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Station de traitement et d'Analyse d'images Zeiss

Pavillon Desmarais, Local 5308-2
Tarif d'utilisation Station d'analyse

Instrument offert au CI2B par - en 2025

  • Traitement d'images, Direct Processing, Advanced Processing, Extended Focus, Déconvolution 2D et 3D
  • Anslyse d'images and quantification, Measurement et colocalisation
  • Intellesis, Intellesis Denoising, Intellesis Object Classification
  • Arivis Cloud Basic et avancé

Applications

  • Arivis Cloud Basic and Advanced
  • Intellesis Denoising and Object Classification
  • Direct and Advanced Processing, Extended Focus
  • 2D and 3D Deconvolution
  • Image Analysis, Measurement and Colocalization

Processeur

  • 1 x Intel Core i7-13700 2.10 GHz 

RAM

  • 64 GB (2 x 32 GB) DDR5 2400 MHz

Stockage

  • OS 512 GB NVMe à 3800 MB/s
  • Data Storage 6 TB à 170 MB/s

Vidéo

  • nVidia RTX A2000 with 12 GB GDDR6 dedicated memory

Écran

  • Viewsonic VP3268a-4K native resolution 3840 x 2160

Logiciels

  • ImageJ

  • FIJI

  • Zen Desk 3.11
    • Arivis Cloud Basic and Advanced
    • Intellesis Denoising and Object Classification
    • Direct and Advanced Processing, Extended Focus
    • 2D and 3D Deconvolution
    • Image Analysis, Measurement and Colocalization

  1. Si ce n’est pas déjà fait, allumez l’ordinateur (#1) et connectez-vous à Windows en utilisant vos identifiants UdeM

  2. Démarrez le logiciel Zen
  • Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l'utilisation) sur le disque local C: (bureau)
  • À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
  • Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. A l’intérieur créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

Dans tous les cas, ne stockez pas vos fichiers sur le disque C:

  1. Enregistrez vos données
  2. Fermez le logiciel Zen
  3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
  4. Éteindre l'ordinateur

Manuels disponibles dans la version anglaise.


Dépannage

Ceci peut survenir lorsque les fichiers utilisés ne contiennent pas l'ensemble des métadonnées.

  • Assurez vous de sauvegarder vos fichiers avec toutes les métadonnées disponibles lors de l'acquisition au microscope.
    Habituellement cela nécessite de sauvegarder les fichiers dans le format propriétaire du logiciel utilisé (.nd2 pour NIS-Elements, .nd pour Metamorph, .czi pour Zen,...)
  • Vous pouvez également ajouter les données de calibration après l'acquisition (taille des pixels en XY et Z, longueur d'onde, distance du pas en Z)

FAQ

Oui mais... vous devez faire une demande de permission au responsable de la plateforme.

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Contenu publié sous licence CC BY-SA 4.0. Partage autorisé sous la même licence avec attribution: "Contenu original par l'Institut Courtois d'innovation biomédicale, utilisé sous CC BY-SA 4.0"