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Microscope Zeiss LSM-900 Confocal Airyscan

Pavillon Desmarais, Local 2234
Tarif d'utilisation Microscope Avancé tier 2

Instrument octroyé au Dr Jean-Philippe Gratton par la Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI)

  • Lumière transmise
  • Contraste de phase
  • DIC
  • Fluorescence
  • Confocal à balayage
  • Super-résolution Airyscan

Zeiss LSM900

Sources lumineuses

  • Lampe LED pour la lumière transmise

  • Laser 405nm, 488nm, 561nm, 640nm

Émission (nm)

Puissance nominale (mW)

405

30

488

25

561

25

640

45
  • X-Cite 120LED mini pour la fluorescence visible

Émission (nm)

Puissance nominale (mW)

Puissance à l'échantillon

DAPI



GFP



mPlum



Objectifs

  1. 5x/0.15 Ph1 Air
  2. 10x/0.25 Ph1 Air
  3. 20x/0.80 Air
  4. 40x/0.95 Air
  5. 40x/1.4 Huile
  6. 63x/1.4 Huile

Position

Nom

Marque

Nom complet

Identifiant

Grossissement

Ouverture numérique

Immersion

Type

Distance de travail (mm)

Transmittance

(% [nm])

Applications

Épaisseur lamelle (mm)

1

5x/0.15 Ph1 Air

Zeiss

5x/0.15 Ph1 Air
N-AchroPlan

420931-9911-000

5x

0.15

Air

N-AchroPlan

12.0

Non Disponible

BF, PhC, Fluo

0.17

2

10x/0.25 Ph1 Air

Zeiss

10x/0.25 Ph1 Air
N-AchroPlan

420941-9911-000

10x

0.25

Air


N-AchroPlan

6.5

Non Disponible

BF, PhC, Fluo

0.17

3

20x/0.8 Air 

Zeiss

20x/0.8 Air
Plan-Apochromat

 420650-9901-000

20x

0.8

Air

Plan-Apochromat

0.55 

>90% [400-800]

BF, DIC, Fluo

0.17

4

 40x/0.95 Air

Zeiss

40x/0.95 Air
Plan-Apochromat

420660-9970-000 

40x

0.95

Air

Plan-Apochromat

 0.25

>80% [410-820]

 BF, DIC, Fluo

Variable
0.13-0.21

5

 40x/1.4 Huile

Zeiss

40x/1.4 Huile
Plan-Apochromat

420762-9900-000

40x

1.4

Huile

Plan-Apochromat

 0.13

>80% [500-850] 

 BF, DIC, Fluo

0.17

6

63x/1.4 Huile

Zeiss

63x/1.4 Huile
Plan-Apochromat

 420782-9900-799

63x

1.4

Huile

Plan-Apochromat 

 0.19

 >80% [440-710]

 BF, DIC, Fluo, Super-Resolution
Strehl ratio >90%.

0.17

BF: Bright-field
PhC: Contraste de phase
DIC: Interference contrast

 Cubes de filtres

  1. GFP
  2. DAPI
  3. mPlum
  4. DIC Analyzer
  5. Vide
  6. Vide

Position

Nom

Marque

Identifiant

Filtre d'excitation 

Miroir dichroïque

Filtre d'émission

Graphique

1

GFP
Filter Set 38		Zeiss000000-1031-346BP 470/40FT 495BP 525/50

Zeiss Filter Set 38 GFP

2

DAPI
Filter Set 49		Zeiss

488049-9901-000

G 365FT 395BP 445/50

Zeiss Filter Set 49 DAPI

3

mPlum
Filter Set 64 HE		Zeiss489064-0000-000BP 587/25 (HE)FT 605 (HE)BP 647/70 (HE)

Zeiss Filter Set 64 HE mPlum

4

DIC AnalyzerZeiss424937-9901-000----

5

Vide------

6

Vide

-----

-

Détecteurs

  • 2x Gallium Arsenide Phosphid (GaAsP) Photomultiplier Tube (PMT)
  • 1x transmitted light Electronically Switchable Illumination and Detection module (ESID)
  • 1x Airyscan detector pour objectif 63x

