Microscope à haut débit GE INCell Analyzer 6000

Pavillon JA Bombardier, Local 3129
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 2

Instrument octroyé au Dr Steve Michnick par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)

  • Applications
    • Lumière transmise
    • Pseudo contraste de phase et DIC
    • Fluorescence
    • Imagerie à haut débit
    • Imagerie longue durée
  • Sources lumineuses

    • LED pour la lumière transmise

    • Toptica iChrome MLE pour la fluorescence

SourcePolychroïqueLongueurs d'onde d'excitationFluorophores compatiblesPuissance nominale
(mW)
405nm390/40[370-410]DAPI, Hoechst50
488nm

482/18

[473-491]FITC, GFP, YFP

25

561nm

564/9

[559-569]

Cy3, DsRed, TxRed

30
642nm640/14[632-647]

Cy5, Cy5.5

50

  • Objectifs

    1. 10x/0.45 Air WD 4.0
    2. 20x/0.75 Air WD 1.0
    3. 40x/0.6 Air WD 2.7-3.7
    4. 60x/0.95 Air WD 0.15
PositionNomMarqueNom completIdentifiantDistance de travail (mm)Transmittance
(% [nm])
TechniqueÉpaisseur du couvre-objet (mm)
110x/0.45 AirNikon

10x/0.45 Air
Plan Apo
M25x0.75

MRD001014.0>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
2

20x/0.75 Air

Nikon20x/0.75 Air
Plan Apo
DIC N2
M25x0.75
MRD002011.0>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
3

40x/0.6 Air

Nikon40x/0.6 Air
Plan Fluor ELWD
M25x0.75
MRH084302.7-3.7>80% [TBD-TBD]BF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17
460x/0.95 Air Nikon60x/0.95 Air 
Plan Apo
M25x0.75
MRD006000.15>80% [TBD-TBD]BBF, p-PhC, p-DIC, Fluo0.17

BF: Champ clair (Bright-field)
p-PhC: Pseudo-contraste de phase
p-
DIC: Pseudo-contraste d'interférence différentiel

  • Filtres
    1. DAPI

    2. GFP

    3. Cy3

    4. Cy5

    5. Cy5.5
PositionNomMarqueIdentifiant

Miroir polychroïque (Transmission)

Filtre d'émissionBande passante effective (nm)
1DAPITBDTBDBP 420/20
[430-462]
455/50
[430-480]
[430-480]
2GFPTBDTBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137

525/20
[515-535]
[515-535]
3Cy3TBD

TBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137605/52
[579-631]
[582-618]
4

Cy5

TBD

TBD

BP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137707/72
[671-743]
[671-743]
5

Cy5.5

TBDTBDBP 446/32; 524/42; 600/36; 732/137720/60
[690-750]
[690-750]
  • Détecteur
    • sCMOS Monochrome 2560 x 2160 pixels, 16-bit, pixel 6.5um x 6.5um, capteur 16.6mm x 14.0mm
Démarrage
  1. Allumez le du microscope (#1)

    Note

    L’interrupteur n’est pas facilement accessible et se trouve à l’arrière du côté droit de l’appareil

  2. Allumez l’ordinateur (#2)
  3. Utilisez vos identifiants UdeM pour vous connecter à Windows
  4. Démarrez le logiciel IN Cell Analyzer 6000

Mise en place

Dans le logiciel IN Cell Analyzer:

  1. Cliquez sur Eject pour ouvrir la porte d'accès
  2. Insérer votre échantillon dans l'espace prévu à cet effet en respectant l'orientation indiquée
  3. Cliquez sur Load pour fermer la porte d'accès

    Première utilisation

    Lors de la formation vous allez suivre le protocol de Première utilisation

    Pour une utilisation avec l'objectif 60x il est absolument nécessaire d'utiliser une plaque multi-puits avec un fond de verre. L'épaisseur de verre doit être de 0.17mm. Nous recommandons les plaques suivantes:

Première utilisation

Lors de la première utilisation, il est nécessaire de définir le type de plaque utilisée.

Créer une nouvelle plaque

Dans le logiciel IN Cell Analyzer:

  1. Sélectionnez dans le menu Application>Plate\Slide Manager...
  2. Cliquez sur l'icone New Plate\Slide
  3. Sélectionnez le nombre de puits de votre plaque (6, 24, 96 etc...)
  4. Ajustez les paramètres suivants:
    1. Nom: Votre-Nom_Votre-plaque
    2. Hauteur de plaque, épaisseur du fond et volume du puit (Plate height, Bottom Thickness, well volume) habituellement fournis dans la fiche technique du produit par le manufacturier
    3. Le matériau utilisé plastique ou verre (Plastic or Glass)
    4. Si nécessaire ajustez le nombre de lignes et de colonnes ainsi que la forme du puit (rond ou rectangulaire)
  5. Cliquez sur OK
  6. Fermez la fenêtre du Plate/Slide Manager
Mesurer l'écart du puit A1 (Offset)

Dans le logiciel In Cell Analyzer:

