Lorsque vous utilisez l’instrument pour la première fois, il est nécessaire d’importer la configuration du microscope dans le logiciel Zen. Cette procédure est généralement effectuée lors de la séance de formation. Toutefois, elle peut également être utilisée pour réinitialiser le logiciel en cas d'affichage incorrect ou de dysfonctionnement.

1. Si ouvert, fermez le logiciel Zen et attendre sa fermeture complète (jusqu’à 30 secondes)
2. Sur le Bureau ouvrez le dossier Softwares
3. Double-cliquez sur Zen Settings for Axio-Observer Z1-Colibri
4. Un script s'exécutera et une fenêtre noire apparaîtra brièvement
5. Cliquez sur OK pour fermer le message Settings for Zen have been imported successfully.
6. Vous pouvez ensuite ouvrir le logiciel Zen

Pendant cette procédure, vous allez :

• Configurer le microscope dans une configuration sécurisée
• Effectuer une calibration
• Charger votre échantillon
• Trouver et ajuster la mise au point

Une fois terminé, votre échantillon sera prêt pour l’acquisition.

• Les fichiers peuvent être sauvés temporairement (pendant l’acquisition) sur le disque local C: (bureau)
• À la fin de chaque session, copiez vos données sur votre disque externe et supprimez-les du disque local C:
• Vous pouvez stocker vos fichiers sur le disque D: (Data Storage). Si vous utilisez ce disque, veuillez créer un dossier par laboratoire en utilisant le nom de famille du chercheur principal. À l’intérieur, créez un dossier par utilisateur (Prénom_Nom).

1. Enregistrez vos données
2. Fermez le logiciel Zen
3. Transférez vos données sur le disque D: (Data Storage) ou sur votre disque dur externe et les supprimer du disque local C:
4. Si vous avez utilisé des objectifs à immersion, nettoyez-les avec du nettoyant pour lentilles et du papier
5. Sélectionnez l'objectif 2.5x et remettez les objectifs en position basse (Load position)
6. Si utilisé, éteignez la multiprise d’alimentation du module d'incubation (#2A) et fermez la bonbonne de CO₂ (#2B)
7. Éteignez la barre d’alimentation du microscope (#3)
8. Éteignez l'ordinateur
9. Couvrir l’instrument avec la housse de protection

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Cela se produit dans les conditions suivantes :

• À 2,5× en utilisant le canal DAPI ou GFP

• À 10× en utilisant le canal GFP

• À 20× en utilisant le canal GFP

Pour résoudre ce problème, vous pouvez utiliser l’une des options suivantes :

• Incliner le bras de la lumière transmise vers l’arrière

• Fermer l’obturateur manuel entre le condenseur et la lumière transmise

• Utiliser un objectif de plus fort grossissement

Oui. C'est un microscope inversé conçu pour l'observation de spécimen en cultures. Les objectifs sont optimisés pour observer au travers de plaques multi-puits à fond de verre. Il est également possible d'observer des échantillons entre lame et lamelles (d'épaisseur 0.17mm). Pour des longues acquisitions attention à la photo-toxicity.

Oui, mais… Ce microscope est équipé d’un module d’incubation pour maintenir la température, l’humidité et le gaz. Cependant, il ne dispose pas d’un système Definite Focus capable de maintenir la mise au point automatiquement sur de longues durées. Il est donc possible de perdre la mise au point lors d’acquisitions prolongées. Vous pouvez toujours effectuer un autofocus logiciel à différents moments, mais attention à la  photo-toxicity, surtout si vous utilisez la fluorescence.

La mise au point étendue (Extended Focus) est une méthode pour aplatir une pile Z en ne conservant que les informations pertinentes.

Dans Zen :

• Sélectionnez l’onglet Traitement (Processing)

• Choisissez la méthode Profondeur de champ étendue (Extended Depth of Focus)

• Cliquez sur Appliquer (Apply)

• Attendez la fin du traitement

• Enregistrez l’image traitée

Z Stack animationMaximum Intensity projection of a Z-StackExtended Depth of Focus projection of a Z-Stack

Il est possible d'utiliser une image pour se déplacer, naviguer et sélectionner ses zones d'intérêt. Pour cela:

• Faire une acquisition rapide à faible grossissement (2.5x) de votre échantillon en entier en utilisant le mode Tiles et en définissant la région autour de votre échantillon
• Dans l'image produite en bas à gauche cliquez sur Stage pour activer la navigation dans l'image
• Vous pouvez ensuite directement cliquer sur l'image pour déplacer la platine et centrer l'échantillon à l'endroit désiré. C'est très pratique pour ajouter des positions pour faire ensuite une acquisition à plus fort grossissement.