  1. Si ce n'est pas déjà fait, allumez l'ordinateur (#1) et utilisez vos identifiants UdeM pour vous connecter à Windows

  2. Retirez la housse de protection de l'instrument

  3. Allumez les interrupteurs System (#2) et Components (#3) dans le rack sous le microscope

  4. Tournez la clé des lasers sur ON (#4) dans le rack sous le microscope

  5. Lors de la première utilisation, il est nécessaire d'importer les paramètres spécifiques au microscope AVANT de démarrer le logiciel. Voir la section Première utilisation ci-dessous.

  6. Démarrez le logiciel Zen

Lors de la première utilisation, il est nécessaire d’importer dans le logiciel les paramètres spécifiques au microscope. Cette procédure est habituellement réalisée lors de la séance de formation.
Il est cependant également possible de l’utiliser pour réinitialiser le logiciel si celui-ci ne s‘affiche pas correctement par exemple. 

Attention, cette procédure supprimera tous vos protocoles d’expérience et rétablira les paramètres originaux du logiciel.

  1. Si nécessaire, fermez le logiciel Zen et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
  2. Sur le Bureau ouvrez le dossier Documentation
  3. Double-cliquez sur Zen Settings for LSM900
  4. Un script s'exécutera et une fenêtre noire apparaîtra brièvement
  5. Cliquez sur OK pour fermer le message Settings for Zen have been imported successfully.
  6. Vous pouvez ensuite démarrer le logiciel Zen
Cette procédure met le microscope dans une configuration sûre et effectue un étalonnage de la mise au point. À la fin de cette procédure, le microscope sera prêt pour l'acquisition.

Sur l'écran tactile du microscope :

  1. Appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre les objectifs dans leur position la plus basse
  2. Appuyez sur Set Work Position pour enregistrer cette position
  3. Déplacez le focus légèrement vers le haut pour supprimer le message Lower Z limit reached affiché sur l'écran tactile
  4. Si ce n'est pas déjà fait, appuyez sur Home>Microscope>Control>Objectives>5x pour sélectionner l'objectif 5x
  5. Si demandé, appuyez sur Done pour supprimer l'avertissement de nettoyage de l'huile
  6. Appuyez sur Home>Microscope>XYZ>Position>Z-Position>Set zero>Auto pour effectuer la calibration de la mise au point
  7. Appuyez sur OK pour démarrer la procédure de calibration de la mise au point
  8. Attendez quelques secondes que la calibration se termine

Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 1.7 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

Important

Faire d’abord la calibration de la mise au point avant d'effectuer la première mise au point.

Sur l’écran tactile du microscope :

  1. Si ce n'est pas déjà fait, appuyez sur Home>Microscope>Control>Objectives>5x pour sélectionner l'objectif 5x
    L’objectif 5x est le plus sécuritaire car il possède une grande distance de travail (12 mm). L'échantillon apparaitra parfaitement net bien avant que l'objectif ne s'approche de celui-ci. Il est recommandé de toujours faire la première mise au point avec un objectif sécuritaire. Les objectifs sont parafocaux, faire la mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire vous permettra ensuite de trouver facilement votre échantillon avec un autre objectif. L'objectif 10x est aussi sécuritaire car sa distance de travail est de 6.5 mm.
  2. Si ce n'est pas déjà fait, appuyez sur Home>Load Position pour faire descendre les objectifs dans la position la plus basse et appuyez sur Set Work Position pour mémoriser cette position
  3. Si nécessaire, déplacez la mise au point légèrement vers le haut pour supprimer le message Lower Z limit reached qui s'affiche sur l'écran tactile

  4. Placez la lame de test sur la platine du microscope avec la lamelle vers l'objectif

    Important

    Toujours utiliser la lame de test pour effectuer la première mise au point.