  1. Cliquez sur le Dashboard
  2. Dans Objective Lens selectionnez l'objectif 10x
  3. Dans Plate/Slide... selectionner la plaque nouvellement cree
  4. Dans Objective Lens selectionnez l'objectif 10x
  5. Dans la liste des canaux, cliquez sur le bouton + et ajoutez un canal en lumière transmise (brightfield)
  6. À droite du plan de la plaque, cliquez sur le bouton Setup Preview Imaging
  7. Dessinez un rectangle autour du puit A1
  8. Cliquez sur preview (sur le panneau d'acquisition en haut à droite de l'écran)
  9. Attendre que la prévisualisation soit générée
  10. Sur le plan de la plaque, cliquez sur le centre réel du puit A1 pour centrer ce puit sur l'objectif
  11. Dans le menu du Dashboard sélectionnez Plate/Slide

  12. Cliquez sur Edit Plate puis sur Define Upper Left Well

  13. Cliquez sur Yes

  14. Vérifiez que le cercle jaune coincide avec les bords du puit
  15. Cliquez sur Yes

Calculer la distance inter-puits

Dans le logiciel In Cell Analyzer:

  1. Cliquez sur le Dashboard
  2. Dans Objective Lens selectionnez l'objectif 10x
  3. Dans Plate/Slide... selectionner la plaque nouvellement cree
  4. Dans Objective Lens selectionnez l'objectif 10x
  5. Dans la liste des canaux, cliquez sur le bouton + et ajoutez un canal en lumière transmise (brightfield)
  6. À droite du plan de la plaque, cliquez sur le bouton Setup Preview Imaging
  7. Dessinez un rectangle autour du dernier puit en bas à droite
  8. Cliquez sur preview (sur le panneau d'acquisition en haut à droite de l'écran)
  9. Attendre que la prévisualisation soit générée
  10. Sur le plan de la plaque, cliquez sur le centre réel du puit A1 pour centrer ce puit sur l'objectif
  11. Dans le menu du Dashboard sélectionnez Plate/Slide

  12. Cliquez sur Edit Plate puis sur Define Lower Right Well

  13. Cliquez sur Yes

  14. La distance inter-puits sera ensuite automatiquement calculée
  15. Vérifiez que le cercle jaune coincide avec les bords du puit
  16. Cliquez sur Yes

Mesurer la hauteur et l'épaisseur du fond de plaque

Dans le logiciel IN Cell Analyzer:

  1. Cliquez sur le Dashboard
  2. Sur le plan de la plaque cliquez sur le centre d'un puit contenant un échantillon pour centrer ce puit sur l'objectif
  3. Dans le menu du Dashboard sélectionnez Plate/Slide
  4. Cliquez sur Verify LAF
  5. Si les 2 pics détéctés (lignes verticales bleues) correspondent aux pics mesurés (courbe noire)
    1. Cliquez sur Apply Measured Parameters
    2. Cliquez sur OK
    3. Cliquez sur Yes
  6. Si les 2 pics détéctés (lignes verticales bleues) ne correspondent aux pics mesurés (courbe noire)
    1. Modifiez la valeur du bottom thickness et répétez l'opération
  7. Fermez la fenêtre Laser Autofocus Plate/Slide Verification
Gestion du stockage
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Important

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

Fermeture
  1. Récuppérez vos échantillons
  2. Cliquez sur Load pour refermer la porte d'accès
  3. Fermez le logiciel In Cell Analyzer
  4. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  5. Éteindre l'ordinateur

Rappels Importants

  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
  • Laissez le microscope et l’espace de travail propre

Les schémas suivants permettent de suivre le trajet lumineux en lumière transmise (fond clair) et en lumière réfléchie (fluorescence). Ces schémas seront disponibles prochainement.

Section disponible dans la version anglaise.

Section disponible dans la version anglaise.

Dépannage

Le microscope n'affiche pas la lumière verte habituelle, que faire?

Habituellement, ce microscope affiche une lumière verte lorsqu'il est opérationel et une lumière orange lorsqu'il est en cours d'utilisation. Une lumière rouge est allumée signifie que le microscope n'est pas fonctionnel. Dans ce cas veuillez contacter le responsable de la plateforme.

FAQ

Puis-je utiliser ce microscope pour observer des cellules en culture?

Oui. Ce microscope est conçu pour l'acquisition à haut-débit de spécimen en plaques multi-puits. Le microscope peut controller la temperature mais ne dispose pas d'une chambre environementale.
Vous pouvez également faire l'acquisition d'images de specimen entre lame et lamelle (épaisseur 0.17mm)

Comment éteindre le microscope?

Habituellement le microscope reste allumé. Cependant, il est préférable de l'éteindre en cas de non-utilisation prolongée. Pour ce faire:

  1. Naviguez dans le menu Application> Hardware>
  2. Cliquez sur Shutdown Instrument
  3. Attendre que le microscope s'éteigne
  4. Le logiciel se ferme automatiquement

Plus de dépannage et de FAQs sont disponibles dans la version anglaise.


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