaire, utilisez l'autoscaling pour modifier les paramètres d'affichage de l'image
  6. Ajustez la mise au point avec la molette en mode précision jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  7. Cliquez Stop pour arrêter le Live ou sur la configration optique Off pour éteindre l'illumination
  8. Cliquez sur Escape Z pour mettre les objectidfs dans une position sécuritaire
  9. Sur le microscope, vous pouvez retirer la lame de test et installer votre échantillon
  10. Dans NIS-Elements, cliquez une nouvelle fois sur Escape Z pour remettre les objectifs en position normale

Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

Après avoir effectué la mise au point initiale :

  1. Dans NIS-Elements, cliquez sur Escape Z pour mettre les objectifs dans une position sécuritaire

  2. Cliquez sur l'objectif 63x, 100x DIC ou 100x PhC pour sélectionner l'objectif désiré

    L'objectif 100x DIC est le meilleur objectif à l'huile car il possède la plus grande ouverture numérique (1.45).

     

  3. Retirez la lame de test

  4. Déposer une goutte d’huile sur l'objectif

  5. Installer votre échantillon

  6. Cliquez à nouveau sur Escape Z pour replacer les objectifs en position normale
  7. Cliquez sur la configration optique désirée (BF, DAPI, GFP,...)
  8. Cliquez sur Live (») pour activer l'illumination et afficher l'image de la caméra à l'écran
  9. Ajustez l'intensité lumineuse et la durée d'exposition pour obtenir une image correctement exposée
  10. Ajustez la mise au point avec la molette en mode précision jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  11. Cliquez Stop pour arrêter le Live ou sur la configration optique Off pour éteindre l'illumination

Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel NIS-Elements
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Si vous avez utilisé des objectifs à immersion, nettoyez-les avec du nettoyant pour lentilles et du papier
  5. Selectionnez l'objectif de plus faible grossissement et cliquez sur Escape Z pour mettre les objectifs dans une position sécuritaire
  6. Si l'incubation a été utilisée, éteindre le module d'incubation Okolab (#3A) et le bain-marie (#3B) et fermez les bonbonnes de CO2 (#3C) et d'azote N2 (#3D)
  7. Attendre la fin du refroidissement du Spectra X (ventilateur) et ensuite éteindre la multiprise d’alimentation du microscope (#2)
  8. Éteindre l'ordinateur
  9. Couvrir l’instrument avec la housse de protection
  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
  • Laissez le microscope et l’espace de travail propre

Journal


Section disponible dans la version anglaise. 


Fiche Technique


Section disponible dans la version anglaise. 

Dépannage

Cela peut survenir lorsque l'humidificateur est trop rempli.

  • Éteindre le module d'incubation Okolab et le bain-marie
  • Enlever votre échantillon et le mettre de coté
  • Sécher la chambre d'incubation avec un tissu
  • Enlever délicatement le bouchon de l'humidificateur

Redoublez de précautions lorsque vous manipulez l'humidificateur. Il est en verre et fragile.

  • Retirer du liquide de l'humidificateur

L'humidificateur doit être rempli au maximum au 2/3

  • Fermez l'humidificateur en mettant le bouchon
  • Rallumez le module d'incubation Okolab et le bain-marie
  • Remettre votre échantillon

FAQ

Oui. C'est un microscope inversé conçu pour l'observation de specimen en culture (petri ou multi-puits). Les objectifs sont optimisés pour l'imagerie de plaques multi-puits à fond de verre, Il est aussi possible d'imager des specimen montés entre lame et lamelle d'épaisseur 0.17mm. Pour l'imagerie longue durée il faut être vigilant aux effets de la photo-toxicité.

Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.

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