  5. Si nécessaire, déplacez la platine pour que l'échantillon soit centré sur l'objectif

Sur l’ordinateur :

  1. Ouvrez le logiciel Zen

  2. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (DAPI, GFP, mPlum) pour activer la configuration

  3. Ajustez la mise au point avec la molette principale tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette

    Si calibrée, la mise au point est aux alentours de Z = 1.7 mm). La valeur de la position en Z est visible sur l'écran tactile Home>Z-Position

  4. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination

Important

Faire d’abord la première mise au point avec l'objectif le plus sécuritaire avant de sélectionner un autre objectif et de poursuivre avec la mise au point secondaire.

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Dans Home>Microscope>Control>Objective, appuyez sur 10x, 20x ou 40x pour sélectionner l'objectif désiré

    Il y a deux (2) objectifs 40x, assurez-vous de sélectionner celui à Air.

    L’objectif 40x est le meilleur objectif à Air car il possède le plus grand nombre de corrections optiques (Plan Apochromat) et la plus grande ouverture numérique (0.95) mais a un champs de vision plus restreint.
    L'objectif 20x/0.8 offre le meilleur compromis Résolution / Champ de vision.

Dans le logiciel Zen :

  1. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (DAPI, GFP, mPlum) pour activer la configuration
  2. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  3. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
  4. Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !

Après avoir effectué la première mise au point, sur l’écran tactile du microscope :

  1. Dans Home>Microscope>Control>Objectives, appuyez sur l'objectif désiré 40x Oil ou 63x Oil. Le microscope abaissera automatiquement les objectifs pour que l'échantillon soit accessible.

    Les objectifs à huile 40x et 63x offrent la même résolution spatiale car ils ont la même ouverture numérique (1.4).
    L'objectif 40x à huile offre un plus grand champ de vision et transmet un peu mieux la lumière au delà 700nm.
    L'objectif 63x à huile transmet un peu mieux la lumière dans le spectre visivle 440-710 et possède un meilleur Strehl ratio (90%). Il est particulièrement adapté à l'imagerie en super résolution mais son champs de vision est plus réduit.

    Il y a deux (2) objectifs 40x, assurez-vous de sélectionner celui à Huile.

  2. Déposer une seule goutte d’huile sur l'objectif
  3. Appuyez sur Done. Le microscope replacera automatiquement l'objectif à sa position originale.

Dans le logiciel Zen :

  1. Dans l’onglet Locate, sélectionnez BF ou la fluorescence désirée (DAPI, GFP, mPlum) pour activer la configuration
  2. Ajustez la mise au point avec la molette de précision tout en regardant dans les oculaires jusqu'à ce que l'image soit parfaitement nette
  3. Dans l’onglet Locate, sélectionnez Off pour éteindre l'illumination
  4. Votre échantillon est prêt pour l’acquisition !
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel Zen
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Si utilisé, nettoyez les objectifs à huile avec du nettoyant et du paper à lentille
  5. Sélectionnez l'objectif 5x et remettre les objectifs en position basse (Load position)
  6. Tournez la clé des lasers (#4) sur Off dans le module à gauche du microscope
  7. Éteindre l'interrupteur Components (#3) et System (#2) dans le rack sous le microscope
  8. Éteindre l'ordinateur
  9. Couvrir l’instrument avec la housse de protection

Rappels Importants

  • Récupérez vos échantillons notamment ceux dans le microscope
  • Laissez le microscope et l’espace de travail propre

Dépannage

La meilleure façon de résoudre un problème en microscopie est de suivre le chemin de la lumière. Vous trouverez dans l'onglet Parcours lumineux de cette page, les schémas qui vous permettront de suivre la lumière tout au long de son trajet à travers le microscope. Ouvrez le fichier Light Path En partant de la source lumineuse et en vous dirigeant vers le détecteur, vérifiez qu'il y a bien de la lumière après chaque composant du microscope

FAQ

Oui. C'est un microscope inversé conçu pour l'observation de spécimen en cultures. Les objectifs sont optimisés pour observer au travers de plaque multi-puits à fond de verre. Il est également possible d'observer des échantillons entre lame et lamelles (d'épaisseur 0.17mm).

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